4 июня 1968 г. митрополиту Дорофею была присуждена ученая степень магистра богословия, а в 1984 г. — доктора богословия Ленинградской Духовной Академии. Владыка Дорофей также являлся доктором богословия honoris causa Прешовского богословского факультета. Он неоднократно участвовал в работе экуменических конференций и конгрессов, принимал участие в диалоге с дохалкидонскими Церквами, был удостоен наград ряда Поместных Православных Церквей, в том числе в 1966 г. награжден орденом св. кн. Владимира 1-й степени Русской Церкви. [323]
Период правления митрополита Дорофея характеризуется серьезными, в том числе драматичными потрясениями. Демократические преобразования весной 1968 г. привела к значительному оттоку бывших греко-католиков, которые вышли из Православия. Ввод советских войск в августе того же года вызвал у части населения негативное отношение ко всему, что было связано с СССР и Россией, в том числе и к Православной Церкви. Летом 1968 г. часть клириков и мирян восстановили в Словакии Греко-католическую Церковь, что получило поддержку тогдашнего руководства социалистической Чехословакии, отменившего указ о запрете унию. Это вызвало серьезные проблемы, от которых пострадали обе стороны, так как разделение нередко проходило внутри семей. Конфликты возникали и по поводу раздела церковного имущества.[324]
Греко-католики вернули себе значительную часть принадлежавших им ранее церковных зданий, нередко насилием. Оставшиеся без церквей православные верующие были вынуждены совершать богослужения в стесненных условиях, в храмах совершалось по несколько служб, иногда приходилось служить и на антиминсе под открытом небом. Лишь через некоторое время проблему с церквами удалось частично решить. С благословения митрополита Дорофея было послано письмо президенту Чехословакии Людвику Свободе, в котором говорилось: «Если уж нельзя не отбирать церкви у православных, помогите хотя бы материально, чтобы мы смогли построить новые храмы».[325]
Деньги были выделены, и в Словакии построили значительное количество православных церквей. Согласно переписи 1991 г. число православных в Чехословакии, сократившись примерно в шесть раз по сравнению с 1967 г., составляло всего 53 тысячи — около 0, 34 % из 15, 6 миллионного населения.[326] Однако Православной Церкви в целом удалось сохранить существовавшую структуру приходов, учебных заведений и периодической печати.С 1989 г., после распада социалистического государства в Чехословакии, начался новый период в развитии страны. Церкви смогла создавать все необходимые, ранее запрещенные институты: приходские школы, благотворительные организации, объединения православной молодежи и др. В частности, по благословению Священного Синода были основаны в 1992 г. хоспис в Брно для людей, лишенных социальной защиты, который предоставляет кров, пищу и морально-психологическую помощь; хоспис «Филантропия-ДОМ» в Прешове и приют в Гуменне. Православная Церковь также предоставляет помощь жертвам различных злоупотреблений и беженцам.
1 января 1993 г. Чехословакия как государство прекратила свое существование, разделившись на Чешскую республику и Словакию. При этом церковного разделения не произошло, усилиями священноначалия Православная Церковь осталась единой.
11–12 декабря 1992 г. в Прешове состоялся VIII Поместный Собор, принявший резолюцию: несмотря на предстоящее разделение Чехословакии на два независимых государства административное, каноническое и евхаристическое единство Церкви должно быть сохранено. Собор принял новый устав Церкви, который предусматривал существование двух отдельных митрополичьих советов в новообразованных государствах. Кроме того, было принято новое название: «Православная Церковь Чешских земель и Словакии». Одним из решений Собора стала проведенная в 1994 г. канонизация моравского князя Ростислава (+ 870), принявшего святых Кирилла и Мефодия. В соответствие с новым уставом титул Владыки Дорофея был изменен на «архиепископ Пражский, митрополит Чешских земель и Словакии». В Церкви были организованы два административных центра: в Праге и Прешове. Теперь архиепископы Пражский и Прешовский могли быть избранными Предстоятелями Церкви.[327]
Для 1990-х гг. была также характерна передача почти всего имущества Православной Церкви в Словакии — храмов, зданий, учебных помещений — греко-католикам. Архиепископ Прешовский Николай (Коцвар) приложил значительные усилия для нормализации положения. Было построено более 80 храмов, епархиальные здания Прешова, возобновили свою работу в новых помещениях Прешовский митрополичий совет, православные богословский факультет и семинария. То же происходило и в Михаловской епархии, где занимавшему эту кафедру с 1983 г. словаку епископу Иоанну (Холоничу) из-за нерешенных проблем, касавшихся церковной собственности, пришлось уступить греко-католикам даже свой собор. Однако и там были построены 24 новых храма, в том числе Михаловский собор, освященный Патриархом Московским и всея Руси Алексием II.[328]