Первым делом он оправдал тех, кто пострадал от клеветы, — настоятеля Троице-Сергиевого монастыря Дионисия и его монахов. Их освободили, наградили. Филарет поручил им продолжать важную работу, которой они занялись, восстанавливать церковные книги. Патриарх осознавал — они нужны России не меньше, чем деньги или хлеб. Ведь вместо множества сгоревших церквей уже строили новые. Но вместе с церквями погибли священники, погибли Евангелия и другие книги, необходимые для церковных служб. Из-за этого во многих храмах богослужения совсем прекратились. В других служили монахи, диаконы, заменившие убитых священников, а сами службы кое-как читали по памяти.
Филарет не только похвалил работу монахов Дионисия, но расширил её. Он повелел восстановить в Москве Печатный двор и царскую библиотеку, уничтоженные поляками. Разослал указания монастырям — если у них есть книги в нескольких экземплярах, один прислать в Москву. Если какая-то редкая книга в единственном экземпляре, переписать её и прислать копию. А для подготовки образованных священников патриарх открыл специальные школы. Главную школу он создал в Кремле при Чудовом монастыре. В ней готовили не только священников, но и дипломатов, изучали иностранные языки.
Вместо проходимцев и честолюбцев, дорвавшихся до власти при Салтыковых, Филарет стал возвышать тех, кто на деле показал любовь к родине и свои способности. Одним из них стал герой обороны Смоленска боярин Шеин. Он вернулся из плена вместе с патриархом. Тот его щедро наградил и ввёл в правительство. Чтобы навести порядок в стране, Филарет создал новое ведомство, Сыскной приказ. Он расследовал злоупотребления чиновников. Принимал жалобы от простых людей, если их незаконно обидели начальники и вельможи. Во главе этого приказа патриарх назначил Шеина.
Уж тут-то жалобы посыпались со всех сторон. Дошло и до Салтыковых. Раскрылось, что они нахапали себе много земель, незаконно «богатили» и себя, и своих родных. Филарет церемониться с ворами не стал. Обоих братьев отправил в ссылки, а всё их имущество отобрал. Прошерстили и других начальников, назначенных при таких правителях. Тех, кто хищничал и притеснял народ, били кнутом, ссылали подальше. А заодно сразу пополнилась государственная казна — богатствами, которые они наворовали.
Филарет возвысил и Пожарского. Приговор Боярской Думы, унизившей князя Дмитрия перед Борисом Салтыковым, патриарх отменил. Добавил ему новые награды — вотчины, поместья. Пожарскому Филарет поручил ещё одно важное дело. Назначил руководить Ямским приказом. Это была почта, ямские станции на дорогах через каждые 30 километров. Там жили ямщики, всегда держали наготове запряжённых лошадей. Мчали пассажиров и письма до следующей станции, где их подхватывал другой ямщик. Для крестьян ямская служба считалась очень выгодной. Их освобождали от всех налогов, платили 30 рублей в год, а в свободное время они могли пахать свои поля, заниматься хозяйством. Но теперь станции сгорели, лошадей забрали, ямщики погибли или разошлись. Пожарский строил новые станции, покупал коней, набирал ямщиков. Быстрая связь между отдалёнными городами снова заработала.
После этого Филарет и царь перевели князя Дмитрия руководить Разбойным приказом. То есть как бы начальником всей российской полиции. Он окончательно очистил страну от оставшихся банд, руководил поисками преступников. Когда царь уезжал из Москвы на богомолье или по другим делам, он оставлял вместо себя в столице то Шеина, то Пожарского — это считалось высочайшим почётом.
Для возрождения разрушенного хозяйства России Филарет призвал весь народ — так же, как во время Смуты и войны. Он регулярно созывал Земские Соборы. Вместе с делегатами от всей земли царь и патриарх обсуждали важные вопросы. Искали, как решить их. Вместе, всем миром, впервые в России провели перепись земли, которую можно обрабатывать. Это позволило правильно распределить налоги. У кого больше земли, тот больше платит. Перепись помогла чётко и без путаницы наделить поместьями дворян. А значит, стала восстанавливаться русская конница. Дворяне снова смогли выходить на службу на хороших лошадях, покупать оружие, приводить отряды вооружённых слуг. Смогли готовить сыновей, чтобы стали умелыми воинами.
Филарет обратил серьёзное внимание и на Сибирь. Туда отправляли подкрепления, деньги, оружие, нужные товары. Чтобы Сибирь прочнее приросла к России, патриарх распорядился строить там новые храмы, монастыри. Послал священников и учредил новую епархию Православной Церкви — Сибирскую. Туда Филарет назначил ещё двоих героев борьбы с захватчиками. Сибирским воеводой стал Дмитрий Трубецкой. А первым архиепископом Сибири — настоятель новгородского Хутынского монастыря Киприан. Когда Новгород захватили шведы, он так и не покорился, за это враги заточили его в тюрьму.