Выход из ФРЕЛИМО правонационалистических деятелей и образование ими раскольнических организаций нанесли определенный ущерб национально-освободительному движению Мозамбика. Эти события получили неоднозначную оценку правительств независимых африканских государств. Руководство Танзании твердо поддерживало ФРЕЛИМО, отказавшись признать существование других групп. Правительство Замбии настаивало на воссоединении всех националистических групп и взяло на себя инициативу по организации переговоров между ними. Мондлане покинул переговоры после того, как другие участники отказались распустить свои группы и вернуться во ФРЕЛИМО на индивидуальной основе.
Существование множества мелких оппозиционных организаций объективно ослабило и нанесло большой вред освободительному движению, поставив в трудное положение те страны, которые готовы были оказать помощь, но не знали, какая организация действительно пользуется поддержкой в самом Мозамбике.
Несмотря на все эти сложности, в 1962—1964 гг. ФРЕЛИМО сумел окрепнуть в организационном и политическом отношении. Уход из его рядов раскольников и правонационалистических элементов привел к консолидации прогрессивного крыла фронта и к росту руководящей роли в организации группы революционных демократов во главе с Э. Мондлане.
ФРЕЛИМО поставил своей задачей создание по всей стране разветвленной сети партийных ячеек и групп. С этой целью в различные районы страны были посланы члены ФРЕЛИМО, которые вели среди населения широкую агитационную и пропагандистскую работу. В результате их активной деятельности фронту удалось создать свои нелегальные ячейки во многих городах и деревнях страны. Быстро росли численность членов ФРЕЛИМО и их политическое сознание. Были сорваны неоднократные попытки ПИДЕ внедрить своих агентов в организацию.
В этот период ФРЕЛИМО стал еще активнее утверждать себя на международной и африканской арене как законный представитель интересов мозамбикского народа. Огромный вклад в укрепление международных контактов ФРЕЛИМО и в его деятельность в различных международных организациях внес президент фронта Э. Мондлане, который во время своих многочисленных поездок в США и Европу, в своих выступлениях в ООН и в других международных организациях неустанно разъяснял цели и характер ФРЕЛИМО и призывал к осуждению португальского колониализма и к действенной поддержке освободительного движения в Мозамбике.
Революционно-демократическое крыло ФРЕЛИМО, сплотившееся вокруг своего лидера, довольно быстро осознало тщетность надежд на мирное решение вопроса о независимости Мозамбика и стало готовиться к неизбежному вооруженному столкновению с португальским колониализмом. Учитывая эту перспективу, было принято решение создать нелегальную военную организацию и начать подготовку военных кадров. Уже в январе 1963 г. по решению ЦК ФРЕЛИМО в Алжир была направлена группа членов фронта для военного обучения.
Руководство ФРЕЛИМО приложило немало сил, чтобы добиться независимости мирным путем, путем переговоров и соглашения с Португалией. Однако Лиссабон на все предложения такого рода отвечал категорическим отказом и усилением репрессий в колонии. Для народа Мозамбика не оставалось иного выхода, как взяться за оружие. Э. Мондлане вспоминал: «…мы были поставлены перед такой альтернативой: продолжать бесконечно жить под репрессивным имперским правлением или искать средства использовать силу против Португалии, которая была бы достаточно эффективна, чтобы нанести ущерб метрополии и в то же время не позволить ей расправиться с нами. Вот почему лидеры ФРЕЛИМО сочли, что единственным правильным методом может быть вооруженное действие».
На пленуме ЦК ФРЕЛИМО в июне 1964 г. было принято решение о переходе к вооруженной борьбе. Предполагалось начать революционную освободительную войну, в ходе которой, нанося удары по врагу то в одном, то в другом месте, измотать его, создав условия для краха колониального режима. В соответствии с решениями июньского пленума ЦК из Танзании во внутренние районы Мозамбика — в провинции Ньяса, Кабу-Делгаду, Замбезию и Тете — были направлены партизанские группы общей численностью 250 человек. Все они прошли специальную военную подготовку.
25 сентября 1964 г. ФРЕЛИМО в обращении к населению Мозамбика провозгласил всеобщее вооруженное восстание. В тот же день группа из 11 бойцов фронта совершила первую атаку на португальский военный пост в Чаи (провинция Кабу-Делгаду){91}
, положив тем самым начало 10-летней освободительной войне за независимость Мозамбика. Командовавший этой группой Алберту Жоакин Чипанде (впоследствии министр обороны Мозамбика) позже вспоминал: «После того как силы ФРЕЛИМО были информированы (о резне в Муэде. —были посланы народом. Вы сын народа. Теперь вы должны вернуться к народу, чтобы начать вооруженную борьбу».