В особых условиях находился Крестовоздвиженский заштатный Кизлярский монастырь, удаленный более чем на 500 верст от кафедрального города. Монастырь этот, по словам его настоятеля архимандрита Германа, более столетия стоял «на рубеже России, отделяющем горские племена Кавказа магометанского исповедания в кругу кочевого народа ногайского племени, блуждающего, подобно бессловесным, по необозримым безводным степям, лежащим между рек Терека и Дона… и едва не на берегу моря Каспийского». Не получая дотаций от государства, на собственных трудах своих, он пребывал «не в том состоянии, в каком бы следовало ему быть в благоденствующие дни России. Не однажды за свою историю обитель эта испытывала на себе «хищничество» народов, «в горах жительствующих», которые разграбляли его. Вместе с тем гражданские и военные власти в условиях военного положения часто вынуждены были действовать в ущерб духовных интересов обители. Благодаря терпению и кротости, епископ Игнатий находил общий язык со светской властью, которая «в военных соображениях находила средство быть неограниченной», и тем самым искал возможности для нравственного и духовного благоустройства обителей.
Об отеческом окормлении иноков свидетельствует собранная со всех концов России под омофор Святителя-подвижника братия Кавказского Архиерейского дома. Скупые строки формулярного списка о монашествующих, которые частично заполнены рукою Преосвященного Игнатия, позволяют представить себе образы этих совершенно различных между собой учеников Святителя. В документе этом представлены биографии выходцев из дворян, духовенства, купцов, казаков, крепостных крестьян, и даже отставного унтер-офицера из лезгин. Упомянутая здесь братия, начиная от послушника и кончая заслуженным протоиереем, кандидатом богословия, происходила родом в основном из удаленных от Кавказа мест: Санкт-Петербурга, Вологодской, Тамбовской, Владимирской и Харьковской губерний. Эти первые помощники епископа Игнатия всячески поддерживали Святителя в его заботах о нравственном и духовном облике духовенства и мирян Епархии.
Преосвященный Игнатий, сталкиваясь со случаями нравственных проступков клира, не стремился наказывать провинившихся переводом на другой приход, отчего обычно только шире распространяется соблазн среди мирян Епархии. Напротив, несмотря на свои телесные немощи и многочисленные заботы по управлению Епархией, а также связанные с подготовкой его письменных трудов, Владыка собирал таковых вокруг себя, в Архиерейском доме, для совершения богослужений, несения клиросных и других послушаний. Исправляя их «духом кротости», Владыка всячески стремился, чтобы это не коснулось тяжелым бременем их семей, оставшихся на время без кормильца. Только за вторую половину 1858 года на исправлении в Кавказском Архиерейском доме побывало 9 клириков Епархии. Назначения эти производились ввиду их «нетрезвой жизни» или «нанесения обид» сослужащей братии или прихожанам, а иногда, как, например, протоиерей села Средне-Егорлыкского И. Преображенский, по подозрению благочинного, «для усмотрения образа служения». Сроки послушания, назначаемые обычно от одного до трех месяцев, как правило, сокращались. Так на прошениях диакона с. Покойного Константина Салафильева и пономаря Старо-Щербиновской церкви Якова Чупрыны с просьбами отпустить их к семьям в связи с приближающимся праздником Рождества Христова, несмотря на только начавшийся декабрь, стоят резолюции Преосвященного: «во внимание к смирению просителя срок епитимий сократить», и просто «прошение удовлетворить». Часто эконом Архиерейского дома иеромонах Иустин ходатайствовал о смягчении епитимий, позволении священнодействовать вместо несения клиросного послушания или же вовсе присоединялся к просьбам о прекращении их срока.