Не вдаваясь в подробности церковных реформ Никона, отметим только, что исследователи считают их причиной не только «нестроение» в обрядах и ошибки в текстах, но и стремление патриарха привести русское православие в единообразие с современными греческими церковными нормами и тем поставить Русскую церковь в один ряд с другими ортодоксальными церквями, что давало бы московскому патриарху основания для претензий на лидерство в православном мире. Это подтверждается и строительством Воскресенского Новоиерусалимского монастыря под Москвой на реке Истре, переименованной Никоном в Иордан. Патриарх не просто мечтал повторить храм Гроба Господня и все остальные святыни Иерусалима — он жаждал сделать «второй Иерусалим» прекраснее первого.
Царь поддерживал реформы Никона, даже несмотря на то, что множество людей из его ближайшего окружения и придворных выступили против них. Так, его старшая сестра Ирина Михайловна не оставляла попыток вернуть старую веру. Именно она спасла протопопа Аввакума от урезания языка.
Никону очень не нравилось, что Монастырский приказ контролировал церковное землевладение, а из ведения церковного суда была изъята часть дел и передана гражданскому. Однако конфликт царя и патриарха произошел не на этой почве. Патриарх, уподобляясь папе римскому, поставил свою власть выше царской. Конечно, поначалу Тишайший сам уступил лидерство «великому государю патриарху», выразив свое отношение к нему драгоценным подарком — золотой тиарой, какой никогда еще не носили московские предстоятели (кстати, во время суда над Никоном эта тиара фигурировала в качестве доказательства его посягательства на царскую власть).
Вероятно, охлаждение между царем и патриархом нарастало постепенно. Никон брал бразды правления не только в отсутствие Алексея Михайловича в Москве, когда тот «поручал» ему страну, но и при нем. Он «продавливал» свои решения, навязывал свои мысли. Так не могло продолжаться до бесконечности. Когда война со Швецией обернулась провалом, государь припомнил, кто из приближенных настаивал на ее начале — «собинный друг» Никон. Когда на Богоявление обряд водоосвящения не исполнили дважды, вопреки указанию антиохийского патриарха Макария, то царь, узнавший об этом с большим опозданием, задался вопросом: кто посмел проигнорировать указание третьего во Вселенской иерархии православного патриарха? Всё тот же Никон! На сей раз Алексей Михайлович вышел из себя: «Мужик, невежда, блядин сын!.. Не ты мой отец, а святой патриарх Антиохийский воистину мой отец!» Правда, этот инцидент 1655 года завершился без последствий — царь как вышел из себя, так и успокоился, — но осадок-то остался, не мог не остаться!
У царя накапливалось раздражение, вызванное властностью и бесцеремонностью патриарха. Но поводом к тому, что Никон внезапно во время церковной службы в Успенском соборе покинул патриаршую кафедру, послужил тривиальный конфликт между его людьми и царскими слугами. 6 июля во время торжественной встречи грузинского царевича Теймураза, на которую Никона «забыли» позвать, Б. М. Хитрово, расчищая дорогу кортежу важного гостя, ударил палкой патриаршего стряпчего князя Мещерского, а когда он возмутился, то получил еще один удар — в лоб, что было явным бесчестьем. И без того уязвленный предстоятель пожаловался царю и просил наказать виновного. Алексей Михайлович пообещал, но выполнять обещание не спешил. Когда через два дня, во время праздника Казанской иконы Божией Матери, он не явился на литургию в Успенский собор, Никону стало ясно, что назревает конфликт. 10 июля царь проигнорировал церковную службу в честь праздника Ризоположения, зато после заутрени в храм пришел князь Юрий Ромодановский и заявил, что Алексей Михайлович гневается на патриарха, добавив от себя, что патриарх «пренебрегает государем… называет себя великим государем, а у нас един великий государь — царь». В этих словах и была вскрыта суть конфликта. Сначала Никон попробовал возразить, что, дескать, сам царь и даровал ему этот титул, на что получил категоричный ответ: «Царь почте тебя, яко отца и пастыря, но ты не уразумел, и ныне царское величество повеле… отныне не пишешься и не называешься великим государем, а почитать тебя впредь не будет». После этих слов патриарху ничего не оставалось, как покинуть собор со словами: «Иду де». Хотя, конечно, у него была альтернатива: либо покаяться в присвоении чужой власти и притвориться смиренным, либо уйти с гордо поднятой головой. Царские «сильненькие», плотным кольцом окружавшие трон, прекрасно разбирались в характере патриарха и, скорее всего, намеренно провоцировали его. Но был момент, когда Никон колебался. Он взял бумагу и стал судорожно что-то писать, вероятно, пытаясь дать царю объяснения, но потом вдруг остановился и порвал письмо в клочья. Именно такой реакции от него и ждали придворные интриганы, да и, скорее всего, сам Алексей Михайлович.