Несмотря на все трудности, Карл IX и его мать при помощи конкретных мер и третейских судей, умело дозировавших приговоры, проводили политику, обеспечивавшую сосуществование двух религиозных общин и двух крупных знатных кланов. В этом же направлении трудился не покладая рук и канцлер де Лопиталь, опубликовавший в феврале 1566 года знаменитый Муленский ордонанс, где были изложены основные положения реформы правосудия. Так, в частности, были уточнены функции парламентов, вводился контроль над судами, куда теперь регулярно направляли судебных чиновников (тех, кто в XVII веке станет называться интендантами), приезды которых тотчас прозвали «набегами», был изменен порядок проведения судебных сессий в провинциях, назначены высокие юридические чины. Парижский парламент попытался протестовать против реформ, ущемлявших его прерогативы, но в конце концов смирился.
По окончании войны остро вставала проблема праздности дворян, находившихся при дворе; не имея возможности снискать славу на поле боя, дворяне с азартом вступали в схватки друг с другом, и зачастую эти поединки заканчивались трагически.
Чтобы занять, а главное, развлечь дворян, Екатерина Медичи возобновила традиции времен Франциска I и стала устраивать грандиозные празднества в Фонтенбло: пиры, турниры, театральные представления, прогулки верхом. Знатные сеньоры, в том числе и протестанты, с удовольствием участвовали в королевских развлечениях, не обращая внимания на едкие замечания пасторов и предупреждения Кальвина. Усилия Екатерины Медичи и Карла IX позволили Франции вкусить плоды четырехлетнего мира. За эти годы страна залечила раны и отстроилась после гражданской войны. Но умы не пришли в состояние умиротворения, стычки между католиками и протестантами продолжались: достаточно было одной искры, чтобы широкомасштабный конфликт запылал вновь. В Нидерландах мятеж, поднятый против Филиппа II Испанского, стал началом восстания политического, направленного на защиту традиционных свобод северной страны, против жесткой централизаторской политики и непреклонного католицизма испанского монарха.
Французские сторонники реформированной церкви тяжело переживали жестокие меры, предпринимаемые испанцами против их единоверцев на севере, и упрекали французский двор в нежелании поддержать борьбу Нидерландов против Испании. Протестанты подозревали, что Екатерина Медичи ведет двойную игру и втайне поддерживает переписку с Филиппом II с целью как можно скорее раздавить протестантское движение в Европе.
Скорее всего, французское правительство действительно не намеревалось предпринимать какие-либо действия в связи с испано-нидерландским конфликтом. Но несмотря на политику нейтралитета, правительство, опасаясь бесчинств испанских солдат на французской территории, все же рекрутировало швейцарцев. Испанские армии дошли до Милана и теперь направлялись в Нидерланды, а путь их лежал через Савойю, Франш-Конте и дальше вдоль границ Дофине, Бургундии и Шампани.
Протестанты с тревогой наблюдали за рекрутированием швейцарцев, понимая, что эта сила в любую минуту может быть использована против них. Они задавались вопросом, не заключили ли Филипп II и Екатерина Медичи, встречавшиеся в Байонне во время большого путешествия Карла IX по Франции, тайный католический альянс.
Собравшись на совещание в замке Валери (современный департамент Йонна), вожди протестантов решили перейти в наступление. Полагая, что Карл IX попал под дурное влияние матери и двора, они по примеру герцога де Гиза, который в 1562 году превратил и короля, и его мать, и двор в настоящих узников, решили похитить короля.
Планы Колиньи и Конде провалились. Находившийся в Монсо король в сопровождении швейцарцев и коннетабля Монморанси спешно вернулся в Париж. Маленькая армия щвейцарцев сумела предотвратить нападение Конде, стремившегося дать решающее сражение. Две армии шли вместе до самого Буржа. Оттуда Карл IX направился в столицу, где ему ничто не угрожало.
Несмотря на удачно проведенную военную операцию, для юного семнадцатилетнего монарха и Екатерины Медичи возобновление военных действий, инициаторами которых были протестанты, стало провалом политики примирения. В королевстве разгорался мятеж гугенотов. Накануне праздника Святого Михаила в Монтеро, Орлеане и Ниме сторонники реформированной церкви выступили против нотаблей, священников и монахов. В результате погромов погибли восемьдесят человек.
В Сен-Дени начались переговоры. Протестанты, похоже, не имели серьезных претензий к правительству Карла IX, однако их сильно беспокоили расползавшиеся повсюду слухи о честолюбивых планах Гизов, о формировании наемных отрядов швейцарцев, об обещании истреблять еретиков, данном Карлом IX Филиппу II. К требованию помешать распространению слухов протестанты присоединили требование полной свободы отправления культа, созыв Генеральных штатов с целью — как это уже было в 1560 году — уменьшить налоговое бремя и реформировать государственный аппарат.