Из внутренних реформ, проведенных Стефаном Ба-торием, особенно заслуживает внимания устройство малороссийских и запорожских казаков, стоявших живой стеной между Польшей и Крымом, которых он разделил на полки, наделил землями, позволил самим выбирать гетмана и все военное начальство, оставляя за королем право наделения гетмана королевским знаменем, «булавой» и войсковой печатью.
Желая восстановить не только политический, но и духовный мир в Польше, Стефан Баторий старался привести к соглашению с католичеством представителей иных вероисповеданий, для чего, впрочем, никогда не прибегал к насилию, а старался действовать гуманно и по возможности мирно. С этой целью он прибегал к помощи иезуитов, усмотрев в них людей, которые, по его мнению, могли бы успешно действовать в данном случае. Однако очень скоро Стефан Баторий убедился, что совершил ошибку: орден стал слишком уж вмешиваться в политические вопросы.
Умный король не предвидел, что этот орден в последствии времени, вместо распространения просвещения, исключительно займется преследованием иноверцев и через то ускорит падение Польши. Сам Баторий не только не преследовал иноверцев, но еще покровительствовал им, говоря: «Я поставлен королем над людьми, а не над совестью их».
В управлении страной Стефан Баторий испытывал множество трудностей, проистекавших из эгоизма шляхты, которая думала только о себе, совершенно не понимая, что готовит тем самым печальное будущее для своего отечества.
Стефан Баторий известен также своей борьбой с царем Иваном Грозным, который занял Лифляндию или так называемые поляками Инфлянты (Inflanty). В 1577 году он двинул войска для защиты границ Речи Посполитой и в этом же году возвратил назад Динабург и Венден. Затем он вошел в русские границы, быстро овладел Полоцком, Великими Луками, вытеснил русские войска из Ливонии и направился прямо к Москве. Царские воеводы не смели вступать с ним в бой и отступали. Но вот Псков сдержал наступление Батория, и упорная оборона псковитян ослабила короля: в неоднократных приступах он потерял лучшую часть своего войска и вынужден был отступить.
Это удивительно, но доблестный Псков Стефану Ба-торию не сдался. Для нападения на Русь он собрал 42000 воинов, а Псков выставил против него 7000 своих воинов и еще около 10 000 вооруженных горожан. Все девять подкопов, сделанных под город, псковичи нашли и пресекли.
Русский писатель П. П. Каратыгин, известный под псевдонимом Кондратий Биркин, называл Стефана Ба-тория «опаснейшим из врагов России», а российский историк-медиевист Н. И. Басовская считала, что Стефан Баторий – «единственный польский правитель, который сумел одержать победу в войне с Россией».
Сохранилась переписка Стефана Батория и Ивана Грозного. Король в ней предстает тоже грозным, и к тому же весьма дерзким. Баторий писал: «Ты – не одно какое-нибудь дитя, а народ целого города, начиная от старших до наименьших, губил, разорял, уничтожал… Где твой брат Владимир? Где множество бояр и людей? Побил! Ты не государь своему народу, а палач, ты привык повелевать над подданными, как над скотами, а не так, как над людьми!»
А в конце письма Стефан Баторий даже вызвал Ивана Грозного на дуэль, но тот, разумеется, уклонился от нее, на что получил следующий полный презрения ответ: «И курица прикрывает птенцов своих крыльями, а ты, орел двуглавый, прячешься!»
Между тем папский посланник Антонио Поссевино при содействии иезуитов, питавших надежду, что они сумеют обратить Ивана Грозного в католичество, стал требовать, чтобы Польша заключила мир с Россией.
И действительно, в 1582 году был заключен Запольский мир, по которому за Польшей остались Инфлянты и Полоцк. Это были весьма выгодные условия. Стефан Баторий тотчас же взялся за внутреннее устройство очищенных от неприятельских солдат земель. Он разделил Лифляндию на три президентства, соответствовавшие польским воеводствам, именно: Пернавское, Венденское и Дерптское.
В целом правление Стефана Батория имело для Польши благотворное значение, и он сам был таким королем, в котором нуждалось начавшее уже тогда разлагаться Польское государство.