После смерти Алексея Михайловича положение опального не улучшилось, а, напротив, ухудшилось — его перевели под более строгий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь. Только в 1681 году тяжелобольной Никон получил разрешение вернуться в Новый Иерусалим, однако скончался по дороге. Царь Федор Алексеевич получил у восточных патриархов разрешение вернуть Никону звание патриарха посмертно.
Никона сменил Иоасаф, именно с его помощью продвигавшийся по иерархической лестнице и до избрания патриархом занимавший пост архимандрита Троице-Сергиева монастыря. Он был возведен на святительский престол незадолго до вынесения приговора опальному патрону, и так уж получилось, что в мае 1667 года именно под его председательством прошло заключительное заседание Большого собора, принявшее постановление о преследовании старообрядцев и предании их гражданскому (государственному) суду. Для сторонников старой веры это означало резкое ужесточение наказаний вплоть до смертной казни. Иоасаф пробыл в сане патриарха недолго — до 1672 года и все пять лет верой и правдой служил царским интересам, не проявляя ни инициативы, ни воли, ни тем более упрямства. На время его патриаршества приходится появление большого количества публикаций, разъясняющих постановления Большого собора. В 1667 году вышел «Жезл правления» Симеона Полоцкого, в котором ученый монах упрекал сторонников старой веры в «неразумии», «слепоте зрящих на солнце», а по сути — в отсутствии рационального взгляда на вещи; в том же году было опубликовано «Сказание о соборных деяниях». В следующем году было написано увещевание, разъясняющее решения Большого московского собора, — «Глас к священноначальникам», а также «Выписка от Божиих писаний о благолепном писании икон и обличение на неистово пишущих оные», в которой речь шла в основном о недопустимости изображения святых с двуперстным сложением пальцев десницы. В другие издания того времени (служебник, Триодь постная, Триодь цветная и др.) также вошли отдельные постановления против старообрядцев. Одни грамоты публиковались от имени Иоасафа и церковного собора, другие — от имени трех патриархов: Иоасафа, Паисия и Макария. Известно также воззвание Иоасафа к царю с просьбой о защите Церкви от раскольников.
Следующий патриарх, Иоаким (в миру Иван Савелов), происходил из дворян и начал военную карьеру, но, овдовев в молодости, постригся в монахи. Он довольно быстро восходил по карьерной лестнице: в 1657 году стал строителем Валдайского Иверского монастыря, не побоялся примкнуть к опальному Никону и стать «строителем» Новоиерусалимского монастыря (1661), но вскоре оказался келарем московского Новоспасского монастыря, а затем и архимандритом Чудова в Кремле (1664). В 1672 году он уже митрополит Новгородский, а еще через два года — «милостию Божиею Патриарх царствующего великаго града Москвы и всея России». В его возвышении на первом этапе сыграл роль Никон, а впоследствии — Алексей Михайлович и Артамон Матвеев, поскольку в бытность главой кремлевского монастыря он часто общался и с тем и с другим и произвел на обоих благоприятное впечатление. Иоаким напоминал неукротимого Никона — мог стоять «за правду» до конца, невзирая на лица.
Он пережил двух царей и скончался в 1690 году. С Алексеем Михайловичем у него были сложные отношения. Он не боялся конфликтов и шел напролом: в ноябре 1674 года, уличив протопопа Благовещенского собора Андрея Савинова в прелюбодействе, арестовал его и посадил на цепь. Царь упросил патриарха не доводить дело своего духовника до суда Освященного собора.
С Федором Алексеевичем отношения у Иоакима были уже куда стабильнее, но всё же не его, а опального Никона реформаторы планировали сделать «российским папой». Интерес к судьбе осужденного и сосланного Никона возник у молодого государя под влиянием его тетки-царевны Татьяны Михайловны — та уговорила его осмотреть недостроенный Новый Иерусалим, который произвел на монарха неизгладимое впечатление. Федор начал ездить туда, давать деньги на завершение постройки этого удивительного комплекса.
В ближайшем окружении царя родилась идея противопоставить католическому папе православного, под управлением которого находились бы четыре патриарха, 12 митрополитов и 70 епископов. Эта реформа могла бы стать одной из самых грандиозных в правление Федора Алексеевича. Он обратился к Иоакиму с просьбой вернуть Никона из ссылки, но получил ответ, что патриарх сделать этого не может, поскольку Никон осужден восточными патриархами и Большим церковным собором 1666–1667 годов. Спустя некоторое время монахи Новоиерусалимского Воскресенского монастыря обратились к Федору с челобитной, в которой говорилось о тяжелой болезни Никона. На этот раз Иоаким смилостивился и разрешил перевод больного с севера под Москву, в его любимую обитель. По дороге, в Ярославле, Никон умер 17 августа 1681 года, а вскоре окончил свои дни и молодой государь.