Являясь продолжением древней культуры, арабская медицина в значительной степени определила уровень европейской науки. Энциклопедические труды, созданные на Востоке, были переведены на европейские языки, сыграв важную роль в развитии латинской медицины. Обобщающие энциклопедические труды восточных теоретиков способствовали осмыслению практического опыта и абстрактных концепций античных врачей.
Устроенное по античному образцу медицинское образование в IV–VII веках носило светский характер. Основным центром научной мысли и рациональной практики оставалась Александрия. Диплом о ее окончании был отличной рекомендацией начинающему специалисту; отзыв наставников Мусейона открывал доступ к придворной карьере. В разное время здесь обучались самые великие медики древности и раннего Средневековья. Столицей философии, как и раньше, были Афины. Основанная Платоном школа продолжала работать, увлекая ученый мир идеей «изменчивого и преходящего бытия». Лучших юристов готовили в Бейруте. Знаменитая школа риторики располагалась в Газе; преподавание здесь велось на греческом языке.
Арабский халифат возникли как результат политических преобразований, имевших место после смерти пророка Мухаммеда, когда власть перешла к его преемникам — халифам. Четкие географические контуры государства определились в правление династии Омейядов (661–750 годы). Тогда халифат включал в себя восточные земли от Ирана до Египта, в том числе юго-запад Северной Африки. В 750 году к власти пришли другие родственники пророка — Аббасиды, правившие до 1258 года. Выжившие после переворота представители Омейядов сумели отстоять свои западные владения, основав Кордовский халифат в Испании. Одновременно династия Саманидов образовала государство в Средней Азии, избрав резиденцией Бухару.
Развитие науки в Арабском халифате проходило под сильным влиянием исламской идеологии. Мусульмане разделяли знания на две сферы: традиционные «арабские» и всеобщие «иноземные». К первым относились преимущественно гуманитарные дисциплины, например грамматика, лексикография. Их постижение предусматривало изучение жизни пророка, его деятельности, высказываний, отраженных в хадисах или Коране. Даже в настоящее время каждый правоверный обязан знать наизусть хотя бы часть Корана, а ученые Средневековья заучивали священную книгу в полном объеме.
«Иноземные» науки считались вторичными, а их изучение приспосабливалось к обстоятельствам. Без знания истории невозможно понять жизнь Магомеда, математика помогала составлять точный календарь, со знанием географии легче очертить контуры подвластных земель. Одобренная Аллахом медицина почиталась как полезная наука, в задачу которой входил поиск лечебных средств, якобы уже созданных всевышним. Согласно исламу, Аллах вначале создает лекарство, а затем разрешает людям болеть.
К началу X века в Арабском халифате сформировалась определенная система обучения. Среднее и высшее образование мусульмане получали в медресе, где программа допускала изучение Откровения и познание окружающего мира. Таким образом, медицина начиналась с религиозных догм, но постепенно переходила к светской философии и практическому врачеванию. На этом этапе разрешалось и даже вменялось постигать «иноземные» науки. Владение логикой античных мыслителей позволяло методично разбирать причины болезней, дабы не ошибиться в диагнозе и не прогневить Аллаха.
Вследствие активной переработки античного наследия, прежде всего переводов рукописей, арабы способствовали смещению центра мировой науки с Запада на Восток. В конце первого тысячелетия учебные заведения существовали в Кордове, Дамаске, Багдаде, Каире, Самарканде, Бухаре. В каждом из этих городов имелись библиотеки, насчитывающие сотни тысяч томов. Багдадский эмир аль-Мамун основал грандиозный Дом мудрости, являвшийся одновременно книгохранилищем с читальным залом и местом для общения городских мудрецов. Здесь не ублажали тело, подобно римлянам, которые рассуждали о материи, нежась в клубах горячего пара. Восточные ученые приходили в библиотеки работать и заботились о душе, причем не только о своей. Они постигали науки, для того чтобы приложить знания на практике. Вероятно, поэтому в Средневековье только арабская медицина осуществляла свое истинное предназначение.
Дворец мудрости по образцу багдадского был учрежден в Каире в 1005 году, по инициативе халифа аль-Хакима. На базе этого центра возник ученый союз под названием Общество просвещенных, ставший прообразом европейских академий наук. В то время как на Западе работало лишь два университета — в Болонье и Салерно, только в Кордовском халифате действовало около 70 домов мудрости, 17 медресе и множество частных библиотек. Багдадский врач Ибн аль-Талмит владел фармакопеей (библиотека по фармацевтике), считавшейся лучшей в мире. Из 20 тысяч имевшихся в собрании рукописей большинство аль-Талмит переписал лично. Более 10 тысяч томов находилось в библиотеке главного медика Дамаска, придворного врача Ибн аль-Мутрана.