Находился в длительных служебных командировках за границей[79]: до 1985 года был сотрудником резидентуры в Финляндии (Хельсинки), затем — резидентом в Кении. Опровергал версию, что работал в Швеции (якобы утверждал, что вообще никогда не был в Швеции).
С 1991 по 1998 год работал в Службе внешней разведки (СВР), созданной на основе ПГУ КГБ СССР (в штаб-квартире СВР в Ясеневе). Последняя должность в Ясеневе — заместитель директора европейского департамента.
25 июля 1998 года, после того, как Владимир Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности России, он предложил С.Иванову перейти из СВР в ФСБ. В августе 1998 года С.Иванов был назначен заместителем директора Федеральной службы безопасности (ФСБ) — директором Департамента анализа, прогнозирования и стратегического планирования. 2 марта 1999 года вошел в состав Межведомственной комиссии по участию РФ в «восьмерке».
15 ноября 1999 года указом Президента РФ Б.Ельцина был назначен секретарем Совета безопасности РФ.
27 мая 2000 года Указом Президента В.Путина вновь был утвержден на должность секретаря Совбеза. На своем посту принял активное участие в большинстве внешнеполитических проектов РФ, в разработке стратегии военной реформы и информационной политики.
29 сентября 2000 года был избран председателем Комитета секретарей Советов безопасности стран — участниц Договора о коллективной безопасности СНГ.
9 ноября 2000 года был формально уволен с военной службы.
18 ноября 2000 года был включен в состав Комиссии по вопросам военно-технического сотрудничества Российской Федерации с иностранными государствами.
28 марта 2001 года был назначен министром обороны РФ, сменив отправленного на пенсию Игоря Сергеева и уступив пост секретаря Совета безопасности Владимиру Рушайло[80]. 18 мая 2001 года на очередном заседании совета министров обороны стран СНГ был избран вместо И.Сергеева председателем совета министров обороны.
В начале марта 2004 года ушел в отставку вместе с Кабинетом М.Касьянова, 9 марта 2004 года был вновь назначен министром обороны РФ в Кабинете М.Фрадкова.
Генерал-лейтенант запаса (с 9 ноября 2000 года).
Свободно владеет английским и шведским языками.
Женат с 1976 года, двое сыновей. Жена — Ирина, 1953 года рождения, москвичка, по образованию экономист, познакомились в 1975 году в Ленинграде в компании друзей; работает по специальности, коллеги по службе не знают, кто ее муж. Сыновья, 1977 и 1980 годов рождения — студенты экономических вузов, также не афишируют должность и профессию отца.
Мать, 1921 года рождения, по-прежнему живет в Санкт-Петербурге.
Сам Иванов, по его словам, живет с семьей в трехкомнатной квартире на 12-м этаже
По данным некоторых источников, Иванов обладает хорошо развитой слуховой памятью — легко запоминает и воспроизводит тембр голоса собеседника.
Хобби — рыбалка, преферанс, интеллектуальные английские детективы на языке оригинала: Джон Ле Карре, Агата Кристи, Фредерик Форсайт. Любит Валентина Пикуля «за сочный язык», морские рассказы Виталия Конецкого.
Кумирами детства были The Beatles, репертуар которых Иванов знал наизусть к 6-му классу. В молодости много занимался баскетболом, а также играл в хоккей, футбол, теннис и гольф.