Осенью того же 1950 года православный богословский факультет перевели из Праги в г. Прешов, в здание бывшей греко-католической Академии, которая была закрыта, а ее преподаватели и студенты распущены. Владыка Елевферий нередко сам вел занятия и беседовал со студентами. Духовником и преподавателем литургики на факультете по-прежнему служил архимандрит Андрей (Коломацкий). Он также продолжал строить церкви, в частности, в 1947–1949 гг. возвел в словацком г. Межилаборцы (Медзилаборцы) храм Святого Духа — памятник русским воинам, павшим в годы Второй мировой войны, прежде всего в боях у Дуклинского перевала. Членом строительной комиссии храма-памятника был участник этих боев чешский генерал Людвик Свобода.[294]
Одновременно отец Андрей заканчивал строительство церкви в г. Кромержиж и возведение по своему проекту кафедрального собора св. кн. Александра Невского в Прешове, освященного в 1950 г. В Восточной Словакии архимандрит также в 1947–1952 гг. построил храм Пресвятой Троицы в г. Стакчине и в 1950 г. — небольшую церковь в с. Дара у г. Снина. Кроме того, отец Андрей в 1948–1950 гг. отремонтировал поврежденную при пожаре деревянную церковь в словацком с. Улич-Криве. В 1952 г. он был переведен в Северную Чехию — район Чешская Липа Либерецкого края и с этого времени приспосабливал и перестраивал заброшенные немецкие католические храмы, жилые дома и помещения, переданные государством переселенным в Судеты из СССР православным волынским чехам. За 10 лет архимандрит соорудил и расписал для этих церквей более 30 иконостасов, а в дальнейшем он опять трудился в Восточной Словакии.[295]
Еще 30 января 1950 г. Совет Министров СССР, в соответствии с пожеланиями правительства Чехословакии, принял секретное постановление о санкционировании предоставления в 1951 г. автокефалии Чехословацкой Православной Церкви. Переговоры о создании новой автокефальной Церкви проводили не только церковные деятели, но и заместитель Г. Г. Карпова С. К. Белышев, который в июле-августе 1951 г. выезжал в Прагу. Там он провел две встречи с заместителем председателя Совета Министров республики З. Ферлингером. В результате правительство Чехословакии принципиально согласилось на создание независимой Церкви, но попросило оставить в качестве ее главы Владыку Елевферия, обещав предоставить ему гражданство Чехословакии. На правительственном уровне вопрос об автокефалии был решен 3 сентября на заседании Государственного управления по церковным делам, где З. Ферлингер выступал со специальным докладом.[296]
2 октября того же года на совещании епископов и членов Экзаршего совета в Праге было решено ходатайствовать перед кириархальной Церковью даровать автокефалию Чехословацкой Православной Церкви. К этому времени она уже имела достаточное количество верующих и духовенства, в том числе архиереев, богословское учебное заведение, свое периодическое издание и не нуждалась в материальной поддержке из-за рубежа. 19 октября ходатайство официально поддержало правительство Чехословакии.
Между тем 8 октября Патриарх Алексий I дал свое предварительное согласие. 10 октября Священный Синод, заслушав доклад Экзаршего совета на имя Патриарха, постановил: «1. Если Экзаршее собрание решил быть Православной Церкви в Чехословакии автокефальной, то Патриарх и Священный Синод благословляют это решение и дают свое полное согласие к провозглашению Православной Церкви в Чехословакии — Автокефальной. 2. Если будет избран главой Автокефальной Церкви в Чехословакии Высокопреосвященный митрополит Елевферий, то Русская Православная Церковь с любовью отпускает его, митрополита Елевферия, для блага этой Церкви».[297]
К 23 ноября все архиереи Русской Православной Церкви поставили свои подписи под постановлением Синода, и в этот день в Московской Патриархии был подписан акт, в котором говорилось: «Русская Православная Церковь, в лице Патриарха Московского и всея Руси Алексия и всего освященного Архиерейского Собора, во внимание к ходатайству Собора Православной Церкви в Чехословакии, дарует сей Церкви, бывшей доселе Экзархатом Московской Патриархии, автокефалию. Русская Православная Церковь единым сердцем молит Небесного Пастыреначальника Господа нашего Иисуса Христа, да подаст Он Свое Божественное благословение юнейшей сестре в семье Православных Автокефальных Церквей, Церкви Чехословакии и да увенчает Он ее вечной славой».[298]
На торжества, связанные с дарованием автокефалии, в Прагу были направлены митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич), управляющий делами Московской Патриархии протопресвитер Николай Колчицкий и патриарший архидиакон Георгий Антоненко. По прибытию в Прагу делегацию приветствовал от имени Государственного управления по церковным делам Чехословакии В. Экарт.[299]