В том же году к созданию С-25 непосредственно подключилось и Минобороны. В августе 1954 года создается 4-е управление Минобороны – войсковая часть 77969. Оперативно главное управление подчинялось главнокомандующему Войсками ПВО страны – заместителю министра обороны маршалу Советского Союза Леониду Говорову. Задача 4-го ГУМО состояла в подготовке войск ПВО страны к приему на вооружение «Беркута». Зенитная ракетная система С-25 была принята на вооружение в 1955 году секретными Постановлениями ЦК КПСС от 14 апреля № 720–435, Совета Министров СССР от 7 мая № 893–533. Постановлением Совмина и совершенно секретным приказом министра обороны СССР от 21 мая 1955 года № 00112 вместо 4-го управления Минобороны создается 4-е Главное управление (4-е ГУМО). Номер войсковой части 77969 сохранился. Вновь созданный военный главк, как его называли в Минобороны, занимался техническим обеспечением «Беркута», стоящего на вооружении Первой армии ПВО особого назначения. В войсках прижилось негласное название «Первая конная».
Академик П.Д. Грушин с руководителями тематики противовоздушной обороны в 4-м ГУМО
Постепенно у военного главка расширились полномочия. Он стал генеральным заказчиком разработки, серийного производства, технического обеспечения во время эксплуатации зенитных ракетных, радиотехнических вооружений, средств связи войск ПВО страны.
В 50–60-е годы США и НАТО активно разрабатывали планы ракетно-ядерной войны, внезапного сокрушительного удара средств воздушно-космического нападения на основные стратегические, военные объекты. СССР ответил созданием в войсках ПВО страны единой системы воздушно-космической обороны государства. Для решения проблемы повышения боевых возможностей войск в 1956 году было сформировано 5-е управление 4-го ГУМО по заказу военно-промышленного комплекса СССР вооружений противоракетной обороны (ПРО), систем предупреждения о ракетном нападении (СПРН), противокосмической обороны (ПКО), контроля космического пространства (СККП). Первым начальником 5-го управления был назначен полковник Михаил Мымрин, впоследствии генерал-лейтенант. Потом управление возглавил генерал-лейтенант Михаил Ненашев. Именно 5-е управление 4-го ГУМО занималось созданием первой в мире системы противоракетной обороны «А-35» генерального конструктора генерал-лейтенанта Григория Васильевича Кисунько. В 1978 году ее модификация «А-35М» была принята на вооружение и поставлена на боевое дежурство. В 1996 году специалисты 5-го управления дали добро на принятие на вооружение для противоракетной обороны Москвы еще более совершенного вооружения ПРО – боевой системы «А-135».
Все боевые радиолокаторы системы предупреждения ракетного нападения «Днестр», «Днепр», «Даугава», «Дарьял», космические системы «УС-К», «УСК-МО» для обнаружения стартующих ракет с ракетоопасных для СССР направлений, комплексы перехвата военных искусственных спутников Земли заказывались 5-м управлением 4-го ГУМО. Боевая система ЗГРЛС тоже заказывались у промышленности специалистами нашего управления.