В 1668 году монастырь сгорел. Знаменский собор был заново возведен псковскими мастерами Ф. Григорьевым и Г. Анисимовым в 1679-1684 годах. Почти в то же время (1676—1680) строился корпус братских келий. Эти памятники сохранились до настоящего времени. Вплоть до закрытия собора в 1920-х годах здесь находились родовая святыня Романовых — образ XVI века Божией Матери «Знамение» со святыми, изображенными на полях иконы, а также царские вклады — Евангелие, принадлежавшее патриарху Филарету, серебряный крест с мощами, атласная риза и др.
Среди других монастырских построек скромно доживали свой век каменные палаты, стоявшие лицом к Варварке. В 1856 году по указу Александра II здесь начались исследовательские, а затем реставрационные работы, и вскоре дом бояр Романовых приобрел тот вид, который соответствовал представлению авторов реконструкции, архитекторов, историков и москвоведов Ф.Ф. Рихтера, И.М. Снегирева, А.Ф. Вельтмана и А.А. Мартынова, о боярском тереме XVI века. Конечно, современные знания позволили бы более точно восстановить облик этого сооружения; тем не менее эти работы стали классикой архитектурной реконструкции, а в возрожденных палатах был создан музей, который сейчас является филиалом Государственного исторического музея.
Не менее примечательна история соседнего владения — Английского двора. В 1556 году царь Иван IV пожаловал английским торговцам двор на Варварке с каменными палатами, возведенными в первой половине столетия Иваном Дмитриевичем Бобрищевым. Этот богатый купец-сурожанин[7] был одним из заказчиков строительства соседнего храма Святой Варвары, давшего наименование всей улице. Почти 100 лет Английский двор служил главной резиденцией английской Московской компании: здесь останавливались посланники, торговые агенты, купцы, в подвалах хранились товары. Двор пострадал во время пожара Москвы 1571 года и боев Второго ополчения с поляками в 1б12-м, но каждый раз отстраивался — дела англичан, не имевших серьезных конкурентов благодаря торговым привилегиям, данным им Иваном Грозным, шли прекрасно. Такое положение очень не нравилось русским купцам, и они не раз обращались к государю с просьбой ограничить права англичан на беспошлинную торговлю. До поры цари опасались вступать в конфликт с могущественной английской короной, но в 1649 году нашелся отличный повод — революция. 9 июня царь Алексей Михайлович издал указ о высылке англичан из России за вредные для российской торговли поступки (тайно торговали табаком, скупали шелк-сырец и другие «заповедные» товары и т. п.). Прежние договоры самодержец счел недействительными, поскольку они были заключены по просьбе короля, «а ныне ведомо учинилось, что англичане всею землею учинили большое зло, государя своего, Карлуса Короля, убили до смерти, и за такое злое дело в Московском государстве вам быть не довелось»{66}. Впоследствии англичанам было разрешено торговать в Архангельске на равных с другими западноевропейцами условиях.
Конфискованный Английский двор был выкуплен боярином Иваном Андреевичем Милославским, а после его смерти вновь отошел в казну. В 1676 году в хоромах расположилось подворье митрополита Нижегородского и Алатырского. Тогда же была составлена опись каменного строения: «Верхняя палата об одном житье, под нею одна ж кладовая полата да два погреба и лесница с крыльцом, с одной стороны приделана каме[н]ная ж поварня небольшая и лес[т]ница с крыльцом; железного строения осмеры двери да две решотки, в верхней полате в пяти окошках решотки, четверы затворы; то каменное строение всё ветхо добре и полата и крыльцы не покрыты»{67}.
В начале XVIII века здесь располагалась Арифметическая школа, затем палаты переходили от одних хозяев к другим и утратили первоначальный облик. Москвоведы и историки архитектуры считали, что палаты Английского двора не сохранились. Выявил этот памятник в 1956 году выдающийся реставратор Петр Дмитриевич Барановский, спас от сноса и руководил его реставрацией в 1968—1972 годах. Английский двор был восстановлен в архитектурных формах XVI—XVII столетий с удалением позднейших пристроек и раскрытием средневековых конструктивных и декоративных деталей. 19 октября 1994 года здесь с участием английской королевы Елизаветы II и ее супруга принца Филиппа был открыт филиал Музея Москвы «Старый Английский двор».
Район, располагавшийся между Варваркой и Москвой-рекой, в XVI веке получил наименование Зарядье. Эта территория была заселена еще в домонгольскую эпоху. Вероятно, уже после Батыева разорения в этом месте на берегу Москвы-реки была создана торговая пристань, у которой поставлена церковь Николы Мокрого. Этот храм, воздвигнутый во имя покровителя путешественников по водам, неоднократно перестраивался и был разрушен в 1960-х годах. Дорога, которая шла от пристани к Кремлю, получила название Великой улицы; в XIV—XV веках она была главной на Великом посаде.