В 1997 г. к столетию храма первоверховных апостолов Петра и Павла интерьер здания был расписан новыми фресками и пополнен 18 иконами — списками чудотворных русских икон. Также было приобретено большое паникадило, восстановлен фасад здания, позолочены купола и проведено тепловоздушное отопление. При этом значительную финансовую помощь оказало Министерство культуры Чехии. В дар от Московской Патриархии храм получил позолоченные металлические оклады для икон алтаря, жертвенник, евхаристические наборы и алтарный крест. К юбилею при храме была открыта воскресная школа для детей. Петропавловскую церковь посещало все больше приезжих из России, так за 1997 год совершено примерно 300 крещений взрослых и более 100 венчаний.[938]
В том же 1997 г. на территории российского посольства в Праге был заложен новый храм святого великомученика Георгия Победоносца (небесного покровителя Москвы и Праги), построенный за два года стараниями Министерства иностранных дел Российской Федерации и русской общины в городе, насчитывавшей более тысячи семей. Чешская православная общественность также внесла значительные пожертвования. 6 мая 1999 г. храм освятил митрополит Чешских земель и Словакии Христофор в сослужении архиепископа Калужского и Боровского Климента.
Вдохновителем и духовным руководителем устроения посольского храма являлся архимандрит Тихон (Бондаренко), о чем ныне гласит надпись у входа в Свято-Георгиевскую церковь на мраморной доске. Он готовил храм к освящению и участвовал в нем. В январе 1996 г. отец Тихон, ранее служивший ректором Одесской Духовной семинарии, был назначен настоятелем русских церквей в Праге. 27 сентября 1997 г. митрополит Дорофей наградил архимандрита орденом святых равноапостольных Кирилла и Мефодия. В конце 2001 г. отец Тихон был отозван из пределов Православной Церкви Чешских земель и Словакии, направлен в распоряжение Блаженнейшего митрополита Киевского и всея Украины Владимира и стал преподавать в Киевской Духовной Академии. Важная роль в создании Свято-Георгиевского храма также принадлежала послу России в Чехии Николаю Тимофеевичу Рябову.
Решением Священного Синода от 18 июля 1999 г. настоятелем новооткрытого Свято-Георгиевского храма был назначен протоиерей Геннадий Будько, с 1986 г. почти десять лет служивший иподиаконом у Святейшего Патриарха Алексия II. Определением Священного Синода от 6 октября 2001 г. отца Геннадия назначили настоятелем подворья Московского Патриархата в Карловых Варах и представителем Русской Православной Церкви при Православной Церкви Чешских земель и Словакии. 11 апреля 2006 г. он был направлен для прохождения пастырского служения в Берлинской епархии.
Определением Священного Синода от 26 декабря 2001 г. настоятелем церкви святого великомученика Георгия был назначен священник Николай Лищенюк, служивший в храме почти пять лет. С 11 апреля 2006 г. по настоящее время протоиерей Николай Лищенюк служит настоятелем Петропавловского храма в Карловых Варах, представителем Русской Православной Церкви при Православной Церкви в Чешских землях и Словакии. Он родился 9 декабря 1972 г. в г. Бузулук Оренбургской области в семье священнослужителя, закончил Московскую семинарии и со степенью кандидата богословия Московскую Духовную Академию, после обучения был оставлен при Академии помощником проректора, обязанности которого исполнял до весны 2001 г. В 1996–1998 гг. Н. Лищенюк обучался в аспирантуре Московской Духовной Академии при Отделе внешних церковных связей, 21 сентября 1999 г. был рукоположен во диакона, а 4 декабря 1999 г. — во иерея. С сентября 2000 г. до направления в Чехию отец Николай служил штатным священником храма Всех Святых на Кулишках — Представительства Александрийского Патриархата в Москве.
11 апреля 2006 г. настоятелем храма во имя святого великомученика Георгия Победоносца назначили игумен Сергий (Иванников), состоявший ранее членом Русской Духовной Миссии в Иерусалиме. Определением Священного Синода от 27 декабря 2007 г. отец Сергий был освобожден от должности настоятеля в связи с переходом его в клир Православной Церкви Чешских земель и Словакии. В дальнейшем игумен служил настоятелем храма в честь Успения Пресвятой Богородицы на Ольшанском кладбище в Праге. С 27 декабря 2007 г. настоятелем Свято-Георгиевского храма служил протоиерей Владимир Абросимов, ранее бывший настоятелем Благовещенского прихода г. Барселона.
В июне 2004 г. подворье Московского Патриархата в Карловых Варах отметило свое 25-летие. Торжества, посвященные этому юбилею, возглавлял председатель Отдела внешних церковных связей митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев). В 2007 г. подворье получило официальную регистрацию Чешского государства.