Маринеско не вернулся на лодку в назначенное время. На его поиски выслали патруль. Лишь 3 января, после того как в бане выгнал из себя вместе с потом алкоголь, он вернулся на базу. Его положение было на редкость щекотливым, поскольку советские офицеры, находясь за границей, обычно никуда не отлучались. А теперь это случилось в стране, которая всего несколько месяцев назад была вражеской территорией. Компетентные органы особенно встревожились: они боялись, как бы их соотечественник не перебежал на сторону противника и не стал шпионом. Эта легкомысленная выходка в Турку имела чрезвычайно негативные последствия для карьеры Маринеско. Вначале, казалось, он отделается строгим выговором от своего начальника, 43-летнего капитана 1-го ранга Александра Евстафьевича Орла. Это был подводник довоенной закалки, использовавший любую возможность для выхода своих лодок в море: О нем все говорили, как о справедливом и трезвомыслящем командире, который следил за тем, чтобы боевая подготовка не подменялась политическими занятиями.
Орел понял Маринеско и терпеливо выслушал все, что в состоянии был вспомнить загулявший капитан о трех лихих днях. Он был убежден, что поведение подводника не имело ничего общего с предательством, что это была попойка в истинно русских традициях. Так как ему были нужны все его подчиненные для выполнения приказа Сталина: «Выжать из флота самое лучшее», он решил ограничиться выговором своему нерадивому подчиненному и как можно быстрее выйти в море.
Однако Орел не учел, что НКВД и представитель политорганов капитан 2-го ранга Жамкочьян проводили собственное расследование. Они подвергли Маринеско безжалостному перекрестному допросу, затем предложили передать его дело в военный трибунал, а самого подводника — арестовать и направить в Кронштадт.
Не было ничего удивительного в том, что «ищейки» не поверили Маринеско. Достаточно вспомнить, каким было отношение царского правительства, да и коммунистического политического руководства к людям, служившим на флоте. Так было с экипажем крейсера «Аврора», с первого выстрела которого началась Октябрьская революция, так было с матросами, поднявшими в Кронштадте мятеж против коммунистов. Так было и с Маринеско, которого «обрабатывали» секретные службы, пытаясь шантажом вырвать из него нужное им признание.
Он упорно твердил, что не помнит, где находились бордели и как звали женщин, с которыми он спал. Все остальное он признал: и то, что покинул базу без разрешения, напился и загулял с финками, и то, что не явился в назначенное время на службу.
У Маринеско не было Другого выбора. Его склонности были слишком хорошо известны, и он добровольно признался во всех грехах, которые мог совершить моряк, сойдя на берег. Но он пришел в ярость, когда компетентные органы обвинили его в предательстве. Разгорелись страсти, и Жамкочьян устроил Маринеско разгон, обвинив его, члена партии, в отсутствии патриотизма и потере чувства ответственности.
Капитан 1-го ранга Орел не стал удовлетворять требование Жамкочьяна о безотлагательной передаче дела в военный трибунал. Он направил командиру бригады подводных лодок капитану 1-го ранга Верховскому рапорт, в котором заявил, что не станет прибегать к чрезвычайным мерам, ослабляющим боеспособность его дивизиона. Кроме того, он отверг любую мысль о том, что Маринеско мог быть завербован германской, британской, американской, финской или какой-либо другой разведкой.
Офицеры и матросы «С-13» во главе с другом Маринеско, старшим помощником Львом Ефременковым, капитан-лейтенантом, награжденным Орденом Красного Знамени, приняли свое решение. Собравшись на борту субмарины (что вызвало у секретных служб неприятные воспоминания о Кронштадтском мятеже 1921 года), они решили направить Орлу ходатайство с просьбой вернуть их капитана обратно на лодку. Основную часть прошения, принятую единогласно, составил Ефременков. В ней говорилось, что фашисты до сих пор еще не разбиты, и в патетической форме, которая была в то время определяющей в России, заявлялось: «Родина, услышь нас! Мы клянемся тебе, что будем мстить самым беспощадным образом за пролитую кровь, страдания, горе и слезы наших отцов, матерей и детей. Мы клянемся, что будем неустанно днем и ночью искать и уничтожать вражеские корабли. Мы клянемся на должной высоте поддерживать священные боевые традиции балтийских моряков».
Все это было хорошо и правильно, но своим поведением команда вызвала к себе нежелательный интерес. Капитан 1-го ранга Орел не хотел верить, что инцидент приведет к мятежу на одной из лучших подводных лодок флота. Вместе с тем он опасался, что парни, которые на своей лодке добились выдающихся успехов, могут совершить какую-нибудь глупость, если Маринеско отдадут под суд. Эти суровые, грубые ребята были такими же бесстрашными, как и их командир. Орел знал, что НКВД будет действовать оперативно и безжалостно, если ситуация обострится и экипаж откажется выйти в море без своего командира. Кроме того, не исключено, что и его ждет военный трибунал, если делу дадут надлежащий ход.