Колонизаторы были застигнуты врасплох. Они ожидали отдельных рейдов с территории Танзании, но не предполагали, что силы ФРЕЛИМО находятся в самом Мозамбике.
Выбор руководством организации северных районов страны для начала вооруженной борьбы был не случайным. Туда легче было проникать из Танзании и Замбии, где находились базы ФРЕЛИМО. Кроме того, на Севере португальское присутствие было выражено слабее, чем на Юге. Большинство португальских поселенцев концентрировалось вокруг Лоренсу-Маркиша и в плодородных долинах рек Замбези и Лимпопо. Мало заселенные португальцами северные районы слабо администрировались и были плохо обеспечены дорогами и другой инфраструктурой.
Не последнюю роль играло и то обстоятельство, что в северных районах живет народ маконде, крайне враждебно относившийся к португальцам. Сочувственное отношение маконде к партизанам ФРЕЛИМО дало последним возможность получать продовольствие и информацию о контрмерах португальцев.
Когда ФРЕЛИМО начал военные действия, он имел, по его собственным оценкам, всего 250 бойцов. Ряд военных успехов на Севере поощрил руководство ФРЕЛИМО на проведение крупномасштабных операций и в других провинциях. С ноября 1964 г. фронт распространил боевые действия еще на три провинции — Ньяса, Замбезию и Тете, и португальские войска были вынуждены перейти к обороне. Открытие фронта боевых действий в провинции Тете было особенно неприятным сюрпризом для португальцев. В этой провинции находятся богатейшие залежи минералов (в том числе уран, золото, медь, титан, бериллий, бокситы, уголь, железная руда, марганец, вольфрам), а также гигантский гидроэнергетический комплекс Кабора-Басса. В Лиссабоне полагали, что Кабора-Басса и вложенные в ее сооружение южноафриканские инвестиции в сочетании с перспективностью еще не эксплуатируемых полезных ископаемых могут быть средством интернационализации войны, если позиции Португалии в Мозамбике окажутся под угрозой. В городе Тете находилась к тому же штаб-квартира Совета планирования Замбезии, которая подчинялась только Лиссабону и занималась разработкой амбициозных проектов развития долины Замбези.
Хотя действия ФРЕЛИМО вплоть до 1968 г. имели характер лишь партизанских рейдов, они нанесли чувствительный удар по португальскому колониализму. Партизанская война способствовала оттягиванию значительных контингентов португальских войск из Анголы и Гвинеи-Бисау в Мозамбик и концентрации их в крупных городах. Этим сумело воспользоваться руководство ФРЕЛИМО, по существу изолировав войска колонизаторов от сельского населения, составлявшего главную социальную базу освободительного движения. ФРЕЛИМО ставил своей первоочередной целью освобождение сельских районов. Эта тактика позволила ему, распространив борьбу на ряд южных и центральных провинций страны, освободить значительную часть Мозамбика. Несмотря на то что португальцы стянули в Мозамбик 70-тысячную армию, к 1974 г. ФРЕЛИМО освободил четверть территории страны (200 000 кв. км), на которой проживало более 1 млн. человек. На освобожденной территории проводились прогрессивные социально-экономические мероприятия, отвечавшие коренным интересам населения, открывались школы и больницы, возникали «народные магазины», принимались меры для обеспечения населения продовольствием, промышленными товарами и т.п.
Еще в 1965 г. были открыты первые начальные школы. Спустя пять лет их стало уже 150, и в них обучалось 20 000 детей. Успешно работали также медицинские центры, больницы и госпитали. Наиболее крупные из них могли принять в течение года 3—4000 больных. Медицинский центр в Тете в 1968—1970 гг. провел вакцинирование против оспы 15 000 человек. Предпринимались серьезные усилия в борьбе с такими опасными заболеваниями, как чесотка, малярия, проказа, сонная болезнь, туберкулез, трахома и др.
На освобожденных территориях велась подготовка резерва для вооруженных сил в форме отрядов самообороны. В 1963 г. ФРЕЛИМО приступил к всеобщему военному обучению как мужчин, так и женщин.
Были организованы сельскохозяйственные кооперативы, что дало возможность обеспечить продовольствием местное население и партизанские отряды ФРЕЛИМО, а также организовать экспорт сельскохозяйственной продукции в Танзанию. Существовали и личные крестьянские хозяйства. Их владельцы обменивали свою продукцию на рынках на промышленные изделия, одежду, предметы обихода. Как сообщил ФРЕЛИМО, к 1968 г. крестьяне в освобожденных зонах начали экспортировать орехи кешью, кунжут, а маконде — резьбу по дереву в Танзанию. В 1973 г. из освобожденных районов было экспортировано 222 т орехов кешью и 500 т семян кунжута.
На освобожденных территориях вводился принцип самоуправления. Органами самоуправления стали провинциальные советы, состоявшие главным образом из выборных представителей населения, и их исполнительные органы — провинциальные комитеты.