…В начальном периоде Северной войны Ф.М. Апраксин не участвовал, будучи на государевой службе далеко от театра военных действий. Но из переписки с царем он был в курсе всех важнейших дел и событий. В день (22 августа) выступления гвардии из Москвы под Нарву Петр I написал своему другу Федору Апраксину, бывшему сержанту Преображенского полка, письмо, в котором сообщал, что он 19 августа объявил войну Швеции:
«…И сего числа пойдем с господином генерал-майором Иваном Бутурлиным в поход на подводах, а с ним полки: наш, Семеновский, старой Лефортов, да новоприборных 3 полка, в которых во всех будет 8 000 человек…
За сим Петр. С Москвы, августа в 22 день 1700-го».
В 1700 году Федор Апраксин назначается главным начальником Адмиралтейского приказа со званием «адмиралтеец». Первоначально флотскими делами у царя Петра I руководили самые различные «государственные мужи». Затем государь, чтобы избежать такого распыления руководящих функций, в 1700 году переименовывает Владимирский судный приказ в Приказ адмиралтейских дел, поставив во главе его своего сподвижника Ф.М. Апраксина, который в не столь далеком времени успешно управлялся с кораблестроением в Архангельске, а теперь «рубит» корабли на воронежских верфях.
Почти одновременно Федор Матвеевич назначается азовским губернатором, став тем самым одним из руководителей кораблестроения в городе Воронеже. И не только в нем. За шесть лет его кипучей деятельности Азовский флот обогатился новыми кораблями. Был перестроен крепостной Азов, основан город-порт Таганрог с гаванью для военных судов, построены верфи в основанном Апраксиным городе Таврове и пушечный завод в Липцах. Углублены мелководные протоки устья Дона, что облегчило и обезопасило выход новопостроенных кораблей в открытое море.
Адмиралтеец Апраксин организовал гидрографические работы в Азовском море. Он строил гавань Таганрог, способную принимать большие парусники. Рядом возводилась Троицкая крепость. Одновременно шло возведение Павловской крепости в устье реки Миус. Открылись новые верфи в Таврове и Новопавловске, обеспеченные и мастеровыми людьми, и корабельным лесом.
Всеми этими делами полковник лейб-гвардии Семеновского полка упорно занимался до 1706 года. Результаты его созидательной деятельности были налицо, оставалось только их достойно продолжать. Потом Федора Матвеевича отозвали с российского юга в Москву, где его ждало новое поприще царского управленца.
С 1706 года Ф.М. Апраксин управлял Оружейным и Ямским приказами, Монетным двором. Заботился о вооружении регулярной армии и молодого флота, финансовой системе царства и дорожными делами. Через Федора Матвеевича проходили огромные суммы бюджета воюющего на суше и на море государства Российского.
Царь Петр I не отрывал своего любимца от державного морского дела. Когда в феврале 1707 года из жизни ушел боярин и граф, канцлер и адмирал Федор Алексеевич Головин, то Апраксин стал президентом Адмиралтейства и был пожалован адмиральским чином. Петр Великий не ошибся с выбором главного строителя флота Балтийского моря.
Работоспособность Федора Матвеевича как петровского государственника видится поразительной. Он постоянно находился в переписке с Петром I, который извещал его о главных событиях на театре войны и давал все новые и новые поручения. Когда Россия в Северной войне осталась без союзников, а шведская армия уже изготовилась выступить в Московский поход, царь 4 января 1707 года писал другу своего детства, ища у него одобрения своих действий, следующее:
«Уже вам то доподлинно известно, что сия война над одними нами осталась: того для ничто так надлежит хранить, яко границы, дабы неприятель или силою, а паче лукавым обманом не впал (и хотя еще не думает из Саксонии идти, однако, все лучше управить заранее) и внутреннего разорения не принес; того для ничем так не чаю сему забежать, что от границ указ дать, дабы в начале весны хлеб ни у кого явно не стоял в житницах, ни в гумнах, також и сена – или в ямах, или инако как (а лучше в ямах) спрятан был…»
Царские поручения самого разного характера даются президенту Адмиралтейства в адмиральском чине постоянно. Так он исполнял поручение Петра I о доставке провианта в крепость Азов. Задача видится не из простых, если знать, что на казачьем Дону тогда еще землю под хлеба не пахали. Хлеб везли на речных судах по Волге, перегружали в Царицыне, а дальше путь шел по Дону опять же на судах.
В силу подобных государственных забот на Северную войну против Шведского королевства Федор Матвеевич Апраксин попал не сразу, а только в 1708 году. Ему вверяется командование отдельным корпусом русской армии, который вел боевые действия в Ингрии (Ингерманландии) и в южной части Финляндии, то есть на берегах Финского залива Балтики.
Вверенный адмиралу Ингерманландский корпус был силой в отдельную маленькую армию: в нем числилось 24,5 тысячи человек. Он состоял из семнадцати полков. Пехоты значилось 20 тысяч солдат и офицеров, кавалерии – 4,5 тысячи человек. Главные корпусные силы располагались на линии Нарва – Санкт-Петербург.