Так, осенью 1993 года им была проведена акция по уничтожению гражданских беженцев из Абхазии в районе Гагры и поселка Леселидзе, где было расстреляно несколько тысяч безоружных людей, и резня мирного населения неабхазского происхождения в Сухуми.
В декабре 1993 года на 5-м съезде Конфедерации народов Кавказа Басаев был утвержден командующим войсками КНК, начальником штаба войск КНК был назначен адыгеец Амин Зехов.
Затем указом Ардзинба он был утвержден в должности заместителя министра обороны республики.
В Чечню Ш. Басаев с батальоном (380–450 человек), который в Грозном стали называть абхазским, вернулся в феврале 1994 года и занял обособленное место среди командиров боевых групп. В отличие от Р. Лабазанова и Б. Гантамирова, группировка Басаева не стремилась включаться в дележ сфер экономического влияния и политические или криминальные разборки, хотя ситуацию с грабежами составов в Чечне поставил под контроль именно Басаев.
В период вооруженного противостояния между руководством Дудаева и оппозицией в Чечне в 1993 году Басаев занял выжидательную позицию, выступал посредником на их переговорах. Вместе с тем резко осуждал разгон городского собрания в г. Грозном. В декабре 1993 года поддерживал требования оппозиционеров об отставке Дудаева.
С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: «Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысячи долларов за эту поездку должен» («Независимая газета», 12 марта 1996 года). В интервью газете «Известия» (25 апреля 1996 года) Басаев сообщал, что в течение 1992–1994 годов трижды выезжал со своим «абхазским батальоном» в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны.
Летом 1994 ода. Басаев вступил в боевые действия против оппозиции на стороне Дудаева. В июле в Грозном «абхазский батальон» вел боевые действия с группировкой Лабазанова. Формирование Басаева также сыграло свою роль во время неудачной попытки штурма Грозного оппозицией. Басаев считался одним из наиболее близких соратников чеченского президента. Личный состав «абхазского батальона» осуществлял охрану Д. Дудаева.