Распространению эпидемий немало способствовало тяжелое экономическое положение Руси, находившейся под татаро-монгольским игом. В монастырской рукописи упоминался «мор на людях» в Киеве в XI веке, но самой опустошительной стала эпидемия 1351–1353 годов, случившаяся в правление князя Московского Симеона Гордого, сына Ивана Калиты. За несколько месяцев разгула чумы погибло две трети населения Черной Руси, полностью вымерли многие крупные города, скончалось все княжеское семейство. Это трагическое событие представлено в романе историка Д. Балашова: «Русский обычай отдавать одежды покойника прохожему нищему сослужил нынче роковую службу Псковской земле. Надев платье умершего, странник сам заболевал „черною смертью“ и помирал в свой черед. Дошло до того, что никто уже не брал ни портов, ни сукон, ни иной дорогой рухляди. Страшились родных и близких, плакали и молились, ожидая конца. Имущие отдавали имущество свое в церкви и монастыри, чая тем спастись от напрасной смерти. И уже не хватало мест для могил, уже некому стало погребать усопших. Люди умирали на дорогах и в домах своих. Улицы были пустынны. В храмах шли моления день и ночь. По жару и стеснению в членах, по кашлю и тошнотворным позывам, по крови, пошедшей горлом вместе с мокротою, человек знал, что умирает».
В 1352 году «черная смерть ползла по Руси. Вымерло целиком Белоозеро, вымер город Глухов. Пустыми стояли дворы, только воронье да бродячие псы шастали по дорогам. Некому было хоронить последних мертвецов, некому грабить открытые дома. Тати вымерли тоже, как вымерли бояре и чернь. Из всего Смоленска к концу мора осталось в живых двенадцать человек…В стихийных бедствиях такого размаха мыслилось вмешательство высших сил, приходили на ум слова о каре Господней, о массовом наказании за грехи». Внезапность появления, опустошительное действие «мора», отсутствие лечебных средств усиливали суеверия. В народе причиной заболевания назывался гнев Всевышнего. Волхвы объясняли эпидемии неблагоприятным расположением звезд или переменой климата. В сказках повальные болезни изображались во всевозможных устрашающих образах. Например, чума представлялась огромной бабой в белом платье с лохматыми волосами. Холера изображалась горбатой старухой с перекошенным лицом.
Понимая бессилие медицины, люди искали спасения у Бога. Известно, что новгородцы, обнаружив в городе чуму, всего за сутки воздвигли храм в честь Андрея Стратилата. Врачеватели не пытались лечить заболевших, но в целях профилактики советовали окуривать помещения можжевеловым дымом. Все же «смерть наступала неизбежная, скорая, но мучительная; несчастные издыхали без всякой помощи. В городе десять здоровых приходилось на сто больных. Многие дома совсем опустели; в иных оставалось по одному младенцу…»
Одной из самых страшных эпидемией XVII века была чума в Москве, начавшаяся летом 1654 года. До наступления зимы большая часть населения города вымерла, остальные разбежались по лесам. В 1467 году чума убила 230 тысяч жителей Новгорода. Правители Московского государства предпринимали отдельные попытки «запирания заморных мест». Когда болезнь охватывала целый город, дороги перекрывались заставами, в лесах устраивали преграды из срубленных деревьев.
Умерших хоронили «в тех же дворах, в которых кто умрет, во своем платье и на чем кто умрет». В условиях строгой изоляции жителям посылались мешки с продовольствием; обитателей зараженных домов кормили с улицы через ворота. Попытки вырваться из оцепления карались смертью: «…Князь Михайло Кислица велел улицу Петровскую запереть с обоих концов; стражи поставлены стеречь от мору. Которые люди побегут из града, тех беглецов ловить и сжигать живыми, а купцов с товарами держать до конца мора» (Псков, 1521). В то же время новгородский князь издал указ об устройстве кордонов на Псковской дороге, «чтобы гости с товарами не ездили ни во Псков, ни изо Пскова в Новгород».
Первые государственные мероприятия против распространения эпидемий возникли еще в XV веке, когда стала очевидной связь повальных болезней с прибытием торговых караванов.
Спустя 200 лет отдельные карантинные меры стали системой, отраженной в российском законодательстве. Каждая эпидемия подробно описывалась в летописях. Зараженные местности оцеплялись войсками; сжигались подозрительные вещи, домашняя утварь и сами дома умерших от заразы. Все жилища вымораживали, мыли или жарко вытапливали, затем окуривали в течение 4 дней можжевельником или полынью. Впоследствии окуривание проводили в районах, прилежащих к заразной местности.