Царь посетил верфь в Соломбале и присутствовал при торжественном спуске на воду новопостроенного корабля, названного в его честь «Апостол Петр», выходил в штормовое Белое море, вновь посетил Соловки, пробыв там три дня. Во все дни пребывания Петра I двинский воевода находился рядом с ним.
На пути к Соловецким островам корабль попал в жестокий шторм. Царь-шкипер с бесстрашием встал за руль. Но чтобы войти в Унскую губу мимо подводных камней, ему пришлось передать руль опытному лодейному кормщику Антипу Тимофееву, стрельцу Соловецкого монастыря. Корабль благополучно дошел до места, встав на якорь у берега в безопасном месте. Лоцман Антип был награжден «значительной суммой денег». Получил он и «благодарность» от воеводы Федора Апраксина.
Петр I «…в воспоминание своего избавления собственными руками сделал деревянный крест в 1,5 сажени вышиной и сам отнес его на своих плечах к тому месту, где сошел на берег». На этом кресте царь собственноручно вырезал надпись на голландском языке: «Сей крест сделал капитан Петр в лето от Рождества Христова 1694». Впоследствии по просьбе жителей Архангельска этот крест был перенесен в городской собор Святой Троицы, а на бывшем месте его поставили такой же новый.
Построенный архангельскими корабелами корабль «Апостол Петр» вместе с закупленным в Голландии 44-пушечным фрегатом «Святое пророчество» и яхтой «Святой Петр» составили первую русскую военную эскадру на Беломорье. Если на первом из них часть команды составляли прибывшие из Голландии матросы в числе 40 человек, то экипажи двух других кораблей состояли из «потешных» солдат-преображенцев, которые уже не раз исполняли роль гребцов на речных судах (как Федор Апраксин), а теперь осваивали искусство работы с парусами.
Царь Петр Алексеевич совершил выход в Северный Ледовитый океан, эскортируя купеческий караван, состоявший из 4 немецких и 4 английских судов с русскими товарами. От берегов Мурмана «купцы пошли в Европу» самостоятельно. Для русской эскадры это был первый учебный поход на Белом море с выходом в Северный Ледовитый океан.
Во время второй поездки в Архангельск у Петра I родилась мысль начать на Русском Севере собственную морскую торговлю. Он приказал своему другу детства архангельскому воеводе, ставшему впоследствии прославленным российским адмиралом, Ф.М. Апраксину нагрузить отечественные корабли «Апостол Петр» и «Святое пророчество» русскими товарами и отправить их в заграничные порты. Благо, торговать было чем.
Считается, что воеводская деятельность Федора Матвеевича на Русском Севере, организация кораблестроения в Архангельске была по достоинству оценена царем. И с той поры начинается быстрое его возвышение в петровском окружении. В отечественную историю они вошли единомышленниками.
В 1695 году Ф.М. Апраксин, оставаясь еще на своем воеводском посту в Архангельске, получил чин поручика «потешного» Семеновского полка. Тогда это была высокая государева награда.
В первом Азовском походе Апраксин не участвовал, но на посту двинского воеводы отношение к подготовке ко второму походу на Азов имел самое непосредственное. Об этом свидетельствует письмо к нему царя Петра I, датированное 30 ноября 1695 года и писанное «с Москвы». В нем говорилось о следующем государевом поручении:
«…После возвращения от невзятия Азова, с консилии господ генералов, указано мне в будущей войне делать галеры, для чего удобно, мню, быть шхиптимерманом (корабельным плотником) всем от вас сюды, понеже они сие зимнее время будут туне препровождать, а здесь могут великую пользу в войне учинить, а корм и за труды заплата будет довольная, и ко времени отшествия кораблей возвращены будут без задержания; и тем их обнадеж, и подводы дай, и на дорогу корм.
Также и иноземцы, которые отсель, об оных, кроме тимерманов, будут писть, также подводы (дай) и корм, а именно Унтиену Тимману, и сколь скоро возможно пришли их сюды».
После этого, в 1696 году, Федор Апраксин, отозванный с воеводства в Архангельске, участвовал в победном втором Азовском походе и в Керченском морском походе 1699 года. За взятие крепости Азов жалуется сразу чином полковника. Петр I много раз имел случай оценить достоинства своего товарища по делам «потешным», много раз доверяя ему высокие должности при своей особе. И на молодом, создаваемом флоте государства Российского: Апраксин на море Азовском продемонстрировал высокое знание флотского дела.
Перед своим убытием в Европу с Великим посольством царь поручает Ф.М. Апраксину руководство строительством кораблей в Воронеже. Тот успешно справился с задачей: Азовский флот рос с каждым годом, что вызвало немалую тревогу в Стамбуле (Константинополе). Там считали Черное и Азовское моря своими внутренними «водоемами». Иноземные суда через Босфор в Черноморье почти не заходили. Если и заходили, то такой видится случайностью.