В такой ситуации царь решился вернуть свою сестру. Он признал свои ошибки, отводя своему убитому сыну место в пантеоне династии Птолемеев под парадоксальным именем: «Новый Бог, Который Любит Своего Отца» (Теос Неос Филопатор). В конце марта 118 года Птолемей VIII издал тонко рассчитанный указ о полной амнистии, по своему размаху не сравнимой ни с какой другой. Щедрая и одновременно справедливая амнистия оправдывала все действия, совершенные во время гражданской войны, за исключением особо кровавых преступлений и святотатств. Все долги были прощены; земледельцы смогли вернуться в свои владения и начать работать на благо царя. Огромное количество второстепенных постановлений было направлено на пресечение правонарушений, усугублявших кризис, а также на прояснение основных правовых норм, как, например, юридические отношения между греками и египтянами. Вопреки всем ожиданиям эти меры были с радостью восприняты местным населением, а воцарившийся в стране мир, благотворно повлиявший на общую внутреннюю ситуацию, вел государство к процветанию.
24 июня 116 года Птолемей VIII умер в возрасте примерно 68 лет, парадоксальным образом оказавшись одним из самых старых Лагидов, за исключением, пожалуй, только первого Птолемея, не однажды подвергнув опасности будущее своей династии вследствие собственной ошибки.
Он оставил престол своему старшему сыну Птолемею Сотеру II, прозванному Латир («Бородавка»), однако его правление проходило под гнетущим опекунством двух цариц матерей. Новый фараон посетил вместе с ними юг страны в Асуане и в Нижней Нубии, укрепляя границы против вторжения государства Мероэ. К счастью, для поддержания внутреннего мира Клеопатра II исчезла через несколько месяцев, оставив правление в руках своей дочери и одновременно бывшей соперницы — Клеопатры III. Последняя же пользовалась властью безраздельно, оставив своему сыну, царствующему лишь номинально, в качестве малоутешительной компенсации самоличное правление только на территории Киренаики.{13} Государь, уже женатый на своей старшей сестре Клеопатре IV, должен был по приказанию своей матери развестись с ней, чтобы жениться на другой своей сестре — Клеопатре Селене. На самом деле Клеопатра III предпочитала видеть царем другого своего сына — Александра. Она добилась для него царского титула и правления на Кипре в 114 году. Таким образом, семейные распри дробили ту небольшую часть, которая осталась от империи Лагидов. Царица, находя своего старшего сына недостаточно покорным, окончательно отстранила его от власти, поставив на место правителя Египта его младшего брата — Александра (107 год). Власть Клеопатры III отныне стала абсолютной, доказательством чему было принятие ею высшего духовного сана жрецов Александрии — звания, которого не могла достигнуть ни одна женщина.
К тому времени, после череды неудач, Птолемей Сотер сумел захватить Кипр, желая сделать его отправной точкой для дальнейшего отвоевания своего царства. В 103 году он испытал свою судьбу, по правде говоря, окольным путем: Сотер ответил на просьбу о помощи со стороны жителей города Птолемаиды-Акко, что во владениях Палестины, осажденного новым царем иудеев Александром Янне. После того как Птолемей высадился на берег, ему пришлось отказаться от въезда в город, жители которого к тому времени уже успели передумать. Однако это не помешало ему нанести сокрушительное поражение Янне и опустошить со своей армией иудейское царство. Такое победоносное появление своего сына вблизи от Египта насторожило Клеопатру III. В свою очередь она собрала армию для того, чтобы отбросить его к морю. Разразившаяся война все более и более запутывала ситуацию, вовлекая новые действующие лица, среди которых оказались и два царя Селевкида, оспаривавших власть у Антиоха.
К тому времени Сотер вторгся в Египет, но был изгнан, так как армия его не отличалась ни ловкостью, ни силой. Прожив зиму в Газе, он вынужден был вернуться обратно на Кипр.
Что касается Птолемея Александра, то, воспользовавшись царящими беспорядками, он убил свою мать, чье иго не в состоянии был больше переносить. Так завершились пятнадцать лет авторитарной власти одной из представительниц династии Клеопатр, доказавшей, что государство может с успехом управляться женщиной, о чем полвека спустя будет вспоминать ее правнучка — Великая Клеопатра.