После падения Дамаска Ираклий потерял надежду на благополучный исход войны. Массовые предательства и измены во время боевых действий против арабов, заговоры среди приближенных, неурядицы в собственной семье не лучшим образом влияли на его душевное состояние. Резко ухудшилось здоровье, подорванное многочисленными походами и лишениями, болезнь начала прогрессировать. В обстановке всеобщего хаоса и развала базилевс решил вернуться в Константинополь. Перед этим он прибыл последний раз в Иерусалим, город, в котором совсем недавно праздновал свой величайший триумф. «Он увёз с собою Животворящий Крест и, покидая дорогую для всякого христианина страну, на оборону которой от врагов он посвятил всё своё царствование, с горечью в сердце воскликнул: «Прощай, Сирия! Прощай навсегда!» Летописи человечества не представляют нам возгласа, более раздирающего душу; в нём сказалось всё величие души Ираклия, вся его любовь к отечеству. Сирия уходила из-под власти греков навсегда
…» (Г. Ласкин).В последующие годы пали Кесария Палестинская, которая в течение шести лет героически сопротивлялась арабам, Эдесса, Констанция, Дара, капитулировал Иерусалим, была захвачена вся Византийская Месопотамия. Затем последовало арабское вторжение в Египет, а в 640 году была осаждена Александрия. Она будет сопротивляться очень долго, 14 месяцев, и падёт лишь после смерти Ираклия 8 ноября 641 года. Самое интересное, что город мог успешно сопротивляться до тех нор, пока получал подкрепления и продовольствие морем, но новые правители Империи махнули на Александрию рукой и даже вывели из города часть гарнизона для собственных нужд.
* * *
11 февраля 641 года базилевс Ираклий умер от водянки, и с его смертью закончилась целая эпоха, а мир стал другим. «Когда Ираклии принимал последние распоряжения в обеспечение престолонаследия, дела империи находились в полном расстройстве. В течение десяти лет, которые разделяют мир с Персией от смерти Ираклия (641), и при ближайших его преемниках на Востоке произошел громадный переворот, совершенно уничтоживший былое влияние и величие Византии. Театр героических подвигов Ираклия — Персия, исконные области империи на Востоке — Сирия и Палестина, наконец, Египет и часть островов были уже отторгнуты от Византии, морская власть на Средиземном море начинала переходить к арабам, словом произошел ряд событий громадной важности, совершенно изменивших взаимное положение исторических народов и государств»
(Ф. И. Успенский). Недаром Г. Острогорский заметил, что правление Ираклия является поворотным моментом для Восточной империи, она завершает римскую эпоху и начинает византийскую в прямом смысле слова. Первый базилевс жил на переломе этих эпох, и в этом была его трагедия — решив те вопросы, которые одна из них перед ним поставила, он не смог решить проблемы, поставленные другой.* * *