После создания Чехословацкого экзархата в юрисдикции Русской Православной Церкви постановлением Священного Синода от 5 апреля 1946 г. все русские приходы этой страны были включены в его состав.[930]
Однако еще несколько лет русские священники служили настоятелями целого ряда храмов экзархата.Так митрополит Елевферий (Воронцов) 3 августа 1948 г. писал Патриарху Алексию с прошением помочь в получении видов на жительство за границей священникам «из числа советских граждан, подлежащих репатриации на Родину», отметив: «Эти священники являются настоятелями отдельных приходов, государством систематизированных, и приносят большую пользу делу развития Св. Православия в ЧСР». Экзарх перечислил в письме семь таких священнослужителей: председатель церковного совета Пряшевско-Словенской епархии, благочинный и настоятель Крестовоздвиженской церкви в Братиславе протоиерей Петр Кудринский, благочинный и настоятель прихода в Пряшеве священник Феодор Демьянович, настоятель Петропавловской церкви в Карловых Варах протоиерей Алексий Витвицкий, настоятель Ольгинской церкви Франтишковых Лазней протоиерей Герман Жегалов, настоятель прихода в Моравской Острове протоиерей Николай Домуховский, служивший в пражской Успенской церкви в Ольшанах протодиакон Михаил Яковлев и служивший в Праге диакон Василий Стрижак.[931]
13 сентября 1948 г. Совет по делам Русской православной церкви сообщил в МИД СССР о своей поддержке ходатайства Патриарха Алексия об оставлении в Чехословакии ряда священнослужителей, подлежащих репатриации на родину, и попросил выдать «перечисленным лицам совзагранвидов на дальнейшее проживание в Чехословакии». В стране были оставлены четыре из семи упомянутых священнослужителей: протоиерей Алексий Витвицкий, священник Феодор Демьянович, митрополичий протодиакон Михаил Яковлев и диакон Василий Стрижак с членами их семей.[932]
Остальные три священнослужителя в начале 1949 г. выехали в СССР (при этом некоторых депортировали после ареста). Так, например, 17 февраля в Советский Союз вместе с сыном был вывезен протоиерей Петр Кудринский. Осенью 1948 г. уехал на Родину и член причта Успенской церкви в Праге престарелый архимандрит Иннокентий (в миру Вениамин Иванович Григорьев), который был привезен немцами в город в 1944 г. Он вернулся на родную Кубань к сыну — полковнику советской армии.[933]
Некоторое время служили в Чехословакии и русские священники — эмигранты, не имевшие советского гражданства. Уже упоминался протоиерей Михаил Васнецов. Настоятелем храма в Кошицах был игумен Мефодий (Кончуга), в 1949 г. временно обслуживавший и приход в Марианских Лазнях. Ранее служивший в русской церкви этого города священник Дионисий Ильин был в 1947 г. назначен митрополитом Елевферием настоятелем храма в г. Стишбро, а в апреле 1949 г. — в с. Гуменное Прешовской епархии. Правда, 16 июня 1949 г. о. Дионисий перешел чешско-германскую границу в американскую зону и был принят в юрисдикцию Русской Православной Церкви за границей.[934]
В 1946–1947 гг. в Судеты (после выселения немцев) были переселены из СССР (с Волыни) около 30 тысяч православных чехов-колонистов. Именно они составили подавляющую часть прихожан, и с рубежа 1940-х — 1950-х гг. настоятелями русских храмов в Марианских и Франтишковых Лазнях стали служить чешские священники.[935]
Настоятелем же Петропавловского храма в Карловых Варах с 1946 по 1973 гг. по-прежнему служил протоиерей Алексий Витвицкий. При нем 9 июня 1947 г. было проведено празднование 50-летия этого русского храма. В том же году храм посетила жена заместителя председателя Совета Министров В. М. Молотова Полина Жемчугова. В 1973 г. настоятелем Петропавловской церкви был назначен чешский протоиерей Иоанн Крживка. При его участии начался давно проектируемый капитальный ремонт внешней части храма. Купола и крыша были снова перекрыты медью, отреставрированы стены, наружная живопись поновлена местными художниками. В 1978 г. настоятелем храма был назначен игумен Владимир (Иким, позднее — митрополит Ташкентский и Среднеазиатский).