Главной своей задачей Сигизмунд III считал упрочение в Польше католицизма, уничтожение протестантизма и подавление православия. При нем состоялась Брестская церковная уния 1596 года, то есть решение ряда епископов Киевской митрополии Константинопольской православной церкви во главе с митрополитом Михаилом Рогозой о принятии католического вероучения и переходе в подчинение Римскому папе с одновременным сохранением богослужения на церковнославянском языке. Наряду с этими задачами, Сигизмунд III руководился лишь династическими интересами.
Во внутренней жизни Польши правление Сигизмунда III является началом эпохи разложения государства. Крупнейшими событиями были «рокош» (легальное восстание шляхты) под руководством воеводы Николая Зебржидовского и утверждение на сеймах начала единогласия. Главной причиной бунта Зебржидовского явились систематические попытки Сигизмунда III к утверждению абсолютизма, которые, впрочем, постоянно отвергались сеймами. В ответ король Сигизмунд стремился ограничить права сеймов, преобразовать прежние должности в зависимые от короля чины и организовать польское «можновладство» (от польского слова «mozny», что значит «могущественный», то есть политическое господство крупных феодалов) с помощью майоратов, обладание которыми давало бы голос в Сенате. При всех своих стремлениях к абсолютизму Сигизмунд III, однако, сам содействовал торжеству принципа единогласия на сеймах, которым в корне подрывалась возможность каких-либо реформ. Всегда находился кто-то несогласный, а когда Замойский на Сейме 1589 года выступил с предложением, чтобы решения выносились большинством голосов, противником этого стал сам король, который выставил против великого канцлера Яна Замойского оппозицию Анджея Опалинского.
Правительственная анархия, утвердившаяся при Сигизмунде III, нашла себе теоретическое обоснование в теории «золотой вольности» (Złota Wolność), то есть своего рода шляхетской демократии, приводившей к росту прав знати и ослаблению государства.
Много беды навлек Сигизмунд III на Польшу желанием удержать за собой еще и шведскую корону. После смерти отца он поехал в Швецию и короновался шведской короной. Произошло это в 1594 году, но по возвращении в Польшу он вынужден был назначить регентом Швеции своего дядю Карла, герцога Сёдерманландского, который, поддерживая протестантизм, приобрел расположение народа и явно сам стремился к верховной власти. При втором пребывании своем в Швеции Сигизмунд III был встречен не как король, а как неприятель – тем более, что он привел с собой около 5000 солдат (поляков, венгров и немцев). Этим он оттолкнул от себя последних своих сторонников, и он был окончательно отстранен от престола, а дядя его в 1604 году был объявлен королем Швеции под именем Карла IX. Сигизмунд III не хотел отказаться от своих прав на шведский престол и вовлек Польшу в неудачные войны с Швецией.
Вынашивая планы экспансии на восток, Сигизмунд III поддержал принявшего католическое исповедание Лжедмитрия I, заключив с ним тайный договор. После воцарения в Москве этот самозванец обещал отдать Польше Чернигово-Северскую землю. Фактически, это Сигизмунд привел в Москве к правлению Лжедмитрия, что было равнозначно объявлению войны. При этом Ян Замойский, пользовавшийся в стране огромным авторитетом, был сторонником мирных отношений с Россией. Это был один из самых влиятельных вождей шляхетской партии, человек, славившийся своей ученостью даже в век, богатый образованными людьми, человек, противостоять которому было трудно даже королю. Но, критически относясь к политике
В домашней жизни Сигизмунд III, обладавший титулами короля польского и шведского, но не любимый ни поляками, ни шведами, соблюдал особую чистоту нравов и не терпел излишеств.