Обеспокоенный тем, как изменилось отношение католиков к барону, штаб протестантов решил снять Адрета со всех ответственных постов, удалить его как с поля боя, так и от стола переговоров. Вначале с узником обходились почтительно, однако со временем к нему стали проявлять меньше уважения. В Романе у него забрали оружие, то есть совершили акт в высшей степени символический по отношению к военачальнику, а затем арестовали все его бумаги. Из Романа барона ненадолго перевели в Монпелье, а затем в крепость в Ниме.
Для ведения процесса по делу барона дез Адрета назначили специальных комиссаров, так как судей он отверг — на том основании, что они «продались его врагам». Обладая рядом привилегий, как по праву рождения, так и в силу своего высокого ранга, барон потребовал, чтобы его судили в Дофине. Он утверждал, что не совершил ничего противозаконного, тем более что в вину ему вменяли всего лишь вступление в переговоры с роялистами, сознательно умалчивая о совершенных по его приказу и при его попустительстве жестокостях, ибо не только он, но и все вокруг знали, что именно его победы, одержанные в особенно тяжкие для протестантов времена, помогли его тогдашним друзьям-реформатам выйти из затруднительного положения. Об этом он также упомянул в беседе с Агриппой д'Обинье.
Проведя в заточении около двух месяцев, он был освобожден на основании Амбуазского эдикта; но положение его было незавидным, ибо жизни его явно угрожала опасность. Говоря словами Теодора де Беза, он получил свободу «без прощения и без приговора». Так как при освобождении ему не вернули отобранные у него после ареста бумаги, он потребовал правосудия у Гренобльского парламента, того самого, на который он сначала нагнал страху, а потом уладил дело миром. Советники парламента постановили удовлетворить все требования барона. Надо сказать, ходившие о нем легенды стали оборачиваться ему на пользу. Даже Рим опасался его набегов. В течение нескольких месяцев он был подлинным владыкой юго-востока Франции. Но могущество барона за несколько дней рассыпалось в прах. Брантом, посвятивший ему несколько строк, полагал, что, изменив партии протестантов, барон утратил доверие населения, и констатировал, что «барон никогда не был достаточно хорош ни для католиков, ни для гугенотов».
Сам барон совершенно иначе расценивал свое поведение. Как следует из письма к Немуру, он полагал, что действует по указанию королевы Екатерины Медичи, не желавшей мириться с усилением власти знатных, но надменных католических сеньоров, и утверждал, что королева-мать хотела усилить влияние Конде, чтобы сделать из него противовес могущественным Гизам, и прежде всего в Дофине, где барон обладал изрядным влиянием.
В разговоре с протестантом Агриппой д'Обинье барон Адрет использовал иные аргументы: например, возмущался усилившимся, на его взгляд, влиянием пасторов, входивших в окружение Колиньи. В частности, он сказал, что «господин адмирал руководил военными действиями, опираясь на циркуляры министров [протестантские пасторы именовались министрами], и хотел, чтобы краснобаи судили тех, кто силен в делах, а не в речах».
Он даже извлек на свет давний аргумент генералов: войной должны заниматься военные, побывавшие на поле брани, а не те, кто на основании их рассказов говорит или пишет о войне. То же самое говорил и Монлюк, попытавшийся объяснить, как война, выигранная на поле боя, была проиграна на бумажном фронте, из-за «проклятых бумажек», а точнее, теми, кто эти бумажки писал, то есть дипломатами и политиками. Защищая эту точку зрения, барон Адрет заявлял: «чтобы сменить существующее правление, нужно всего лишь ввести правление военное».
Своей жестокости и своим неблаговидным поступкам он легко находил оправдание: «когда вам надо сбить спесь с надменного врага, скромность вам не поможет», или — «овцы не могут побороть львов». Воспитанный в традициях латинской культуры, он, отстаивая свои позиции, прибегал к историческим аналогиям. Так, он сравнивал Колиньи с Фабием Кунктатором (Медлителем), который в III веке до н. э. применил против Ганнибала тактику сдерживающей войны: не вступая в бой в боевом порядке, он изматывал врага, не давая ему передышки. Столкнувшись со стратегией, более всего напоминающей герилью, Ганнибал потерпел поражение; тем не менее римляне чувствовали себя обесчещенными, так как они ни разу — в привычном понимании — не вступили в бой с карфагенянами. Но когда вновь назначенные полководцы дали битву по всем правилам, они были наголову разбиты противником, и им пришлось вернуться к проверенной тактике Фабия.
Барон Адрет обвинял Колиньи в том, что тот сделал ставку на цензора (то есть администратора, иначе говоря Субиза), а следовало делать на диктатора (то есть барона Адрета), наделенного всеми военными полномочиями. И упрекал Колиньи за то, что тот предпочел Фабия Марцеллу (Марцелл был римским генералом, покорившим Цизальпинскую Галлию и снискавшим славу во Второй Пунической войне).