Александр процарствовал со своей женой Береникой III 12 лет. По воле судьбы она была дочерью враждовавшего с ним брата, Птолемея Сотера, и эта супружеская коллизия напоминала брак ее бабушки Клеопатры III с Птолемеем VIII. В течение этого нового правления внутренняя ситуация в Египте заметно ухудшилась. Обычным явлением стали волнения в Верхнем Египте. Впрочем, все более частое вывешивание у храмов указов египетского царя об убежищах свидетельствовало о том, что либо право на убежище более не чтилось, либо эти указы были лишь поводом для нарушений, приводивших к нищете и отсутствию ощущения безопасности. В то время Египет окончательно теряет свой контроль над Киренаикой, сначала сдавшейся Птолемею Апиону (внебрачному сыну Птолемея VIII), а затем завещанной Риму в 96 году. С 89 по 88 год гарнизон Александрии поднялся против царя и призвал брата Александра, правившего на Кипре. Александр вынужден был бежать, но был убит в морском бою. Сотер II утвердился в столице, однако ему пришлось усмирять вновь восставший Верхний Египет.
Покидая Александрию, Птолемей Александр оставил бомбу замедленного действия, а именно: завещание, в котором он называл Римский Народ своим наследником — действие тщетно предпринятое, дабы хоть как-то помешать возвращению Сотера на трон. Отныне самые различные политические группы, которые могли оспорить власть в пользу Рима, располагали юридическим документом, провозглашавшим присоединение Египта к Республике. Сотер II пережил своего брата всего лишь на восемь лет. Он был последним из династии Лагидов, обладавший независимой от Рима властью. Римская Республика, раздираемая внутренними гражданскими войнами и вовлеченная в непрекращающийся конфликт против понтийского царя Митридата, не занималась больше египетскими проблемами.
Со смертью Сотера его дочь Береника III, к тому времени уже вдова Александра, оказалась единственной наследницей. Так как у нее не было ни мужа, ни сына, с которыми она могла бы править, после нескольких месяцев колебаний египетская царица решилась выйти замуж за внебрачного сына покойного царя, также именовавшегося Александром, жившего в то время на территории современной Италии.
Новый царь — протеже Суллы, с недавнего времени неоспоримого хозяина Рима, смог навязать свою волю египетскому двору. Вскоре после свадьбы Птолемей XI-Александр II, слишком поспешивший взвалить на себя одного бремя царской власти, организовал убийство своей новоиспеченной супруги и одновременно мачехи. Он поступил крайне опрометчиво. Береника, как и большинство цариц этой династии, была очень популярна среди народа Александрии. Вспыхнул один из тех жесточайших мятежей, которые периодически будоражили столицу: разбушевавшаяся толпа ворвалась во дворец и повесила молодого убийцу, удержавшегося на троне всего лишь восемнадцать дней.
После таких перипетий Египет находился на грани истощения. К счастью, в Риме не было личности, готовой воплотить в жизнь завещание Птолемея X. Двор Александрии мог принять последних внебрачных детей Сотера II — двух Птолемеев и Клеопатру. Следуя традиции, они заставили старшего Птолемея жениться на своей сестре и посадили чету на египетский трон. Чтобы избежать любых братоубийственных распрей, младшего сделали царем Кипра. Так началось жалкое правление Птолемея XII и Клеопатры VI, пышно названное «правлением Богов Филопатора и Филадельфии». Однако новый Птолемей отказался от набожности в пользу искусств, назвав себя «Новым богом Дионисом». В историю он вошел под именем «Флейтист» (Авлет). Этот коронованный поклонник искусства низвел свою династию до того, что она стала простой игрушкой в руках лидеров различных партий Рима. Нужно сказать, что такая ситуация его мало устраивала: обязанный своим царственным положением неконтролируемым капризам александрийской толпы, вместе с тем он находился под постоянной угрозой римского вторжения в случае неполучения им формального признания со стороны великой защитницы всех государств и городов Востока. Птолемей старался изо всех сил достичь звания «союзника и друга» Римского Народа, без которого легитимность его власти не была бы одобрена Римом. Он развращал политическую верхушку Рима, снабжая ее дорогостоящими «подарками», которые поглощали большую часть его собственного дохода.
Такая ситуация сохранялась до прибытия Помпея на восток в 64 году. К этому времени Митридат был окончательно разбит, и амбициозный Помпей решил перестроить на свой лад политическую географию всего региона. С превращением Сирии в одну из провинций Рима он уничтожил ту малую часть, что осталась от государства Селевкидов. Решив внутренние проблемы еврейского царства, а также урегулировав отношения с арабским государством Набатеев, ему ничего другого не оставалось, как заняться делами Египта.