Патриарх Иоаким впоследствии сыграл не последнюю роль и в наречении царем после смерти Федора его единокровного брата Петра в обход старшего брата Ивана в 1682 году, и в событиях августа 1689 года, когда Петр I бежал из Преображенского в Троице-Сергиев монастырь. Сторонники регентши-царевны Софьи не просто желали Иоакиму скорейшей смерти, а даже помышляли об ускорении его кончины, что и было инкриминировано им после свержения Софьи в 1689 году.
Иоаким был у власти 18 лет и за это время успел проявить себя непримиримым борцом с новшествами. Он ненавидел поляков и латинян, не садился обедать за один стол с иноземцами, не обращался за помощью к немецким врачам и запрещал это делать своим людям, называл бритье бороды «еллинским (древнегреческим языческим. —
При Иоакиме 5 июля 1682 года произошел знаменитый спор о вере в Грановитой палате между Никитой Пустосвятом и никонианами. Восставшие 15 мая стрельцы, принудившие пересмотреть вопрос о царской власти в пользу партии Милославских и поставившие рядом с малолетним Петром его единокровных брата Ивана и сестру Софью, подали челобитную с просьбой вернуть дониконовские обряды и книги. Прения о вере были обречены на победу официальной Церкви. Вскоре была написана книга «Увет духовный» (ее также приписывали перу патриарха Иоакима, но, по мнению исследователей, автором был холмогорский архиепископ Афанасий), вышедшая из печати в сентябре традиционным по тем временам тиражом в 1200 экземпляров, в которой подробно излагались реформы Никона и история церковного раскола и давались ответы на все пункты старообрядческой челобитной.
Вторым направлением борьбы патриарха Иоакима была полемика против взявших верх при дворе «латинствующих». Патриарх преследовал всех «еретиков», начиная с Симеона Полоцкого, издававшего свои труды без его цензуры в придворной Верхней типографии, его ученика Сильвестра Медведева, бывшего «строителем» Заиконоспасского монастыря и защитником хлебопоклонной ереси, и заканчивая иноземным мистиком Квирином Кульманом. Но если немец в 1689 году был сожжен на Красной площади, то белорус Симеон Полоцкий при жизни наказания не понес, так как за его спиной стоял его выученик царь Федор Алексеевич. Однако после смерти монарха все сочинения Симеона были преданы анафеме и запрещены. Сильвестр Медведев посмел оспаривать православный греческий обряд пресуществления Святых Даров и навязывать католический вариант осмысления таинства евхаристии. Сначала Сильвестр Медведев, вошедший в ближайшее окружение царевны Софьи, был выдвинут на роль учителя царевича Петра, но патриарх добился назначения на эту должность Никиты Зотова; затем Медведева уже начали прочить в патриархи при живом Иоакиме. После падения партии царевны Софьи патриарх добился опалы Медведева: на церковном соборе 1690 года он был обвинен в «хлебопоклонной ереси», а 11 февраля 1691 года обезглавлен.
На том же церковном соборе Иоаким добился осуждения всех «латинствующих» — Симеона Полоцкого, Петра Могилы, Лазаря Барановича и др., — а их произведения были запрещены в России.
Как видим, отношения светской и церковной властей при первых трех царствовавших Романовых далеко не всегда отвечали посылу византийского императора Юстиниана о безмятежной симфонии властей, хотя внешне выглядели чинно и благочестиво.
Церковные праздники
Церковные праздники были самыми многочисленными среди всех остальных в жизни московских государей, как, впрочем, и в жизни каждого христианина той поры. Пасха и двунадесятые праздники (Рождество Богородицы, Воздвижение Креста Господня, Введение во храм Пресвятой Богородицы, Рождество Христово, Крещение Господне, Сретение Господне, Благовещение Пресвятой Богородицы, Вход Господень в Иерусалим, Вознесение Господне, День Святой Троицы, Преображение Господне, Успение Пресвятой Богородицы) отмечались всеми (до 1925 года в России они были не только церковными, но и гражданскими). За великими праздниками следовали средние и малые, напрестольные (связанные с посвящением данного храма), дни поминовения святых.