24 апреля 1952 г. митрополит Елевферий получил первую степень доктора богословия православного богословского факультета в г. Прешове (honoris causa). Владыка не переставал заниматься миссионерской работой и много ездил по епархиям, писал он и различные публикации. В марте 1948 г. в «Журнале Московской Патриархии» была опубликована первая статья митрополита Елевферия «Кончина и погребение Свят. Патриарха Румынского Никодима», а в 1951 г. экзархат Московского Патриархата в Чехословакии издал книгу Владыки «На Божьей ниве» (Поучения, послания, речи и статьи). В июле 1952 г. в журнале «Голос православия» вышла его статья «О задачах современной проповеди» и т. д. В декабре 1949 г. Владыка был избран почетным членом Московской Духовной Академии, 3 июля 1951 г. ему вручили соответствующий диплом. Митрополит Елевферий был также награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1948 г.) и орденом святых братьев Кирилла и Мефодия 1-й степени Чехословацкой Православной Церкви (1952 г.).[307]
18 июля 1952 г. митрополит приехал в Москву по приглашению Московской Патриархии «в связи со своим избранием на пост главы Православной Церкви в Чехословакии». 21 июля в Патриархии по этому случаю состоялась праздничная трапеза с участием Г. Г. Карпова и других сотрудников Совета по делам Русской православной церкви.[308]
16 июля — 25 августа 1954 г. Владыка Елевферий принимал участие в торжествах по случаю 600-летия Троице-Сергиевой Лавры.Митрополит внес большой вклад в развитие Православия в инославной стране. Всего за 1947–1953 гг. количество православных приходов в Чехословакии выросло с 47 до 315 основных и 1037 «филиальных». Только в 1950 г. православными стали 230 греко-католических приходов. При этом в первой половине 1950-х гг. Чехословацкая Церковь по-прежнему находилась под контролем социалистического государства и испытывала сильное влияние Московского Патриархата. Такая ситуация создавала некоторое внутреннее напряжение в стране, недовольство части православных чехов «русификацией», что сказалось и на судьбе главы Церкви.
Во время встречи 2 февраля 1953 г. митрополита Елевферия с руководителем Государственного управления по церковным делам З. Фирлингером обсуждался вопрос пребывания на некоторых руководящих постах в «церковном аппарате» советских граждан, в частности епископа Алексия (Дехтерева) и управляющего делами Б. Л. Черкеса. При этом и сам Владыка Алексий 8 августа 1953 г. подал прошения митрополитам Елевферию и Николаю (Ярушевичу) об освобождения от руководства Прешовской епархии и его возвращении на родину. Однако он был временно остался на своем посту, получив благословение Патриарха Алексия на принятие чехословацкого гражданства для продолжения служения. Во время упомянутой встречи Владыки Елевферия с З. Фирлингером, последний отказал митрополиту в переселении в страну четырех русских монахинь из Албании, заявив, что в ЧСР «все монастыри ликвидируются».[309]
Существовали и другие неблагоприятные факторы. С 1953 г. взаимоотношения митрополита Елевферия с чехословацкими органами власти заметно ухудшились. К этому времени руководство страны фактически перестало поддерживать деятельность Православной Церкви в Восточной Словакии. Московские историки Т. В. Волокитина, Г. П. Мурашко и А. Ф. Носкова в своей монографии справедливо отмечали: «…показательно, что чехословацкое правительство утратило всякий интерес к переводу униатов в православие и усилению роли этой конфессии в жизни страны, как только отношения с римско-католическим епископатом были поставлены в нужную власти плоскость, а католическая оппозиция была ликвидирована. Это стало наглядным свидетельством упрощенного узко политического подхода руководства ЧСР к решению весьма сложной проблемы».[310]
Чехословацкое партийное и государственное руководство перестало рассматривать Православную Церковь как своего стратегического партнера и начало активно вмешиваться в ее внутренние дела. Власти стали требовать публикации в официальных церковных изданиях статей на политические темы. Объявление действительным только гражданского брака сопровождалось требованием внести изменения в чин венчания, с которыми Церковь не была согласна. Главное управление по церковным делам распорядилось, чтобы в тех случаях, когда церковные праздники приходятся на будние дни, богослужение заканчивалось не позднее 7.30 утра, чтобы не отвлекать граждан от работы. 26 сентября 1953 г. Владыка Елевферий сообщал в Москву, что ему неофициально предлагали совершать литургию не только утром, но и вечером (по примеру Католической Церкви), на что он ответил решительным отказом. Архипастырские послания подвергались жесткой цензуре Главного управления по церковным делам, при этом изменения вносились даже в разделы богословского характера. Так власти требовали, чтобы митрополит в Пасхальном послании не упоминал о крестных страданиях Христа, так как это якобы рождает у верующих пессимистические настроения.[311]