Портрет министра в контексте смутного времени: Сергей Степашин

Осенью 1991 года одновременно с Д. Дудаевым выставлял свою кандидатуру на пост президента Чечни. После прихода к власти Дудаева им была создана диверсионно-разведывательная группа, базировавшаяся в 12-м городке г. Грозного. Группа была создана с целью защиты «свободы и интересов ЧРИ и ее президента».

В конце 1991 — начале 1992 года Басаев принимал участие в боях в Карабахе на стороне Азербайджана.

Летом 1992 года Басаев находился в Абхазии, но ничем определенным не занимался. В июле вернулся в Чечню, где его застало начало абхазских боевых действий. Уже через 5 дней с группой вооруженных людей (15–20 человек) Басаев выехал обратно в Абхазию. В Пятигорске на него обратили внимание и попытались задержать, но он совершил захват рейсового автобуса, объявил пассажиров заложниками и под их прикрытием выехал в Карачаево-Черкесию, где группа смогла оторваться от преследователей, освободила заложников и через перевалы вышла в Абхазию. Там Шамиль Басаев первое время командовал лишь своей небольшой группой, затем — интернациональной разведывательно-диверсионной ротой, считавшейся лучшей в абхазских частях. О нем отзывались как о грамотном командире, заботившемся о жизни своих подчиненных.

По неофициальным данным, большой вклад в формирование Басаева как военного специалиста и профессионального диверсанта внесли российские военспецы и советники, работавшие на абхазской стороне.

1992 году он входил в состав группы «смертников», занесенных при жизни в поминальные списки в мечетях Чечни (институт т. н. моджахедов — борцов за веру, отдавших себя на службу Аллаху в религиозной войне).

С 1992 года Басаев являлся командующим Гагринским фронтом в Абхазии. В январе 1993 года на совместном заседании президентского совета Абхазии и парламента Конфедерации народов Кавказа был назначен командующим экспедиционным корпусом в Абхазии. Басаеву было вменено в обязанность «координировать, объединять, направлять в нужное русло и контролировать прибывающий поток чеченцев».

К 1993 году Басаев возглавил батальон, в котором за период его нахождения в Абхазии подготовку прошли около 5 тысяч боевиков различных национальностей. Батальон отличался жестокостью действий, был укомплектован уголовниками, дезертирами из СА, гражданскими лицами с экстремистскими наклонностями, в основном из с. Гехи Урус-Мартановского района Чечни.