Интеллектуалы, по-прежнему увлекавшиеся идеями Платона и Аристотеля, сталкиваясь с необходимостью придумать что-то новое, испытывали большие трудности, ибо все новое было связано с идеей разделения, которую воспринимали как идею разрыва с мировой гармонией и единосущностный разрыв с Господом, поэтому противники согласия продолжали укреплять свои позиции, способствуя нарастанию недовольства в каждом лагере. Некоторые вожди протестантов были столь рассержены на Генриха IV, что отказались принять участие в осаде Амьена и освобождении города от ненавистных испанцев и отправились на ассамблею протестантов в Шательро. Ассамблея 1597 года стала пятым собранием недовольных протестантов; прежние ассамблеи состоялись в Манте (1593), Сент-Фуа (1594), Сомюре (1595) и Лудене (1596).
В ассамблеях принимали участие пасторы, дворяне и буржуа из городов и поселков. Уверенные, что государь их непременно выслушает, они оказывали сильное давление на короля и его окружение. 9 мая 1593 года в Манте пастор Дамур во время проповеди нелицеприятно высказался в адрес короля, справедливо подозревая его в желании перейти в католичество. В порыве возмущения он даже стал угрожать ему Божьим судом. Приближенные монарха были изумлены яростью, с которой пастор нападал на короля, и обратились к монарху с просьбой разрешить принять меры против зарвавшегося проповедника. Но Генрих IV просителям отказал, заявив, что пастор всего лишь высказал несколько сомнительных истин.
Время шло, и поставленный перед необходимостью укреплять свою власть Генрих IV вынужден был принимать более суровые решения. В 1596 году он приказал распустить ассамблею протестантов в Лудене. В ряде случаев протестанты стали представлять опасность для государства. Так, например, протестанты захватили налоги, собранные в Пуату и Сентонже, чтобы использовать эти средства для организации вооруженного мятежа. Кроме того, они получали солидную поддержку из заграницы, с помощью которой распространяли памфлеты, где Генриха IV именовали королем-отступником, устроившим гонения на французских кальвинистов.
Когда напряженность в отношениях с протестантами достигла наивысшей точки, король, решив сделать шаг к примирению, дезавуировал своих представителей в Шательро, в частности Шомберга, и поручил возобновить переговоры восьми доверенным лицам: четырем представителям короля и четырем представителям протестантской общины.
В результате этих трудных переговоров 13 апреля 1598 года в Нанте был подписан эдикт, который историк Даниэль Лигу назвал «Нантским миром», желая подчеркнуть, что выработанное соглашение касалось не только вопросов религии, но и политики и вопросов войны и мира.
Этот закон о протестантах критиковали многие историки, подчеркивая, что две религии были поставлены в неравное положение, и даже если бы эдикт исполнялся в точности (так будет во время правления Людовика XIV, незадолго до отмены эдикта), он все равно сдерживал бы развитие протестантизма, консервируя его в той форме, в какой он существовал на момент принятия эдикта, то есть в 1598 году.
Часть историков, не отвергая изложенных выше аргументов, вполне соответствующих действительности, тем не менее делает акцент на том, что впервые в Европе конфессиональному меньшинству были предоставлены определенный юридический статус и ряд основных прав, среди которых свобода совести и возможность исповедовать свою веру. По сравнению с Аугсбургским миром Нантский эдикт, несомненно, представлял собой шаг вперед.
Попытаемся представить себе атмосферу, царившую в ту эпоху. Переговоры были настолько трудными, а гражданская война, конец которой положил Нантский эдикт, столь жестокой, что все общество испытывало крайнюю усталость. Даже протестанты в большинстве своем были удовлетворены текстом эдикта, родившегося в результате многочисленных компромиссов и предоставлявшего им подлинный юридический статус вместе с гарантиями, подкрепленными военной силой.
Протестанты знали, что их единоверцев не так уж много — один протестант на тринадцать — пятнадцать католиков, или миллион двести пятьдесят тысяч сторонников протестантской веры на шестнадцать — семнадцать миллионов католического населения страны. На миллион двести пятьдесят тысяч протестантов приходилось восемьсот пасторов и шестьсот девяносто четыре церкви. К регионам, наиболее плотно заселенным протестантами, принадлежали Аквитания, долина Луары, Нижняя Нормандия, Дофине и Лангедок, то есть на юге королевства протестантов было больше, чем в других регионах. Большинство принявших новую веру относились к городской и дворянской элите, крестьянские массы и мелкий городской люд были представлены в меньшей степени.