Он же по поручению учителя продолжил дело создания академии. Но спустя два года умер царь Федор Алексеевич, после чего судьба академии сложилась иначе, чем задумывалось. Сильвестру удалось удержать за собой школу в Заиконоспасском монастыре, но у него было не более двадцати пяти учеников; к тому же положение школы и самого учителя было весьма шатким, поскольку к ней с подозрением относился патриарх Иоаким, осуждавший «латинство» Симеона и Сильвестра. Конкурентом этого учебного заведения была Типографская школа, находившаяся по соседству, на территории Печатного двора, которой руководил иеромонах Тимофей. Обучали там чтению, письму, греческому языку, пиитике, истории, богословию; в распоряжении учителей была богатая библиотека Печатного двора, а ученики получали стипендию за счет казны. В 1684 году в этой школе учились уже 168 человек
На основе этого учебного заведения патриарх и начал создание академии, для работы в которой пригласил ученых греков братьев-монахов Иоанникия и Софрония Лихудов. В 1685 году они стали преподавать в еще одной школе, созданной на территории Богоявленского монастыря. Так в треугольнике между соседними владениями, разделенными всего сотней-другой метров, расположились целых три учебных заведения — небывалый случай для Московского государства.
Патриарх увидел в Лихудах достойных исполнителей своего просветительского замысла, и все три школы постепенно соединили в одну, которую разместили в Заиконоспасской обители. Вскоре началось строительство трехэтажного здания академии («длиной 15, шириною 5 сажен 2 аршина»), к которому примкнул корпус для ректора и преподавателей. В месте соединения корпусов была сооружена башня, внутри которой находились лестницы, выводившие на второй и третий этажи. В сентябре 1687 года строительство было завершено, и вскоре туда переселились Лихуды с учениками. В те времена учебное заведение чаще всего именовалось «Спасскими школами». Наименование Славяно-греко-латинской академии закрепилось за ним только в XVIII веке.
Академия Лихудов состояла из трех классов-«школ»: нижней, средней и верхней. Принимались в нее люди грамотные, прошедшие курс «русской школы», существовавшей в качестве своеобразного подготовительного класса. В нижней школе учили греческому, в средней — грамматике и «свободным наукам», в верхней — пиитике, логике, физике. Занятия велись на греческом и латыни. Число учеников в разные годы колебалось от пятидесяти пяти до семидесяти четырех. Среди них были люди «всякого чина сего царствующего града Москвы», отпрыски влиятельных князей Голицыных и Одоевских соседствовали с сыном конюха и бывшими холопами. Учились в академии и духовные лица.
Становление академии пришлось на неспокойное время, когда шло противостояние между царевной Софьей и молодым Петром. В 1689 году Софья и ее сторонники потерпели поражение, покровитель академии князь В.В. Голицын был сослан, а в дело о покушении на Петра I облыжно замешали Сильвестра Медведева. Поначалу его заточили в тюрьму и после покаяния уже были готовы простить, но новый донос решил дело — 11 февраля 1691 года талантливый поэт, писатель и просветитель был обезглавлен на Красной площади. Вскоре поступил донос и на Лихудов, причем от самого иерусалимского патриарха Досифея. Их отстранили от преподавания в академии, но пока не трогали, разрешив даже преподавать итальянский язык служащим Печатного двора. Новый скандал разыгрался в 1698 году — ученик Лихудов дьякон Артемьев перешел в католичество и братьев убрали с Печатного двора в Новоспасский монастырь. В 1704-м на монахов обрушился еще один удар судьбы — после доноса о том, что они тайно переписываются с Константинополем, их сослали в Костромской Ипатьевский монастырь. В конце жизни братьям удалось вернуться в Москву, где Иоанникий скончался и был похоронен в соборе Заиконоспасского монастыря.
После удаления Лихудов из академии она начала приходить в упадок и, возможно, совсем прекратила бы существование, но в 1701 году ее попечителем стал местоблюститель патриаршего престола митрополит Рязанский Стефан Яворский. Он возродил академию, которая стала крупнейшим центром просвещения XVIII века и воспитала в своих стенах Л.Ф. Магницкого, М.В. Ломоносова, В. К Тредиаковского, А.Д. Кантемира, В.И. Баженова, С.П. Крашенинникова{51}…
Напротив Николо-Греческого монастыря располагался другой древнейший монастырь Москвы — Богоявленский. В средневековых источниках к его наименованию прибавляется «на посаде», «за Торгом» или «за Ветошным рядом». Археологически установлено существование Богоявленской обители еще в эпоху князя Даниила Александровича. В первой половине XIV века иноком этого монастыря был святой митрополит Алексий. Его приблизил к себе митрополит Феогност, и со временем он стал ближайшим помощником владыки в управлении Русской православной церковью, а после кончины святителя — его преемником.