Разумеется, эти цифры были получены историками, а в то время, когда не было ни опросов общественного мнения, ни статистики, протестанты не могли знать таких данных. Однако им было хорошо известно, что они пребывают в меньшинстве и что сила их меньшинства заключается в военной мощи и в солидарности элиты. Поэтому они понимали, что не следует заходить слишком далеко в своих требованиях, ибо если они не пойдут на уступки, то скорее всего, не получат ничего. Присутствие короля, который прежде столько лет был их главою, побуждало их надеяться на окончательное решение конфликта, продолжавшегося почти сорок лет.
После жестоких гражданских войн найти компромиссные решения было трудно, поэтому эдикт получился довольно громоздким: он включал в себя девяносто две основные статьи и пятьдесят шесть дополнительных, названных секретными, а также четыре документа, в двух из которых оговаривались важные вопросы, связанные с финансами и военными действиями.
Эдикт признавал свободу совести, однако не предоставлял свободу богослужений, точнее, предоставлял, но в ограниченных масштабах, как уже было оговорено в Амбуазском эдикте 1563 года. В Нантском эдикте было определено три категории мест для отправления культа: «фьеф», «владение» (где проповеди читали уже в 1597 году) и «по соглашению», то есть в тех местах, какие были отведены для этого в бальяжах и сенешальствах (обычно по одному на бальяж и на сенешальство).
Если отправление культа в бальяжах и иных административных округах, равно как и в домах сеньоров, могло рассматриваться как относительно гарантированное, то этого нельзя было сказать о фьефах, так как если сеньор-протестант продавал свое поместье католику или же его наследник был приверженцем римско-католической церкви, община, возглавлявшаяся этим сеньором, переходила на нелегальное положение.
Отправление культа в усадьбах было обычным явлением для тех провинций, где большинство населения перешло на сторону реформированной церкви; протестантские храмы в этих провинциях нормально функционировали даже в период волнений, учиненных Лигой. Напротив, богослужения «по соглашению» проводились обычно в тех регионах, где сторонников реформированной церкви было мало. Отправление культа во «владениях», иначе говоря, в частных домах, часто происходило в городах, в то время как места «по соглашению» отводились преимущественно в городских предместьях. В ряде городов, в том числе и в Париже, протестантские богослужения были запрещены, поэтому столичным реформатам приходилось довольствоваться протестантским храмом, сооруженным близ Парижа в Шарантоне. Нантский эдикт предоставлял возможность строительства новых храмов.
Сохранилась идея о создании смешанных палат при парламентах, предполагавшая выделение для протестантов определенного количества мест советников. Половина советников смешанной палаты должна была быть католиками, а половина — протестантами. Проблемы с местами для советников-протестантов возникли в Тулузе: столица юга всегда выказывала привязанность к католицизму. В результате пришлось учредить смешанные палаты в Кастре. Такая же ситуация сложилась в Бордо, для жителей которого пришлось учредить смешанную палату в Нераке. Для Прованса и Дофине была учреждена единая совместная палата, заседавшая в Гренобле.
С 1570 года, когда был принят Сен-Жерменский эдикт, для решения военных вопросов вошло в обычай отдавать протестантам в качестве гарантий укрепленные города. В 1598 году Генрих IV проявил по отношению к своим бывшим единоверцам великодушие и передал в их распоряжение тридцать два города. Шестнадцать из них находилось в Лангедоке: это Алее, Андюз, Кастр, Ганж, Ле-Мас-д'Азиль, Ле-Виган, Мазаме, Мийо, Монтобан, Монпелье, Ним, Памье, Ревель, Сент-Африк, Сент-Амбруаз, Юзес. На юго-западе протестанты получили десять городов: Клерак, Ла-Рошель, Луден, Нерак, Руайан, Сен-Жан-д'Анжели, Сомюр, Туар, Тонненс. Шесть других городов находились в бассейне Роны (Ди, Ливрон, Монтелимар, Прива) и в долине Луары, к востоку от Орлеана (Жарго и Сансер).
Особые и секретные статьи были составлены с целью приободрить и католиков, и протестантов. В них говорилось, что протестанты не могут быть насильно привлечены к католическим богослужениям, их нельзя заставлять давать деньги на католическую церковь (однако платить десятину они обязаны). Перед кончиной реформаты имели право пригласить к себе протестантского пастора.
Уступки, сделанные протестантам, требовали, по мнению католиков, компенсации, особенно в тех городах, где было сильное влияние Лиги. Так, в бальяжах Орлеана и Буржа было всего лишь одно место для отправления протестантского культа вместо двух. Городам Морле, Бове, Тулузе, Але, Дижону и Шалону было разрешено не иметь мест, где протестанты могли бы проводить свои богослужения.