Нантские соглашения, достигнутые в результате сложнейших переговоров и ценою многочисленных жертв, не могли вступить в силу единственно по воле короля, так как во Французском королевстве, как и положено в правовом государстве, эдикт должен был быть утвержден судебными органами.
Высший судебный орган, Парижский парламент, предложил внести изменения: сократить дозволенные места отправления культа в бальяже с двух до одного, а в городах, где были епископские резиденции, и вовсе запретить протестантские богослужения. Таким образом, проживание в ряде городов для протестантов автоматически становилось невозможным, а потому для многих реформатов эдикт становился неприемлемым. Однако протестанты, собравшиеся на ассамблею в Шательро, хотя и высказали свое недовольство внесенными поправками, тем не менее согласились их принять. Делегаты рассудили так: лучше иметь эдикт несовершенный, чем не иметь никакого, иначе говоря, лучше иметь хоть какие-нибудь гарантии, предусмотренные законодательством, чем не иметь гарантий вовсе.
Провинциальные парламенты заняли позиции в соответствии с их собственным пониманием ситуации. В Гренобле все с легкостью проголосовали за эдикт: в Дофине всегда умели договариваться с протестантами. Напротив, Дижон, бывшая столица главы Лиги Майенна, а также Бордо и Тулуза, исконные цитадели католицизма, попытались подтвердить свою истовую приверженность католической вере и выставили целый ряд претензий. Но в конце концов и они присоединились к большинству и утвердили эдикт. В таких периферийных столицах, как Экс-ан-Прованс и Ренн, где было сильно стремление к независимости, оппозиция действовала более решительно, и понадобилось специальное королевское письмо, на основании которого тамошние парламенты в конце концов утвердили новый закон. В Руане поступили оригинально: верховный суд официально утвердил эдикт только в 1609 году, но девять предшествующих лет все статьи его, не утвержденные формально, на деле дотошно исполнялись.
Когда изучаешь Нантский эдикт, со всеми его ограничениями, предназначенными помешать распространению протестантизма, трудно говорить о толерантности в современном понимании этого слова. Генрих IV намеревался достаточно либерально интерпретировать положения эдикта, но так как после его принятия он прожил всего десять лет, привычка соблюдать статьи и положения нового законодательства, правильность которого должно было подтвердить время, не успела закрепиться на уровне повседневности.
Новые военные инициативы, выдвинутые при Людовике XIII, завершились «эдиктом милости», принятом в Алесе. Согласно этому эдикту протестанты утрачивали принадлежавшие им города, но сохраняли свои свободы. Мазарини не стал трогать построенного Генрихом IV здания, с иронией заявив, что «маленькое стадо» вправе питаться дурными травами и лично он считает, что самое мудрое — это не вмешиваться в его дела.
Царствование Людовика XIV, напротив, стало эпохой гонения на протестантов, буквального применения статей Нантского эдикта, что окончательно перекрыло протестантам кислород и в конце концов привело к отмене эдикта в 1685 году. Во второй половине XVII века протестанты не имели возможности защищаться, ибо изрядная часть знатных сеньоров-гугенотов осознанно и намеренно обратилась в католичество. После многочисленных столкновений дворян с властью во времена Ришелье и Мазарини, после мятежных выступлений дворян в эпоху Фронды, максима «дворянин обязан быть мятежником» вышла из моды.
Как ни парадоксально, но приняв Нантский эдикт, Франция в борьбе за соблюдение прав человека опередила все другие страны европейского континента. Но спустя век, когда европейцы, и в частности немцы, англичане и граждане Соединенных Провинций фактически стали проявлять подлинную толерантность и даже начали формулировать новые принципы соблюдения прав человека, Франция повернула вспять, отправив значительную часть своей элиты в ссылку, то есть в протестантскую Европу. Ибо к этому времени конфессиональные разногласия в Европе в основном перестали решаться путем непосредственного единоборства.
В Чехии в 1609 году при поддержке императора Рудольфа II была предпринята попытка решить вопрос о сосуществовании двух конфессий по французскому образцу: религиозная свобода была гарантирована обеим религиям, которые, с одной стороны, объединяли католиков и утраквистов (умеренных гуситов), а с другой стороны, лютеран, кальвинистов и моравских братьев (последователей гуситов, близких к кальвинистам). Однако это согласие было еще более кратковременным, чем действие Нантского эдикта: разгром восстания чешских сословий на Белой Горе в 1620 году и Тридцатилетняя война оставили от Грамоты Рудольфа II одни воспоминания.