Духовенство заботилось о том, чтобы на кладбище не оказалось погребений еретиков и отступников от православия. В 1737 году новгородский архиепископ Феофан Прокопович донес в Синод, что в Ивановском монастыре в Москве «над трупом богомерзкого ересеучителя Прокопья Лупкина устроена или еще строится честное гробовое здание», а рядом с ним находится могила другого ересиарха Ивана Суслова «и над трупом де того Суслова камень сравнен с землею и около него посажены яблочные и прочие дерева и огорожено решеткою с дверцами для входа в намогильный садец», а ранее над его могилой «гробница с немалым украшением была». При рассмотрении этого дела советник синодальной канцелярии И. Топильский указывал, что «многие ересеначальники» при святых церквях тела свои погребать «домогаются» «в показание таковое, якобы они не суеверцы, но и святости некоей (как надгробная о них надпись лжет) были». По указу Синода велено было трупы П. Лупкина и И. Суслова, «выкопав через палачей», вывезти за город на поле и «учинить с ними по указам»{666}.
В храмах хоронили редко, лишь лиц высокого социального положения — князей, бояр, архиереев. «…Погребению предают они не в храмах, как принято у нас в силу почти нечестивого или во всяком случае отвратительного и извращенного обыкновения, а в огороженных местах и в наружных преддвериях храмов», — передает П. Иовий{667}. В храмах либо «под спудом» (в земле под полом), либо в саркофагах или раках хранились мощи святых. Над раками возводилась сень (навес), они накрывались покровами, рядом возжигались лампады и свечи в подсвечниках. Барельефные изображения святых наносились на крышки деревянных и металлических рак Согласно описанию Успенского собора (1789), при гробнице святого митрополита Петра стоял его образ, написанный в 1402 году Иконы на гробницах святых часто устанавливались в XVII — начале XVIII столетия{668}.
Возложение покровов на надгробия не только святых, но и князей совершалось уже в середине XVI века. Иван IV возложил покров на гробницу сына Дмитрия Донского князя Константина, в иноках Кассиана, в Симоновом монастыре. Погребения волоцких князей в соборе Иосифо-Волоколамского монастыря в конце века выглядели следующим образом: «А гробницы над ними камены и покровы бархатны, и образы, и свещи, а всё устроено преподобным отцем нашим»{669}. С. Маскевич сообщает о покровах на гробницах великих князей и царей в Архангельском соборе: «Здесь погребают царей, гробницы их не великолепны; при каждой из них находится изображение умершего, частию на стене, частию на самом гробе, вышитое по бархату». Описание Архангельского собора (1789) фиксирует 13 покровов на царских гробницах, самый ранний из которых был положен на гробницу царя Федора Ивановича, судя по стилистике надписи, во второй половине XVII века. На гробнице князя М.В. Скопина-Шуйского лежал покров без надписи{670}. Вполне возможно, что более ранние покровы были расхищены во время польского владычества в Москве.
В то же время свидетельство Маскевича позволяет предположить, что покровы были положены на гробницы тех царей, которые не были изображены на стенах собора: Ивана Грозного, Федора Ивановича и, возможно, царевича Ивана Ивановича. Вероятно, ту же роль при гробницах захороненных в более позднее время выполняли портреты-парсуны. Известны парсуны царя Федора Ивановича, князя М.В. Скопина-Шуйского, царей Михаила Федоровича, Алексея Михайловича, Федора Алексеевича{671}. Подобным надгробным портретом, возможно, является и знаменитый Копенгагенский портрет Ивана Грозного.
В XVII веке некрополь начали считать родовой святыней и историческим памятником: стали поновлять надгробия, изготавливать предкам надгробные плиты. В то время были созданы надгробия князя И.М. Воротынского (ум. 1535) в Троицесергиевом монастыре и игуменьи Новодевичьего монастыря Елены Девочкиной (ум. 1524), Замятиных и Загряжских в Спасо-Андрониковом монастыре с датами первой половины XVI века{672}. В 1680—1690-х годах в Богоявленском монастыре были установлены надгробия над могилами представителей рода Воронцовых-Вельяминовых, умерших в 1654, 1655, 1682 и 1689 годах{673}. Семь из десяти плит из усыпальницы князей Трубецких в Троицком соборе Трубчевска, на которых указаны 1538, 1541, 1546, 1556, 1561,1568 и 1602 годы смерти, имеют черты художественного оформления середины XVII века. Скорее всего, эти надгробия были изготовлены после пожалования Трубчевска с уездом в конце 1659 года в вотчину боярину князю Алексею Никитичу Трубецкому, потомку удельных князей Трубецких{674}.