Вернувшийся из объезда Епархии епископ Игнатий вновь обратился к проблемам Духовной Консистории. К тому времени Святитель пришел к твердому убеждению, что исправление протоиерея Крастилевского дело невозможное, а удаление его из Консистории дело необходимое. Преосвященный Игнатий указом от 24 сентября 1858 года уволил его от должности кафедрального протоиерея и от присутствия его в Консистории, а 17 ноября того же года предоставил ему настоятельство в моздокском храме. Прикрываясь ложным смирением и ссылаясь на всевозможные обстоятельства, бывший кафедральный протоиерей стал проявлять неповиновение и противодействие Архиерейским распоряжениям. Отсылая непрестанные жалобы в Синод, он в самых деликатных выражениях настойчиво требовал исполнения собственной воли. Вначале он ходатайствовал об оставлении его кафедральным протоиереем, затем протоиереем Троицкого собора, Успенского кладбищенского храма и, наконец, церкви тюремного замка. Несмотря на многочисленные предложения Преосвященного, протоиерей Крастилевский требовал только своего. В конце концов, из-за вмешательства синодальных бюрократов, стремившихся лишь к соблюдению формальной законности, в отличие от морально-нравственного подхода епископа Игнатия, протоиерей Константин Крастилевский был помещен при церкви тюремного замка.
В это же время епископ Игнатий рассмотрел горы незавершенных дел, скопившихся в Консистории. Этому, в частности, способствовали прежние члены Консистории. Так, немыслимая клевета секретаря Д. Васильева на протоиерея Афанасия Кучерова дошла до Святейшего Синода и Императора. Следствие по этому делу епископ Игнатий производил уже по Высочайшему указанию. Деятельность помощника секретаря Альбанова порождала многочисленные жалобы на него. Поэтому под влиянием святителя Игнатия состав Консистории совершенно изменился. Из прежнего состава остался только протоиерей Дмитрий Гремячинский.
В начале мая 1859 года святитель Игнатий отправился из Ставрополя для обозрения церквей западной части Епархии — Черномории. В это время Епископом было посещено 100 церквей, совершено 17 литургийных служений. Длительная остановка была совершена лишь в Тамани. Проделав путь в 1866 верст, в августе святитель Игнатий вновь возвратился в Ставрополь.
Наряду с упорядочением консисторского делопроизводства, особое внимание святителя Игнатия было обращено на значение окружных благочинных и их участие в деятельности правящего Архиерея. Кавказская епархия состояла из 18 благочиний. Некоторые из них находились на значительном расстоянии от кафедрального города. В целях предоставления благочинным возможности наилучшего исполнения обязанностей, епископ Игнатий постарался освободить их от лишних забот и должностей. В первую очередь это коснулось вновь назначенного благочинного по городу Ставрополю протоиерея Троицкого собора Феодора Поспелова. Для укрепления духовенства на местах служения Святитель рассматривал их прошения о переводе, только учитывая мнение благочинных, что поднимало авторитет последних. С одной стороны, эта мера облегчила канцелярскую работу Консистории, а с другой в скором времени выявила и очертила характеры благонамеренных и своевольных пастырей. До возглавления кафедры епископом Игнатием все следствия по различным тяжбам в среде духовенства велись Консисторией, обычно оставлявшей благочинных в неведении, что не лучшим образом влияло на исход разбирательства. Для устранения этого отрицательного явления епископ Игнатий предложил использовать для следствия исключительно благочинных. Кроме указанных мер, преосвященный Игнатий старался дать возможность благочинным, кроме формальных официальных рапортов, иметь самое непосредственное общение со своим Архипастырем.
Большое значение владыка Игнатий придавал строительству и благоустройству храмов и духовных учебных заведений. При нем в 1859–1860 годах у кафедрального собора по проекту архитектора Воскресенского была сооружена грандиозная колокольня. Специально для нее был отлит огромный колокол, весивший 523 пуда. В это же время ставропольский купец Ефимий Дмитриев пожертвовал 1000 рублей серебром для устроения иконостаса в кладбищенской Успенской церкви. Наблюдение за его возведением епископ Игнатий поручил протоиерею Феодору Поспелову, а проект заказал тому же архитектору Воскресенскому. Вместе с упомянутым губернским архитектором святитель Игнатий, военный инженер по образованию, разработал проект каменного храма для села Новогригорьевского. Это грандиозное и величественное сооружение построил Ветров, участвовавший в качестве десятника в постройке здания Эрмитажа в Петербурге.