Правители России: Старая площадь и Белый дом

27 марта 1997 года и.о. председателя Правительства РФ Сергей Кириенко вынес Кудрину выговор в связи с интервью Кудрина журналистке британской газеты «Financial Times» Кристине Фриланд от 26 марта, в котором он заявил о намерении правительства сократить на 200 тысяч число государственных служащих в области образования и медицины и урезание на 40 млрд. рублей своих расходных обязательств. Президент Ельцин назвал это интервью провокацией (формулировка: «за ненадлежащее исполнение служебных обязанностей, выразившееся в предоставлении средствам массовой информации сведений о высвобождении численности государственных служащих и работников бюджетной сферы, не согласованных в установленном порядке»).

14 мая 1998 года был введен в состав коллегии представителей государства в РАО «Газпром». С 25 июня 1998 года — член Совета директоров ОАО «Газпром». 10 июля 1998 года был вновь включен в состав Комиссии Правительства РФ по экономической реформе. В октябре 1998 года вошел в состав наблюдательного совета Российского центра реструктуризации промышленности (РЦРП). В октябре 1998 года был назначен заместителем полномочного представителя РФ в Совете Межгосударственного банка. 13 ноября 1998 года Указом Президента РФ был утвержден представителем РФ в Исполнительном Комитете Союза Беларуси и России. 1 декабря 1998 года был включен в новый состав Наблюдательного Совета Внешторгбанка.

В январе 1999 года подал в отставку с поста первого заместителя министра финансов РФ из-за несогласия с распределением обязанностей в руководстве Минфина. 14 января отставка была принята.

С 18 января 1999 года — первый заместитель председателя правления РАО «ЕЭС России». В марте 1999 года был освобожден от должности заместителя управляющего от РФ в Европейском банке реконструкции и развития. 6 апреля 1999 года был освобожден от должности заместителя управляющего от РФ в МВФ. В мае 1999 года был избран председателем Совета директоров компании «Ленэнерго». 22 мая 1999 года был избран председателем Совета директоров ОАО «Нижновэнерго». 25 июня 1999 года был избран в состав Совета директоров РАО «ЕЭС России», а 28 июня был избран заместителем Председателя Совета директоров компании. 26 июля 1999 года кандидатура Кудрина была внесена в список кандидатов в члены Совета директоров ОАО «Газпром» как представителя государства.

1 июня 1999 года был назначен первым заместителем министра финансов РФ. 6 июля 1999 года Постановлением Правительства РФ был назначен исполняющим обязанности статс-секретаря — первого заместителя Министра финансов РФ. 18 мая 2000 года указом Президента был назначен заместителем председателя Правительства РФ — министром финансов РФ в кабинете Михаила Касьянова.

В июне 2000 года был назначен председателем Российской части Российско-Итальянского совета по экономическому, промышленному и валютно-финансовому сотрудничеству (вместо В.Матвиенко). 7 июня 2000 года был утвержден председателем Межведомственной комиссии по обеспечению своевременного и качественного формирования проекта федерального бюджета на 2001 год. 13 июня 2000 года был назначен заместителем председателя Комиссии Правительства РФ по военно-промышленным вопросам.

С июня 2000 года — член Наблюдательного совета Сбербанка РФ. 21 июня 2000 года был избран председателем Совета директоров «Агентства по реструктуризации кредитных организаций» (АРКО). 27 июля 2000 года был избран заместителем председателя Совета директоров РАО «ЕЭС России» (председатель — Александр Волошин). С 1 августа 2000 года — председатель Правительственной комиссии РФ по регулированию алкогольного рынка. В конце августа 2000 года был назначен управляющим от России в Международном валютном фонде. С августа 2000 года — член Комиссии при Президенте РФ по вопросам военно-технического сотрудничества РФ с иностранными государствами. В сентябре 2000 года был утвержден заместителем председателя Консультативного совета по иностранным инвестициям в России и председателем Постоянного комитета при Консультативном совете. В декабре 2000 года возглавил Комиссию Правительства РФ по вопросам Всемирной торговой организации.

28 мая 2001 года был вновь избран заместителем председателя Совета директоров РАО «ЕЭС России».

С ноября 2002 года — член Совета директоров Внешторгбанка.

9 марта 2004 года был назначен на пост министра финансов в Кабинете М.Фрадкова.

Был членом Совета директоров Санкт-Петербургского банка реконструкции и развития.

Действительный государственный советник 1-го класса (с 3 декабря 1996 года). В октябре 2000 года был награжден Почетной грамотой Правительства РФ.