Кроме того, Государственное управление по церковным делам настаивало, чтобы Владыка Елевферий выдал упорствующим греко-католическим священникам декреты об утверждении их на приходах «с правом воссоединения их с Православной Церковью тогда, когда они найдут это для себя возможным».[312]
Фактически это означало прием в Православную Церковь униатских священников, придерживавшихся католического вероучения и находившихся в административном подчинении Ватикану. Предстоятель отказался выполнить это антиканоническое требование властей. Его позиция была поддержана Патриархом Алексием и Советом по делам Русской православной церкви.Все указанные обстоятельства привели к взаимному недоверию между митрополитом Елевферием и чехословацкими властями. В результате с августа 1953 г. Владыка стал искать возможности вернуться в СССР. Однако и руководство Московского Патриархата, и советские власти считали возможным отзыв митрополита на Родину лишь после подготовки ему полноценной замены из числа местного духовенства, а решение этой задачи затянулось.
В декабре 1954 г. в Чехословакию вновь приезжал митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич). Его поездка была связана с присуждением Владыке звания доктора honoris causa Прешовского богословского факультета. Митрополит также помог Экзаршему совету рекомендациями по укреплению Православия в Восточной Словакии.[313]
В 1955 г., в день Рождества Христова, во время проповеди в кафедральном соборе в Праге митрополит Елевферий потерял сознание. Врачи констатировали инфаркт миокарда. До конца марта 1955 г. он находился в больнице в Праге, а затем 27 марта прибыл в Москву для продолжительного лечения и отдыха. В ноябре 1955 г. Владыка сложил с себя полномочия Предстоятеля Чехословацкой Православной Церкви по болезни. На посту Предстоятеля его с начала года временно замещал епископ Оломоуцко-Брненский Климент (Келли), но чехословацкие власти были недовольны им, и поднимали вопрос о возвращении митрополита Елевферия в Прагу, пока не получили окончательный отказ в декабре 1955 г. Позднее — 24 августа 1956 г. ему был вручен орден Чехословацкой республики за плодотворную деятельность по управлению Православной Церковью в этой стране.
22 ноября 1955 г. Владыка Елевферий был назначен митрополитом Ленинградским и Новгородским и включен в состав постоянных членов Священного Синода Русской Православной Церкви (до этого времени он несколько месяцев управлял Вильнюсской епархией). 22 октября 1956 г. по личной просьбе митрополита Елевферия освободили от управления Новгородской епархией, и 1 января 1957 г. его титул был изменен на «Ленинградский и Ладожский». Важнейшей заслугой митрополита стало возвращение верующим в 1956 г. Свято-Троицкого собора Александро-Невской Лавры и восстановление его в ходе обширных реставрационных работ в 1957–1958 гг., что потребовало очень много трудов и забот.[314]
27 марта 1959 г. митрополит Елевферий скончался в результате инфаркта в городе на Неве в своих покоях. 31 марта отпевание Владыки в Свято-Троицком соборе совершил Патриарх Алексий. В тот же день митрополит был погребен в склепе Крестовой митрополичьей церкви в Александро-Невской Лавре. 25 августа 1961 г., после того как здание Епархиального управление реквизировали у Церкви, прах Владыки был перенесен и перезахоронен в склеп под Свято-Троицким собором Александро-Невской Лавры, где он пребывает и в настоящее время. В православных храмах Чешских земель и Словакии и поныне неизменно поминают своего первого митрополита Елевферия, оставившего по себе добрую память.
После Владыки Елевферия новым Предстоятелем Чехословацкой Православной Церкви был избран русский эмигрант, бывший участник Белого движения на Юге России митрополит Иоанн (в миру Кухтин Михаил Иванович, 1901–1975), окончивший Призренскую Духовную семинарию и богословский факультет Белградского университета в Югославии. Он приехал в Чехословакию из Болгарии в 1951 г. и сначала занимал должность воспитателя студентов православного богословского факультета в г. Прешове, затем стал его доцентом. В 1952 г. о. Иоанн был возведен в сан архимандрита, а 24 октября 1954 г. хиротонисан во епископа Жатецкого и назначен главным викарием Пражской епархии.
В отличие от чехословацких властей Совет по делам Русской православной церкви довольно настороженно относился к Владыке Иоанну. Так в справке Совета от 2 апреля 1954 г. в МИД СССР говорилось: «По нашему мнению, посвящение Кухтина в сан епископа возможно, но назначение его заместителем Елевферия вряд ли полезно, так как в случае возвращения Елевферия в СССР или его болезни во главе Чехословацкой церкви может оказать Кухтин, сравнительно молодой и малоопытный в церковных делах человек, едва ли широко известный и пользующийся достаточным авторитетом среди духовенства. Это может повести к ослаблению позиции Православной церкви ЧСР и усилению униатского движения за отход от Православной Церкви. Кроме того, Кухтин стремится возвратиться в СССР и считает свое пребывание в ЧСР временным».[315]