Сигналом к возобновлению военных действий стали осада Парижа и сражение при Сен-Дени, состоявшееся 10 ноября 1567 года. В этом сражении погиб старый коннетабль Монморанси. Командование королевскими армиями было передано герцогу Анжуйскому, юному брату Карла IX и будущему королю Генриху III. Опекать неопытного полководца было поручено испытанным воинам, таким как герцог Немурский, герцог Монпансье и маршал де Косее.
23 марта 1568 года в Лонжюмо был подписан мир, но это оказалось лишь временное затишье. Екатерина обвинила канцлера Мишеля де Лопиталя в излишне мягком обхождении с гугенотами. 24 марта 1568 года у канцлера отобрали печати и предложили ему удалиться к себе в поместье, расположенное вдали от Парижа. Час примирения, символом которого являлся Лопиталь, миновал. Екатерина Медичи сменила политику и ясно дала поняты теперь она берет в союзники исключительно католическую партию.
В провинциях, расположенных в центре и на западе Франции, в окрестностях Ла-Рошели, куда прибыли Жанна д'Альбре со своим сыном (будущим королем Генрихом IV), конфликт разгорелся вновь. Наставник герцога Анжуйского, маршал де Таванн, королевский наместник и главнокомандующий королевских армий дал протестантам сражение неподалеку от Жарнака. 13 марта 1569 года Конде был ранен, взят в плен, и Монтескью, капитан гвардии герцога Анжуйского, добил его. Другие вожди протестантов также были предательски убиты. И все поняли, что в этой войне, в отличие от войны 1562 года, принципы уступили место разгулу насилия.
Жестокие бои разгорелись при осаде Пуатье, где отличился молодой герцог Генрих Гиз, прославившийся также в битвах при Монконтуре, Ниоре и Сен-Жан-д'Ажели. Военные действия завершились восстановлением порядка, о чем 8 августа 1570 года в Сен-Жермене был издан соответствующий эдикт. В нем повторялся ряд положений Амбуазского эдикта, признавалось право на свободу совести и отправления культа во всех тех местах, где дозволялось и до войны, то есть в предместьях двух городов в каждой провинции и в жилищах сеньоров с правом высшего суда. Появлялись также дополнительные гарантии: протестантам передавалось четыре укрепленных города: Ла-Рошель, Монтобан, Ла-Шарите и Коньяк, куда они могли отвести свои войска.
После войны Екатерина Медичи и Карл IX продолжили свою миротворческую политику, символами которой стали два примечательных решения: включение в состав королевского совета адмирала Колиньи, ставшего главнокомандующим протестантских армий, и брак Генриха Наваррского, наследника старшей ветви Бурбонов, сына Антуана и Жанны д'Альбре, со старшей сестрой короля Маргаритой Валуа (королевой Марго), дочерью Генриха II и Екатерины Медичи. Как известно, последствием этой свадьбы, на которую в Париж прибыл весь цвет дворян-протестантов, стала резня, устроенная в ночь святого Варфоломея.
Мы не станем пересказывать эти печально известные события: о них написано множество работ и сделано немало докладов и сообщений. В последние годы события Варфоломеевской ночи часто являлись предметом полемики во время научных дискуссий. Мы только перечислим темы, вызывающие особенно острые споры, а также приведем диаметрально противоположные мнения историков.
Покушение на Колиньи, случившееся 22 августа 1572 года, стало своеобразным детонатором будущего взрыва. Никто не сомневался, что это покушение дело рук Гизов, ибо все члены клана были убеждены, что именно Колиньи приказал убить Франсуа де Гиза, а смерть его, разумеется, требовала отмщения. Но какая роль в этом покушении была отведена Екатерине Медичи и Карлу IX? Неужели папа и Филипп II сумели оказать давление на французскую монархию?
Следующий после покушения день вызывает сплошные недоумения, и дела его, поистине, являются тайной. Какое решение принял королевский совет? Какие вопросы обсуждались на этом совете? Как велика была степень свободы, которой располагал молодой Карл IX по отношению к главам протестантской и католической партий, по отношению к папе, к королю Испании, к королевскому семейству, и в частности, к собственной матери, к общественному мнению?
Резня, начавшаяся в ночь с 23 на 24 августа, практически не поддается пониманию. Была ли она организована властью, или же, действительно, явилась стихийным выступлением населения Парижа, измученного нестерпимой жарой и враждебно настроенного к протестантам? А может, это был мятеж недовольных экономической, налоговой и религиозной политикой короля?
В 1972 году историк Анри Дюбьеф пессимистически сообщил, что источники, бывшие в распоряжении исследователей, недостойны доверия, лживы или же сфабрикованы после того, как событие свершилось, а потому узнать истину практически невозможно. Он подчеркивал, что авторы всех источников стремились защитить тот или иной тезис и сообщали только то, что было необходимо для защиты именно данного тезиса.