После ознакомления с Епархией «преосвященный Игнатий… в своих предложениях на имя Кавказской духовной семинарии отметил, что священнослужители Края стоят, за редким исключением, на высоте пастырского призвания». И лишь диаконы, имеющий низкий образовательный ценз, «не всегда и не везде удовлетворяли своему назначению»1361. И действительно, уже к концу 1857 года, то есть ко времени вступления епископа Игнатия на Кавказскую кафедру, в Епархии из 222 протоиереев и священников 138 имели богословское и 5 философское образование. Не получившие образование священники, по свидетельству благочинного Кубанского казачьего войска священника Стефана Гливенко, благочинного Феодора Маковского и других, «от природы наделенные хорошими способностями», постоянно стремятся к самообразованию. Кроме того, как отмечает благочинный Черноморского войска Афанасий Кучеров, нравственное состояние клириков в его благочинии «неукоризненное». О духовенстве своего благочиния священник Феодор Маковский свидетельствует, что они «по мере полученных в Семинарии познаний не оставляют прихожанам своим преподавать» не только духовные наставления, но и «врачебные и сельскохозяйственные». Дополнительно в пользу Кавказского духовенства красноречиво говорит отмеченное Архипастырем внешнее благолепие их храмов. В характере Кавказского духовенства, «неленностного в совершении богослужений и назидании паствы», особенно поразительно для святителя Игнатия, как нового лица в Крае, «было радушие, странноприимство и откровенность», соответствующие кавказским просторам.
Беспокоясь о духовно-нравственном уровне пастырей, епископ Игнатий настоятельно рекомендовал приходским священникам выписывать, приобретать выходящую из печати духовную литературу; творения святых Отцов, журналы «Душеполезное чтение», «Труды Киевской Духовной академии» и «Христианское чтение», а также «Пространный катихизис». Не оставлял он своим вниманием и Духовную семинарию. Видя пожирающее все большее количество человеческих душ губительное вольнодумство и протестантское отвращение к православной аскетике, Святитель высказывался о необходимости контроля над преподаванием светских дисциплин в духовных школах. Особое внимание он придавал философии, из которой, по его мнению, с особой полнотой следовало преподавать логику. Само преподавание, считал Святитель, следует доверять «зрелым мужам, изучившим положительные науки, философию и писание Отцов Церкви», опытно познавшим значение Христианства, в отличие от молодых людей, склонных к «односторонним увлечениям».
С первых дней пребывания в Ставрополе святитель Игнатий интересовался духовно-воспитательной стороной жизни и поведением учащихся. Так, в «книге поведения», где правление Семинарии на заседании 15 марта вынесло постановление об объявлении признательности правления при общем собрании воспитанников лучшим ученикам, положена резолюция Преосвященного: «Желая знать, кто именно из воспитанников заслуживает внимание своего начальства особенным благонравием, предлагаю Семинарскому правлению впредь означать сих воспитанников поименно в журнальной статье. Игнатий, епископ К. и Ч.» В отношении тех учеников духовной школы, которые неустойчивостью своего поведения обнаруживали духовную отчужденность по отношению к образу будущего пастыря, владыка Игнатий был сторонником мер рассудительных, нестрогих. При употреблении предусмотренных мер взыскания от выговора до содержания в изолированном помещении на хлебе и воде, Преосвященный подписывал наставникам Семинарии не оставлять без внимания ожесточение и упорство наказуемых. Но вместе с тем Святитель подчеркивал, что «высокий, благородный характер воспитателя главнейшая узда… для воспитанников». «Благочестивый и благонамеренный воспитатель, — писал Владыка наставникам Семинарии, — должен положить себе за правило не прибегать в час своего гнева ни к выговору, ни к наказанию. Час гнева есть час безумия для всякого разгневавшегося, хотя бы разгневавшийся принадлежал к первейшим мудрецам»1362. В целом предписания святителя Игнатия «ограничивали меры наказания, бывшие в обычаях… того времени». Мудрый Архипастырь желал, чтобы воспитатели обращали более внимания на нравственную сторону взысканий, развивая в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их доброе поведение, и тщательно обсуждали правдивость наказаний, соразмеряя их с виновностью; чтобы сами наказания эти были разумно-человеческие, без увлечения гневом и горячностью».