Стрельцы двинулись к Москве, но, встреченные «полками иноземного строя», которыми командовал шотландец на русской службе, старый генерал Патрик Гордон, были разбиты наголову. Мятеж, поддержанный московскими стрельцами, был подавлен менее чем через две недели после того, как начался, и пятьдесят семь главных «заводчиков» были немедленно казнены, а четыре тысячи рядовых участников сослали. Пётр тем не менее, узнав о произошедшем, примчался из Вены 25 августа и сразу же начал новое следствие, которое привело на плаху и виселицу больше тысячи человек. Сотни стрельцов были изувечены, брошены в тюрьмы, усланы в самые глухие медвежьи углы царства.
Царь, Лефорт и Меншиков взяли каждый по топору. Пётр приказал раздать топоры своим министрам и генералам. Когда же все были вооружены, всякий взялся за свою работу и отрубал головы. Меншиков приступил к делу так неловко, что царь надавал ему пощёчин и показал, «как должно отрубать головы».
Александр Данилович, способный к любому делу, тут же, на глазах у царя немедленно исправился и к концу дня отрубил двадцать стрелецких голов да ещё и пристрелил одного из колесованных, чтобы прекратить его мучения. Последнее милосердное деяние произвёл он, впрочем, не по собственной инициативе, а по приказу Петра.
Под пытками многие стрельцы признались, что они хотели возвести на трон царевну Софью. Всплыл и эпизод, случившийся на Двине, когда стрелец Маслов читал «прелестное» письмо Софьи, допрошенные признали, что письмо это дал Маслову стрелец Василий Тума, а тот, в свою очередь, получил его от некоей нищенки.
Отыскали и нищенку, но та умерла под пытками, не оговорив Софью. Тогда стали пытать старуху-кормилицу царевны княгиню Вяземскую и четырёх ближайших служанок Софьи, но ничего нужного следствию они не сказали. Тогда Пётр сам допросил Софью, но и она начисто отрицала хоть какое-то своё участие в бунте, решительно заявив, что никаких писем стрельцам не посылала.
Однако существовала трудно опровержимая косвенная вина Софьи, вроде бы подтверждавшая её связь с мятежниками, которая, по мнению Петра и его сторонников, особенно усугубила подозрение насчёт участия Софьи в делах стрелецкого бунта: попытка мятежников освободить её из Новодевичьего монастыря, где находилась она под охраной подполковника Преображенского полка князя Ивана Юрьевича Трубецкого — одного из верных соратников Петра.
В 1698 году Трубецкому было тридцать восемь лет, он был одним из первых «потешных» и предан Петру душой и телом.
Когда начался бунт, стрельцы сделали подкоп под покои Софьи, находившиеся на первом этаже, возле которых стояли солдаты-преображенцы. Сам же Иван Юрьевич находился в комнате Софьи. Группа стрельцов, проломив пол, вылезла в коридор и бросилась на стражу. Перебив и разогнав солдат, стрельцы ворвались в комнату Софьи, но князь Трубецкой сумел пробиться в коридор и, пробежав несколько саженей, заскочил в одну из келий и запёрся там.
Стрельцы бросились за ним в погоню. Впереди всех бежал стрелец, который до того был холопом Ивана Юрьевича. Он служил у него брадобреем и отличался особой преданностью своему господину. Стрелец и был единственным, кто видел, в какую келью заскочил князь, но, желая спасти Ивана Юрьевича, бывший брадобрей пробежал мимо, увлекая за собой преследователей и уводя их по ложному пути.
Вскоре прибыла подмога, стрельцов переловили, Софью вновь заперли в монастырь, и через несколько дней всех попавших в плен бунтовщиков повели на казнь.
Пётр присутствовал при казни, а вместе с ним и его приближёнными был и князь Трубецкой. Увидев своего спасителя, Иван Юрьевич рассказал Петру о его роли в собственном избавлении от грозившей смерти, и Пётр тут же велел отпустить верного холопа на волю.
В семье Трубецких из поколения в поколение передавалось это предание с добавлением, что Иван Юрьевич поселил его в одной из своих деревень, не только сделав лично свободным, но и освободив всех его родственников и их потомков от оброка и от барщины.
И хотя прямых улик соучастия, а тем более руководящей роли Софьи в организации её освобождения не было, царевну перевели в башню на второй этаж, а между зубцами стены Новодевичьего монастыря повесили сто девяносто пять стрельцов. А перед тремя окнами кельи висели тела трёх стрельцов со вложенными в руки челобитными, где излагались их показания о письме царевны стрельцам. И все мёртвые, и на стене, и перед окнами, висели пять месяцев, отравляя воздух трупным запахом и наводя ужас на всех, кто это видел.
А вскоре после казни пришла в келью к Софье мать-настоятельница с инокинями и повела её в церковь, там поставили Софью посреди храма. Ей что-то говорили, что-то читали и пели, остригли волосы и, как сквозь сон, слушала она, что отныне нарекается раба Божья София инокинею, сестрой Сусанной.
Потому отвели её обратно в келью, где сидела она, забившись в угол, и неотрывно смотрела за окно, перед которым качался на ветру повешенный стрелец с выклеванными вороньем глазами...