После перехода в октябре 1945 г. в юрисдикцию Московского Патриархата общины храма в Карловых Варах его настоятелем по назначению архиепископа Фотия (Топиро) служил эвакуированный 26 апреля 1944 г. из Одессы в Белград, а затем в ноябре того же года — через Вену в Судеты архиепископ Херсонский и Николаевский Антоний (Марценко), принадлежавший в годы войны к автономной Украинской Православной Церкви. Вместе с Владыкой в Карловых Варах проживали и служили в русской церкви архимандриты Серафим (Смыков), Георгий (Рутчук) — из Краснодара, протоиерей Герман Жегалов — из Риги, священники Феодор Демьянович, Игорь Мягкий — с Волыни, протодиакон Иаков Костючек — из Варшавы.[912]
Патриарх Алексий в упоминавшемся письме Г. Г. Карпову от 26 декабря 1945 г. так охарактеризовал позицию Владыки Антония: «Архиепископ Антоний Марценко, находящийся в Карлсбаде с многочисленной группой духовенства, сумел создать в русском храме патриотическую советскую колонию, пользующуюся уважением со стороны советского командования. Он произносит прекрасные патриотические советские речи, заявляет о полной преданности Московской патриархии, человек он с волей и инициативой и мог бы быть полезным и в пределах Советского Союза».[913]
12 января 1946 г. Владыка Антоний был назначен архиепископом Орловским и Брянским и уехал в СССР, 19 июля 1946 г. его назначили на Тульскую и Белевскую кафедру, а 3 декабря 1951 г. арестовали. После отъезда Владыки настоятелем Петропавловской церкви стал протоиерей Алексий Витвицкий. Именно он был первым ректором открытой в 1948 г. в Карловых Варах православной Духовной семинарии, которая, правда, в следующем году была переведена в Прагу. Отец Алексий, как и другой русский протоиерей — Герман Жегалов прибыли в Западную Чехию, временно занятую в мае 1945 г. американскими войсками, вместе с беженцами из Восточной Словакии. Отец Герман летом 1945 г. в качестве настоятеля возобновил богослужения в Ольгинской церкви Франтишковых Лазней, но, когда в стране начались чистки, в 1949 г. был арестован и депортирован в СССР.
Накануне прихода советских войск в Прагу многие русские эмигранты, опасаясь репрессий, уехали на Запад. Верующие предлагали уехать и епископу Сергию (Королеву). Однако на все убеждения Владыка ответил: «Нет, я останусь здесь. Здесь моя паства». Вместе с епископом остались протоиерей Михаил Васнецов, а также секретарь и иподиакон Владыки Сергия Аркадий Петрович Струве (сын известного ученого и политического деятеля академика П. Б. Струве). Хотя архимандрит Исаакий (Виноградов) с 1939 г. был главным священником местного отделения РОВСа, членом которого как бывший белый офицер состоял с 1927 г., но и он отказался от предложения руководства союза уехать на Запад.[914]
В годы войны митрополит Евлогий уже был болен и по некоторым сведениям «видел» на своем месте экзарха Владыку Сергия, а на кафедре епископа Пражского — архимандрита Исаакия. Однако судьба распорядилась иначе.К маю 1945 г. православный собор свт. Николая Чудотворца на Староместской площади был сильно поврежден бомбардировками, и богослужения в нем не проводились. Поэтому Пасхальную службу 6 мая совершили в домовой церкви Николаевского подворья, в условиях боев на улицах Праги крестный ход пришлось совершить по комнатам подворья. Спустя три дня в восставшую столицу Чехии вступили советские войска. Епископ Сергий и архимандрит Исаакий встретили их с хлебом-солью и отслужили благодарственный молебен в связи с одержанной победой над Германией.[915]
В том же месяце о. Исаакий подал заявление о возвращении на Родину, но через два дня — 24 мая был арестован отделом контрразведки «Смерш» 4-го гвардейского кавалерийского корпуса и скрытно вывезен во Львов, где 24 июля 1945 г. Военный трибунал Львовского военного округа приговорил его к 10 годам исправительно-трудовых лагерей. На допросе архимандрит показал, что был главным священником Русского общевоинского союза, и «поэтому членов РОВСа венчал, крестил, хоронил умерших, посещал ослабевших и престарелых и служил по заказу молебны». В своем последнем слове на суде о. Исаакий подчеркнул: «В душе я дал обещание никогда не идти против Родины и своего русского народа, который находится под Покровом Пресвятой Богородицы… Я повторяю, что в полной мере хочу служить Богу и русскому народу и вместе с русским народом хочу разделить его участь».[916]
Архимандрита отправили отбывать срок в Казахстан, но уже 5 февраля 1946 г. приговор был изменен по ходатайству Патриарха Алексия I и наместника Московского Патриархата в Праге епископа Сергия. После освобождения (3 мая 1946 г.) о. Исаакий в Чехословакию уже не вернулся, служил настоятелем храмов в Алма-Ате и с 1958 г. — в г. Ельце Липецкой области, где и скончался в 1981 г.[917]