Грозным оружием в руках университетов была сецессия: в случае конфликта с местными властями студенты и магистры покидали этот город и переселялись в более благоприятные места. Потеря университета ощутимо подрывала престиж властей и наносила значительный экономический ущерб. После конфликтов в Болонье студенты основывали университеты по соседству — в Виченце, Ареццо, Падуе, Верчелли. В 1229 г. парижские королевские чиновники после драки студентов с горожанами поддержали последних. Университет в полном составе покинул Париж: кто-то уехал в Оксфорд, кто-то в Анжер, Орлеан, Тулузу. В 1231 г. при посредничестве папы Григория IX университет торжественно «вернулся» в Париж, получив полное подтверждение своих прав и вольностей.
Подобно крупным феодалам и вольным городам, университеты добились определенных свобод и привилегий (право забастовки — сецессии, право своего суда, свободу от налогов и др.) и столь же упорно готовы были их защищать. Если первые университеты в Болонье, Париже, Монпелье, Оксфорде возникли сами собой (поэтому никто не может назвать дату их образования), то начиная с XIII в. университеты основывали папство, а позже — короли, князья, города, наделяя их правами и уставами по готовым образцам, чаще всего — по парижскому. На пустом месте, конечно, университеты создать было трудно — они приживались там, где ранее были какие-то образовательные центры. Но далеко не все прославленные школы XII столетия стали университетами — пришли в упадок школы в Салерно и Толедо, так и остались соборными школы в Реймсе, Лане, Шартре. От школ XII в. университеты отличались своей жесткой структурой, корпоративным устройством. Они образовывали единую систему, их статуты при всех различиях все же походили друг на друга. В определенной последовательности изучались одни и те же предметы, присваивались одни и те же степени. Официальное название университетов — "всеобщие школы" (studium generale) означало, что степени, выдаваемые там, признавались во всем христианском мире. Они, кстати, назывались: "право преподавать повсюду". Были случаи, когда один университет отказывался признавать степени, полученные в другом университете. Но в принципе универсальность степеней гарантировалась папством и теми властями, кто выдавал привилегии университетам. К концу средних веков вся Европа была охвачена сетью университетов (их было уже около восьмидесяти).
Начальное образование было разнообразным — кого-то учили дома, кто-то учился в школе при церкви или в городской частной школе, существовали подготовительные, «грамматические» школы и при университетах. Затем в возрасте примерно от двенадцати до пятнадцати лет подросток становился студентом, давал присягу на верность университету, записывался в книгу ректора, в матрикулы — списки членов корпорации. Возраст поступления в университет не оговаривался, следовало лишь отучиться в нем не менее положенного срока. Поэтому рядом с совсем «зелеными» юнцами можно было встретить седобородого студента-старожила. В южных университетах, специализировавшихся на преподавании права, студентами были люди вполне зрелые, поэтому в Болонье ядро корпорации составлял союз студентов, в то время как в Париже (и во всех университетах "парижской модели") студенты искусств не имели права голоса на ассамблеях университета.
Имматрикуляция (то есть принятие в члены университетской корпорации, в студенты) обставлялась торжественно. Иногда студенты устраивали новичку неофициальное посвящение. «Желторотому», как их называли, цепляли рога и зеленые ветки, потом срывали их, награждая тумаками. Это должно было означать разрыв с прежней дикой «сельской» жизнью и превращение в "цивилизованное существо" — студента.