В лечении медики Арабского халифата отталкивались от понятия «мизадж», что значит «темперамент». При гармонии в организме тепла, холода, сухости и влажности мизадж нейтрален, следовательно, человек здоров. В случае его отклонения от нормы возникает болезнь, и задачей врача становится восстановление утраченной гармонии. Темперамент не считался явлением постоянным, он мог изменяться с возрастом или нарушаться под влиянием внешних факторов, например стресса или перемены погоды. Халифат стал местом появления аптек; первая была организована в Багдаде в 754 году. Распространение алхимии тоже относится к арабскому Востоку. Ученые Кордовы изобрели водяную баню, перегонный куб, разработали процесс фильтрования. В процессе изготовления лекарственных препаратов получили соляную кислоту, хлорную известь и спирт в виде порошка, имевший название al-kuhl — «алкоголь». В терапии арабы обращали внимание на соблюдение правильного режима, используя лекарства только в самых опасных случаях.
Влияние византийских традиций на развитие больничного дела в халифате выражалось в похожей организации и принципах лечения. Основанные как заведения светские, первые больницы назывались персидским словом «бимаристан». Крупное лечебное учреждение действовало в Дамаске. По воле халифа аль-Валиде из рода Омейядов больница, открытая в 705 году предназначалась для прокаженных. Позже специализированные приюты начали принимать стариков, калек и умалишенных.
Все лечебницы халифата, в том числе и общего типа, создавались на средства правителя города, находились у него под контролем и щедро финансировались, так как помощь несчастным считалась делом богоугодным. По византийскому образцу медиков обучали на месте. Слушатели врачебных школ, наряду с изучением теоретических основ, принимали участие во врачебных обходах, ходили к больным на дом. Арабским нововведением было культурное обслуживание пациентов: при больницах работали библиотеки.
«Отцом больничного дела» можно с уверенностью назвать султана Ахмада ибн Тулуна (868–884 годы). Наместник Аббасидов в Египте прославился организацией благотворительных лечебниц, предназначенных только для бедных. Приказом султана врачи не имели права принимать солдат и придворных. Традиционно покои разделялись на две половины: мужскую и женскую, в палатах совместно находились пациенты с похожими заболеваниями. На содержание самой первой больницы отпускалось 60 тысяч динаров в год из личных средств Ахмада ибн Тулуна, а сам он посещал свое «детище» каждую пятницу (выходной день у мусульман). На благотворительных началах во дворце действовала аптека, где врач бесплатно отпускал лекарства всем желающим.
Начиная с 1282 года жители Каира лечились в самой знаменитой больнице исламского мира — «Аль-Мансури», названной по имени ее создателя, халифа Аль-Малика аль-Мансур Калавуна. Задолго до этого события правитель (тогда еще принц) вылечился от колики в роскошной больнице Дамаска. Мастерство сирийских врачей произвело на владыку столь сильное впечатление, что он поклялся воздвигнуть нечто подобное на родине, как только получит власть. Каирская больница размещалась в личном дворце халифа и превосходила дамасскую по всем параметрам. Богатое убранство, просторные палаты, превосходный по тем временам инструментарий, а также лучшие медики снискали ей громкую славу. В первозданном виде «Аль-Мансури» действовала до 1915 года; сейчас в древнем дворце располагается офтальмологический центр.
Такая сложная сфера медицины, как лечение болезней глаз, сформировалась на Востоке. Вплоть до XVII столетия методики врачей халифата оставались неизменными и применялись в Европе почти без оспаривания. Книга «Меморандум для окулистов», написанная в XI веке багдадским целителем Али ибн Исой, отмечена влиянием Галена. Первая часть трактата отведена описанию глаза, точнее, его внутреннего строения. Во второй указывалось на глазные болезни, ощущаемые органами чувств. Кроме того, автор подробно осветил заболевания, проходящие бессимптомно.
Самым ранним из сохранившихся произведений арабских медиков является трактат «Альтерация глаза». Труд написал врач Хунайн ибн Исхак ал-Ибади (809–877 годы), предпочитавший специализацию по болезням глаз. Приблизительно в X веке работал еще один замечательный окулист, каирский врач Аммар ибн Али аль-Маусили. Эффективный метод удаления катаракты путем отсасывания хрусталика получил название «операция Ам-мара». Процедура производилась с помощью полой иглы, сконструированной автором метода.