В 1751 г. татары подали жалобу на «несносные обиды», чинимые им митрополитом Сильвестром. Они писали, что Сильвестр крестил их насильно, держал их в оковах на монастырском дворе, вместе с жёнами и детьми, морил голодом, пока они не согласятся креститься. В Царевококшайском уезде крестьяне деревни Кошки обложили соломой избу, где находился с командой поп Георгий Давыдов, и подожгли ее. Миссионера спас подоспевший воинский отряд. В Вятской провинции крестьяне избили иеромонаха Вениамина Григоровича; его с трудом освободила из рук крестьян конвойная команда. Восставшая мордва убила миссионера Алексея Мокеева и пыталась убить также Дмитрия Сеченова. С дубьём и цепами напали чуваши на протопопа Георгия Давыдова12
.Царские чиновники, борясь с массовым бегством и возмущениями крестьян нерусской национальности, в некоторых случаях пытались обуздать духовные власти, руководившие христианизацией. Так, в 1751 г. оренбургский губернатор просил Сенат запретить священникам крестить башкир силой, а также отсылать их в тобольскую консисторию. Он писал, что деятельность миссионеров разоряет башкир и наносит большой вред интересам помещиков и государства. С такими же требованиями обращались и уральские заводчики, так как бегство работных людей и насильственные меры духовенства неблагоприятно отражались на заводских работах. Правительство было вынуждено прислушаться к этим жалобам. В Казанскую губернию послали с особыми полномочиями подполковника Свечина и поручили ему проверить на месте причины разорения татар. В своём «Экстракте» о разорении крестьян, «восприявших закон греческий не по желанию, а по принуждению», Свечин писал, что священники-миссионеры ездили будто бы учить новокрещен закону божьему, на самом же деле собирали с новокрещен деньги, требовали продукты и пушнину, делали «прицепки» за незнание молитв, под угрозой ареста вымогали деньги. Чтобы заставить татар креститься, миссионеры рубили в крестьянских домах окна и двери, ломали печи, «без всякого милосердия» избивали плетьми, заковывали в кандалы, отправляли в тюрьму на тяжёлые монастырские работы13
.Доклад Свечина дал яркую картину ужасающего произвола и притеснений крестьян в связи с насильственной христианизацией. Грубо русификаторская политика и христианизация населения создавала почву для народных волнений. Опасаясь повторения крестьянских восстаний, правительство было вынуждено в апреле 1764 г. закрыть Новокрещенскую контору и перейти к более тонким методам христианизации и обрусения населения. С башкир и татар сложили недоимки, родителям вернули отобранных у них детей, попам-миссионерам предложили применять более мягкие меры для побуждения населения к крещению. Закрытие Новокрещенской конторы не приостановило, однако, насильственного обращения крестьян нерусской национальности в христианство и беззастенчивый грабёж со стороны миссионеров. В 1765 г. Синод был вынужден отметить, что миссионеры-священники ездили по новокрещенским жительствам с жёнами и детьми, собирали с крестьян деньги, скот, овчины, холсты и всякую живность. Новокрещены, не имея никакой защиты, отдавали миссионерам все, что те требовали, и совершенно разорялись 14. За время существования Новокрещенской конторы было обращено в христианство 409864 человека — цифра по тому времени огромная 15.
Такими же кровавыми действиями отметили свой миссионерский путь и другие «просветители»: Стефан Пермский, Трифон Вятский, Гурий Казанский, Софроний Иркутский и др. Несмотря на их жестокость, церковь причислила этих инквизиторов к лику святых и заставила чтить как «угодников божьих». Духовенством распространялись легенды, будто кровавый террор миссионеров осуществлялся по божьей воле.