Утратив расположение Екатерины II, неофициально граф был отправлен в Москву на смерть. Уже на второй день дотла сгорел Головинский дворец, где он остановился на время своего пребывания. Однако бывший фаворит императрицы не испугался трудностей и сумел навести порядок. Первым шагом стало устройство госпиталя: «Русский человек не болезней, а больниц боится». Людей было приказано не «тащить в больницу, яко пьяных в полицию, а заманивать ласковыми уговорами». Врачи-добровольцы получили тройное жалованье и совет: «Не кровь из людей выпускать, а лечить». Ухаживать за больными вызвались крепостные, которым за хорошую работу обещали вольную. В награду за выздоровление граф Орлов лично выдавал по 5 рублей холостякам и по 10 рублей семейным, надеясь укрепить доверие к докторам. Для сравнения: штаны тогда стоили 20 копеек, красные сапоги немногим более рубля, а за 7 — 10 рублей можно было купить лошадь.
Граф позаботился об очистке московских улиц, собрав дополнительные команды мортусов из воров и убийц: «Вы взаперти сидели, потому все остались здоровы, побудьте мортусами. Дело гадостное, но полезное; надобно Москву от дохляков избавить». Известно, что разбойники не сбежали и до конца эпидемии честно выполняли неприятные обязанности. По распоряжению Григория Орлова сжигались «вымороченные» жилища вместе с трупами и заразным скарбом; безжалостно вешались бунтовщики и мародеры, грабившие пустые дома.
Энергичные мероприятия возымели положительный результат. Москва очистилась от заразы, от покойников, от собак, от кошек и крыс; чума постепенно отступала, а ноябрьские морозы окончательно победили болезнь. 21 ноября граф Орлов возвратился в столицу, проехав через триумфальную арку, на которой красовались слова: «Орловым от беды избавлена Москва». Вскоре в его честь была выпущена памятная медаль с надписью: «Россия таковых сынов в себе имеет».
В российской армии действенная профилактика начала внедряться во время русско-турецких войн. Эпидемия чумы развивалась параллельно с военными действиями и наносила порой урон гораздо больший, чем вражеское оружие. В связи с этим командование армии совместно с врачами проводило разведку местности перед вступлением армии. В кампании 1735–1739 годов талантливым организатором полевой медицинской службы показал себя военный врач Павел Захарович Кондоиди (1710–1760 годы). По прошению доктора императрица утвердила перечень мероприятий, направленных на снижение заболеваемости: обязательное и регулярное употребление лука, хрена, вина, «для очистки воды — закладывание во фляги горячих угольев от сухарей». Например, в войне 1768–1774 годов командование изменило план перехода, дабы избежать зараженных районов. Продвигавшиеся войска окружались всадниками, не допуская контакта солдат с местными жителями. Позади колонны следовал подвижной карантин. Так называли несколько телег, куда помещали всех заболевших. Ежедневные медицинские осмотры, а также усиление гигиенических требований стали преградой для проникновения болезни в армию, хотя отдельные случаи чумы отмечались во многих отрядах.
В походе 1769 года по указанию штаб-доктора Аша «всегда имелось в достаточности винного и пивного уксуса, а также меда и водки, дабы вредные в теле человеческом от худой воды действия отвратить посредством примеси таковых веществ и предотвратить через то разные болезни». В качестве обеззараживающего средства уксус применялся давно, а водка, подмешенная в питьевую воду, стала новшеством турецкой кампании 1768–1774 годов.
Несмотря на усиление противоэпидемических мер, чума не оставляла Россию даже в XIX веке. В Одессе отдельные вспышки отмечались в 1812, 1813, 1823, 1829, 1837 годах. Значительные бедствия принесла первая эпидемия, когда погибло 2655 жителей Одессы. В память о жертвах «черной смерти» в городе оставили нетронутым холм на месте массовых захоронений, назвав его Чумкой. В 1839–1849 годах чума посетила Кавказ и прилежащие к нему районы. Через 25 лет болезнь появились на Волге, начавшись в поселке Ветлянка. Тогда врачи не сразу распознали страшное заболевание, заплатив за ошибку собственной жизнью. Вспышка чумы в Ветлянке во многом поучительна, потому что напомнила средневековые ужасы не только России, но и всей Европе.
В 1817 году предположительно из Индии в Европу впервые попала холера. Давнее существование этой опасной болезни в государствах Юго-Восточной Азии не вызывало сомнения. Поселения долин Ганга и Брахмапутры издавна являлись очагами многих заразных заболеваний, в том числе и холеры. За 50 лет прошлого столетия в мире произошло 6 пандемий холеры, имевших катастрофические последствия для многих стран.
Россия в результате 8 эпидемий холеры потеряла около 2 миллионов граждан. Природу «нового» заболевания первым попытался выяснить медик-декабрист Н. Г. Смирнов в 1829 году, а также И. Е. Дядьковский и М. Я. Мудров в 1831 году.