Свадьба неожиданно усугубила и проблему раскола. Сорокалетняя вдова боярина Глеба Морозова, Феодосия Прокопьевна, давно стала фанатичной почитательницей Аввакума. Она была очень богатой и властной женщиной, владела огромными имениями, ездила по Москве в дорогой карете, за которой шло «слуг, рабов и рабынь человек сто», а ее личная прислуга насчитывала свыше 300 человек. Вместе со своей сестрой Евдокией Урусовой она устроила в доме подпольный центр старообрядчества, тайно постриглась в монахини, перестала посещать церковь. Деятельность центра подпитывалась ее богатством, она вовлекла в раскол зависимых от нее «другов и сродников много-множество», собственных холопов и крестьян — попробуй-ка ослушайся суровой хозяйки! Четыре года это сходило с рук. Но теперь Морозова бросила открытый вызов, отказавшись присутствовать на бракосочетании государя. Что являлось не только нарушением служебного долга, который она должна была исполнять по статусу боярыни, но и оскорблением царя.
Ее и Урусову арестовали. На допросах Морозова дополнила свою вину «хулами» на царский дом и Церковь. Сестер подвергли пыткам. Боярыня отвечала лишь проклятиями и вернуться в лоно Церкви отказалась. Судила ее Боярская Дума. По закону за подобные преступления полагалась смертная казнь. Но такой приговор «бояре не потянули», противником выступил авторитетный Долгоруков. И Морозову с Урусовой осудили на пожизненное заключение в тюрьме Боровского монастыря, где они впоследствии умерли. По одной из версий, их преднамеренно уморили голодом. Но это вряд ли — в тюрьме они прожили несколько лет. И всех приходивших, в том числе и с едой, Морозова встречала не иначе как «хулами», плевками и проклятиями. Так что либо это было формой «самоуморения», либо тюремщики при подобном отношении начали по собственному почину урезать рацион.
После женитьбы царя покатилась к закату и карьера Ордина-Нащокина. Ходили слухи о его причастности к пасквилю на Наталью (что сомнительно). Но ошибок канцлер натворил предостаточно, и царь уже понял, что он оказался не на своем месте. Он все еще был полон энергии, предлагал новые реформаторские проекты. Например, вообще упразднить дворянскую конницу и заменить войском из рекрутов. Или начать уничтожение ересей «по примеру Италии и Испании». Однако теперь Алексей Михайлович смотрел на его идеи более критично. Дворянское ополчение еще далеко не изжило себя, да и куда было пристроить самих дворян? Узаконить для них статус бездельников и паразитов, как во Франции или Польше? Армейскую реформу царь вел и без подсказок Ордина-Нащокина, но постепенно. Да и идея учредить свою инквизицию и отправлять раскольников на костры государю не понравилась.
А в феврале условились об очередных переговорах с поляками. В Москву ожидалось посольство Гнинского, а Ордин-Нащокин должен был ехать в Варшаву. Представил царю доклад, где упрямо отстаивал свои прежние установки: решение судеб Украины на русско-польско-турецко-татарском съезде, союз с Польшей любой ценой — и такой ценой предполагалось возвращение Киева, «чтобы успокоение междо народы разорвано не было». На царя доклад подействовал однозначно. 22 марта он лишил Ордина-Нащокина титула «большия печати и государственных великих посольских дел оберегателя», а его визит в Польшу отменил.
Ну а с Разиным еще не было покончено. Вернувшись на Кагальник, он соединился с бандой брата Фрола, пытался собрать новые силы и взбунтовать казаков. Появился было у Черкасска, но донцы больше знать его не желали, встретили запертыми воротами и изготовленными пушками. Он бесчинствовал и здесь, «прямых старых казаков донских, которые за церковь и крестное целование и за Московское государство стояли… побил и пограбил и позорил». Атаман Яковлев послал к царю станицу с просьбой о помощи. В присутствии казачьих послов патриарх предал Стеньку анафеме, и на Дон был отправлен полковник Косагов с тысячей солдат. 14 апреля казаки вместе с этим отрядом выступили на Кагальник. Обложили городок и пошли на приступ. Разин намеревался обороняться, но его банда решила иначе — все орудия на валах оказались выведенными из строя. Подчиненные вышли из повиновения вожаку. Стеньку и Фрола схватили, привезли в Черкасск. Их помощников казнили по «войсковому праву», а Разиных отправили в Москву на «колеснице позора». Старшего везли на телеге, прикованного к виселице, младший бежал следом с петлей на шее. Они были приговорены к четвертованию. В июне Степана Разина казнили, а Фрол оробел и крикнул «слово и дело», что по закону давало отсрочку. Он объявил, будто готов указать клады, спрятанные братом. Но врал, ничего показать так и не смог и тоже был казнен.