5 июня 1946 г. Священный Синод Московского Патриархата принял постановление: «Исходя из того, что русские православные церкви на территории Австрии нуждаются в непосредственном епископском руководстве ими, а, с другой стороны, учитывая то, что русские православные церкви на территории Чехословакии вступили в ведение архиепископа Пражского, экзарха Московской патриархии и архиепископ Сергий (Королев) освобожден от управления ими, назначить архиепископа Сергия, викария Западно-Европейской епархии, архиепископом Венским с поручением ему управления русскими православными церквами в Австрии, с дальнейшим поручением ему управления русскими церквами в Венгрии, после их принятия в юрисдикцию Московской патриархии, с местопребыванием в г. Вене, с оставлением его викарием Западно-Европейского экзархата».[923]
Владыка Сергий, не желая расставаться со своей пражской паствой, первоначально воспринял это назначение негативно. В этой связи Патриарх Алексий I направил архиепископу письмо. 8 июня Предстоятель писал председателю Совета по делам Русской православной церкви Г. Г. Карпову, который собирался выехать в Прагу: «Я говорил с м[итрополитом] Николаем [Ярушевичем], с Парийским по поводу выступления а[рхиепископа] Сергия в Праге. Думаю, что лучше всего пока не усугублять этого инцидента…. На месте Вам виднее будет, как говорить с Сергием. Во всяком случае, надо будет настоять на выполнении им указа о перемещении в Вену».[924]
11–24 июня 1946 г. Г. Г. Карпов совершил поездку в Прагу, во время которой 12 июня встретился с архиепископом Сергием. В дневнике о пребывании Карпова в Чехословакии, составленном сотрудников Совета Н. Блиновым говорилось: «Георгий Григорьевич принял архиепископа Сергия. В состоявшейся беседе выяснилось, что он никакой работы против Елевферия не вел. Рассказывал, что в период оккупации его немцы не трогали. Было предложено составить доклад по этому вопросу. Назначение в Австрию принял к исполнению».[925]
Вскоре архиепископ уехал в Вену. 23 мая 1947 г. Владыке Сергию предоставили советское гражданство, хотя Совет по делам Русской православной церкви относился к нему с недоверием. Так в характеристике Владыки от 4 февраля 1948 г. говорилось: «Архиепископ Сергий, скомпрометировавший себя во время войны связями с заграничным архиерейским Синодом, и после воссоединения с Московской Патриархией не освободился полностью от антисоветских настроений».[926]
Поэтому власти старались помешать ему посещать Прагу. С 16 ноября 1948 г. Владыка занимал кафедру архиепископа Берлинского и Германского.При этом настороженное отношение советских властей к архиепископу Сергию сохранялось. В одной из его характеристик начала 1950 г. говорилось: «Королев является уроженцем Москвы (по имеющимся данным, сын московского купца). Королев за время пребывания на посту архиепископа показал, что он не соответствует своему назначению и подлежит срочной замене. По имеющимся данным, в период Отечественной войны Королев, находясь в Чехословакии, сотрудничал с генералом Власовым и другими антисоветскими элементами. За время пребывания на посту архиепископа в Германии с 1948 г. окружил себя темными и подозрительными элементами…».[927]
9 мая 1950 г. Совет по делам Русской православной церкви направил в Совет Министров СССР докладную записку с просьбой разрешить направить в Берлин церковную делегацию для проведения ревизии положения русских церквей в Германии и последующего отзыва архиепископа Сергия в СССР. В качестве причины Совет указывал, что «архиепископ Сергий церковными приходами руководит слабо и, будучи лично связан с враждебными Московской патриархии эмигрантскими церковными кругами, не ведет борьбы с ними». Совет Министров подержал это мнение и 5 июня издал соответствующее распоряжение. После возвращения делегации в Москву сотрудник Совета по делам Русской православной церкви В. Карпович 25 июля подготовил справку о том, что ревизия «полностью подтвердила имеющиеся сигналы о непригодности архиепископа Сергия Королева как представителя Московской патриархии и необходимости его замены и большинства духовенства епархии патриотически преданными священнослужителя из СССР».[928]
Вскоре после этих событий Владыка был отозван из Берлина и 26 сентября 1950 г. назначен архиепископом Казанским и Чистопольским. Скончался архиепископ Сергий в Казани в ночь с 17 на 18 декабря 1952 г., погребение состоялось 21 декабря на Арском кладбище за алтарем храма Ярославских чудотворцев. Могила Владыки пользуется особым почитанием, как у местных жителей, так и у богомольцев, приезжающих в Казань из других городов. В настоящее время руководство Казанской епархии готовит материалы к канонизации архиепископа Сергия.[929]
Благодарная память о Владыке Сергии сохранилась не только в России, но и в Чехии.