Через несколько дней Софье сообщили, что сёстры будут посещать её только два раза в год — на Пасху и в день храмового праздника монастыря — праздник Смоленской Божьей матери — «Одигитрии». 25 июля она узнала, что из всех её сестёр признали виновной в связях с бунтарями одну лишь Марфу — её любимицу и наперсницу. Её постригли в монахини в Успенском монастыре Александровой слободы.
Ещё до того как следствие и казни закончились, стрелецкие полки были расформированы, а на их месте появились новые полки — регулярной российской армии. Много времени проводил Пётр в застенках Преображенского приказа, участвуя при допросах и пытках, организовывая массовые казни, но между этими государственными делами не забывал и о своих личных заботах.
Побывав в первый же день у Анны Моне и заехав потом ещё в несколько других домов, он лишь через неделю встретился с Евдокией. Причём не в её кремлёвских покоях и не у себя, а в доме одного из своих ближайших сотрудников — Андрея Виниуса, сына уже упоминавшегося Андрея Денисовича Виниуса, входившего в кружок сподвижников Алексея Михайловича. Сын Андрея Виниуса-старшего сначала был переводчиком в Посольском приказе, потом выполнял дипломатические поручения во Франции, Испании и Англии, а в это время возглавлял Почтовое ведомство. В его-то доме и состоялась встреча Петра с опальной женой.
Долгие разговоры ни к чему не привели: Евдокия наотрез отказалась уходить в монастырь и в тот же день попросила о заступничестве патриарха Адриана.
Патриарх заступился за царицу, но Пётр накричал на семидесятилетнего князя церкви, гневно заявив, что это не его дело, и он, царь, никому не позволит вмешиваться в его решения и его семейные дела.
Через три недели Евдокию Фёдоровну посадили в закрытую карету, и два солдата-преображенца отвезли её в Суздаль. Есть свидетельство, что Пётр даже хотел казнить Евдокию, но за неё заступился Лефорт, и дело ограничилось заточением в монастырь.
Там с ней и вовсе перестали церемониться: силой постригли, переменив её родовое имя Евдокия на новое, монашеское — Елена, и, не обращая внимания на крики и слёзы, заперли в тесную келью Покровского девичьего монастыря.
И об этом сёстры-царевны тут же сообщили Софье. А потом она узнала, что Евдокии не дали ни копейки на содержание и она вынуждена была просить деньги у своих опальных и обнищавших родственников. В одном из писем им Евдокия — ныне инокиня Елена — писала: «Здесь ведь ничего нет: всё гнилое. Хоть я вам и прискушна, да что же делать, покамест жива, пожалуйста, поите, да кормите, да одевайте, нищую». И об этом со временем тоже довели до сведения Софьи, которая не могла не удивиться собственному завидному положению. Со временем дела Евдокии немного наладились — родственники сумели установить связь её духовника и местного архимандрита Досифея и стали более-менее регулярно пересылать ей деньги и вещи. Многие окружавшие её монахини прониклись искренним сочувствием к несчастной царице, к тому же разлучённой и с любимым сыном — наследником престола Алексеем Петровичем.
Так, в страданиях и обиде, без всякого просвета и почти без надежды, и прожила инокиня Елена первые десять лет своего монастырского заточения...
А пока Софья доживала свои дни в Новодевичьем монастыре, Пётр, как впоследствии выразился Пушкин, «на высоту, уздой железной Россию поднял на дыбы». Он, как и князь Голицын, тоже совершил два похода против Крыма и Турции, только результаты этих походов были диаметрально противоположными успехам «братца Васеньки» — была взята сильная турецкая крепость Азов, и русские корабли, построенные перед тем на верфях под Воронежем, вышли в Чёрное море.
В 1700 году Пётр начал войну со Швецией за вход в Балтийское море, одерживал в этой войне победы и терпел поражения, взял всё же у шведов несколько крепостей на Неве и побережье Финского залива.
В 1703 году, по весне, заложил он на берегу Невы новую крепость — Санкт-Петербург, затем ещё одну — Кронштадт.
До Софьи доходили о том обрывочные, но всё же довольно верные сведения. А меж тем она всё более впадала в досаду, в отчаяние и глубокую душевную скорбь. Болезни эти, сокрушая её дух, вместе с тем разрушали и её плоть. Из-за всего этого летом 1704 года Софья сильно разболелась, слегла и больше не встала.
Однако воля не покинула бывшую царевну и правительницу. И, пытаясь хотя бы в последний, смертный миг громко заявить о себе, инокиня Сусанна уже на смертном одре приняла большой постриг — схиму, вновь изменив имя на Софью, и умерла под этим именем 3 июля 1704 года, самым последним своим поступком утверждая своё царское прошлое и своё царское имя.