На его борту, как ни странно, было двойное командование. Гражданским капитаном являлся Фридрих Петерсен, усталый 67-летний офицер торгового флота, которого англичане освободили из плена, полагая, что его вряд ли в дальнейшем призовут в вооруженные силы. В качестве военного коменданта на корабле находился представитель военно-морских сил — капитан 3-го ранга Вильгельм Цан, темпераментный офицер-подводник, командовавший «Густлофом» как плавбазой 2-го учебного дивизиона подводных сил.
В Готенхафене Цан был известной личностью. Его хорошо знали еще и потому, что его постоянно сопровождала огромная овчарка Хасан. Хороший специалист, педант, сторонник строгой дисциплины, он полностью соответствовал своей роли старшего морского начальника на борту корабля. Карьера его не сложилась, так как он этого желал. Один случай особенно сильно повлиял на него. Цан утверждал, что в 1939 году ему удалось тремя торпедами поразить британский линкор «Нельсон», однако ни одна из них не взорвалась. Примечательно, что в документах Британского Королевского флота об этом случае нет ни строчки, хотя англичане всегда дотошно описывали атаки немецких подводных лодок.
Ошибочное убеждение немцев, что на борту «Нельсона» в тот момент находился Уинстон Черчилль, еще больше деморализовало Цана. Дёниц пишет, что неудача так подействовала на Цана (хотя в этом не было его вины), что адмирал был вынужден отозвать его на некоторое время из боевого состава и перевести в тыл на должность командира учебного подразделения. Хотя позднее он вернулся в море и смог добиться незначительных успехов, ему стало казаться, что ему больше никогда не представится возможность одержать крупную победу. Весной 1942 года разочаровавшийся офицер был откомандирован в Готенхафен.
Сейчас он отдавал приказание всем старшим офицерам «Вильгельма Густлофа» собраться в офицерской кают-компании. Среди присутствовавших были: седовласый капитан Петерсен, его старший помощник и старый друг Луи Реезе, главный казначей корабля Герхард Лут и главный инженер Франц Лобель.
Гейнц Шён, проходивший на «Густлофе» стажировку как ассистент казначея, теперь старается собрать все документальные публикации об этом корабле. Он вспоминает, как Цан открыл совещание следующими словами: «Господа, я вызвал вас, чтобы довести до вашего сведения приказ, касающийся как учебного дивизиона, так и “Вильгельма Густлофа”». Затем он самым подробным образом разъяснил суть приказа Дёница и подчеркнул, насколько сейчас важно как можно быстрее провести все подготовительные мероприятия.
Корабль нужно было подготовить к выходу в море через 48 часов. Большую часть из двухтысячной команды моряков отправили на сушу для оказания помощи при обороне Готенхафена до окончания эвакуации. Следующей задачей была доставка на борт раненых солдат, прибывших санитарным поездом с Восточного фронта. Затем на корабль должны были последовать беженцы.
С военной точки зрения наиболее ценным грузом «Вильгельма Густлофа» являлись 1500 подводников, многих из которых сопровождали члены семей. Но кроме них, бывший круизный лайнер должен был взять на борт еще большее количество беженцев. Каждый свободный уголок корабля немцы стремились заполнить гражданскими пассажирами.
«Этот рейс не будет похожим на круизы флотилии “Сила через радость”», предостерег Цан. «Перед нами, офицерами военно-морского и торгового флотов, стоит общая задача, за выполнение которой мы несем огромную ответственность. Наш долг — сделать все для того, чтобы облегчить положение беженцев, и я ожидаю от команды, что она предпримет все возможное для оказания им помощи!»
Офицеры знали друг друга уже довольно давно, и Цану не требовалось вдаваться в детали того, что им следует делать. Хотя им предстояла напряженная работа, офицеры и команда радовались, что вскоре выйдут в море и возьмут курс на запад, прочь от Красной армии.
Подготовка к «немецкому Дюнкерку» была проведена быстро, эффективно и основательно. До сих пор торговые суда, выделенные для эвакуации, подчинялись гамбургскому гауляйтеру рейхскомиссару по вопросам морского судоходства Кауфманну. Теперь же командование взял на себя гросс-адмирал Дёниц, чтобы обеспечить бесперебойное взаимодействие всех служб. Контр-адмирал Конрад Энгельгардт, начальник морских перевозок вермахта, имевший большой опыт работы в торговом флоте, должен был координировать операции военно-морского и торгового флотов. В ведении адмирала Кумметца из морского командования на Балтийском море в Киле находилась западная Балтика, его штаб разместился в Свинемюнде. Адмирал Бурхарди, человек крепкой закалки, любивший выражения типа «Биться до последнего солдата», теперь отвечал за восточную часть Балтики, а его штаб дислоцировался в Готенхафене. Ему также вменялась в обязанность оборона побережья Восточной Пруссии.