Для расширения миссионерской деятельности православной церкви в 1738 г. при свияжском Богородицком монастыре была организована Новокрещенская контора. Она ставила своей целью «умножение христианского закона» среди мусульманского населения Поволжья «для вятщего утверждения в вере». Это была настоящая инквизиторская организация. Наделённая большими полномочиями, контора насаждала православие среди народов нерусской национальности не стесняясь в средствах. Новокрещенская контора действовала до 1764 г., т.е. 26 лет, и за эти годы вызвала всеобщую ненависть и возмущение. Посылаемые в татарские и башкирские деревни священники-миссионеры, эти, по словам В. И. Ленина, «жандармы во Христе» под видом «спасения неверных душ» проводили политику угнетения нерусских народов. Они заставляли их креститься, подвергали смертельным побоям, разоряли их хозяйства, а доносчиков награждали. Руководивший Новокрещенской конторой архимандрит Сильвестр старался оправдать кровавый террор, проводившийся его инквизиторами. Но возмущение деятельностью Сильвестра было так велико, что Синод был вынужден назначить вместо него другого. Не лучше был и новый инквизитор Лука Конашевич. Он разрушал татарские мечети, на их месте строил церкви, подвергал татар-мусульман жестоким наказаниям, заточал в тюрьмы, разорял их дома и деревни. Синод поддерживал своего ставленника, проклиная мусульман и мусульманское учение, называя Магомета «самым студным лживым пророком» (указ от 24 декабря 1750 г.). Деятельность Луки Конашевича вызвала глубокое возмущение. Татары писали в своих жалобах, что если их будут и дальше принуждать креститься, они оставят свои дома и деревни и уйдут в леса. Луку Конашевича перевели в Белгород епископом, но память об этом жестоком инквизиторе осталась надолго. В народном предании рассказывается, что Лука Конашевич стремился всех татар превратить в русских и что по жалобе татар министры осерчали на него и сослали в Сибирь8
.Не меньшее возмущение вызвала деятельность другого представителя Синода, стоявшего во главе Новокрещенской конторы, епископа Дмитрия Сеченова. Татары и башкиры жаловались, что Сеченов силой принуждал их креститься, погружая в купель связанными, держал многих в тюрьме под караулом в кандалах и колодках и подвергал мучительным побоям. Действуя на основании указа Синода от 14 февраля 1743 г., Сеченов сжигал мусульманские кладбища и молельни, разорял крестьянские дома, рубил в них окна и двери, выламывал печи. В результате крестьяне пришли «в конечное разорение». С такими же жалобами обращались чуваши Ядринского и Курмышского уездов на инквизитора игумена Неофита, на курмышского протопопа Куприяна и др.9
, но эти жалобы успеха не имели: Синод своих инквизиторов не давал в обиду. Действуя огнём и мечом, Сеченов за один год сумел обратить в православие свыше 17 тысяч татар. Его перевели в Нижний Новгород, и здесь за четыре года он заставил принять православие более 30 тысяч человек. За свою «деятельность» и за поддержку Екатерины II во время дворцового переворота этот инквизитор был щедро награждён: он получил в личное владение тысячу душ крепостных, богатые денежные подарки и стал первоприсутствующим членом Синода10.Центром насильственной христианизации татар был также казанский архиерейский дом, которому в середине XVIII в. принадлежало до четырехсот населённых пунктов.
Пропаганда ислама и тем более обращение в мусульманство запрещались под страхом смерти. Нельзя было строить новые мечети, старые же разрушались. Только при епископе Луке Конашевиче за 1738-1758 гг. из 536 мечетей Казанской губернии было разрушено 418. В Сибири из 133 мечетей осталось 3511
. Детей татар и башкир, обратившихся в ислам, отбирали у родителей и раздавали новокрещенам. На татар и чувашей миссионеры напускали воинские отряды — «обжорные команды», которые разоряли их постоями, чинили всяческие обиды. Крестившимся крестьянам нерусской национальности предоставлялись некоторые льготы: они освобождались от холопства, от уплаты податей (на три года), ими не могли более распоряжаться неправославные помещики. Зато подати некрещёных крестьян возрастали, что делало их положение ещё более тяжёлым. Крестьян - новокрещен поселяли в одном месте, некрещёных же татар выселяли, разоряя их хозяйство. На землях некрещёных татар организовывались новые монастыри — Спасо- Юнгинский, Седмиозерский, Раифский и др.Протесты крестьян-мусульман против деятельности духовенства принимали различные формы: это были жалобы на священников в Синод и к правительству, восстания, в которых протест против насильственной христианизации сочетался часто с протестом против феодально-крепостнического гнёта. Кроме того, крестьяне-мусульмане непосредственно расправлялись с ненавистными им священниками, избивали и убивали их. Бывали случаи, когда крестьяне обращались за помощью к мусульманам, жившим за рубежом.